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以天皇为首的朝廷在倒幕过程中的微妙作用，给大久保利通以很深的印象。他断定，为了日后能够领导国家，天皇必须首先“一新”朝廷之旧弊，为此就必须使天皇与象征旧弊的京都割断联系，创造适应新时代的天皇性格。明治政府成立后的迁都、改元等都反映了他这种思想。
明治政府在彻底消灭幕府势力后，大久保利通先担任新政府的参议，又于1871年6月任大藏卿。1871年4月，岩仓具视使团出访欧美，大久保利通亦随行。在巡访中，普鲁士的“铁血宰相”俾斯麦给大久保利通以最深印象，他认为日本想富强只有象俾斯麦一般行事。
正当大久保利通在欧美访问的时候，国内以西乡隆盛为首的留守政府主张侵略朝鲜，以转移士族对政府的不满。大久保利通得到这个消息立即回国，对于“征韩”问题，大久保利通绝不是一个和平主义者。他只是感到日本尚不具备外征的条件，当务之急是抓紧学习西方；大力推行“殖产兴业”政策，加速日本资本主义工业化的步伐。于是大久保利通和岩仓具视结合起来，施展政治手腕，击败以西乡隆盛为首的征韩派，把他们赶出中央。这场政治斗争，史称“明治六年十月政变”。从此以后，以三条实美为太政大臣、岩仓具视为右大臣、大久保利通为内务卿的****政治体制成立了。
1873年11月10日内务省正式成立，大久保利通以参议兼任内务省内务卿。他把劝业、警保、户籍、驿递（即邮政）、土木、地理六个部门和测量司的大权都集中到自己手里。大久保利通所管辖的范围涉及到“殖产兴业”的各个方面。他在担任内务卿期间，创建了明治政府的行政组织，即包括外务、内务、大藏、陆军、海军、文部、教部、工部、司法、宫内十个省的中央官僚机构。于是以大久保利通领导的内务省为中心，同大隈重信控制的大藏省、伊藤博文的工部省在日本形成了推行殖产兴业政策的三位一体的领导体制。
大久保利通执掌大权时，走上了****统治的道路。他毫不留情地镇压所有的反抗活动。对版籍奉还、废藩置县一直心怀不满的岛津久光上书天皇，提出14条建议，反对各项资产阶级改革，并要求撤掉大久保利通的职务。当然大久保利通等改革派不能接受，对保守派进行反击，岛津久光被迫引退。当岛津等旧藩势力在内部进行反政府活动的时候，对明治维新各项资产阶级改革强烈不满的反动士族公开发动了反政府的武装叛乱。最先发动的是1874年2月由江藤新平和岛义勇领导的“佐贺之乱”。结果被大久保利通严厉的镇压了下去。
大久保利通有着和俾斯麦差不多的冷血性格和铁腕手段，因政见不同他可以将早年的政治伙伴有马新七置于死地。而当岛津久光这个大恩人不能跟上时代时，也被他一脚踢开。明治天皇虽然赞赏他的才能，却并不喜欢他，因而也谈不上对他的绝对信任了。
二百九十一章山县武夫
大久保利通礼毕，明治天皇也并没有从帷幕当中走出来，而是用温和而略带沙哑的声音问道：“大久保卿，有什么事吗？”
“陛下前时曾多次垂询征台讨番一事是否可行，今日臣前来觐见，便是想就此事表达一下臣的意见。”
“大久保卿请讲，朕在听。”明治天皇温和却不失威严的说道。
看到天皇在自己面前的表现，大久保利通的心里感到非常满意，虽然他的脸上仍是一副严肃的表情。
在他的眼中，曾经懦弱胆小的幼主，已然成长起来了。
明治天皇睦仁是孝明天皇统仁唯一成活下来的独子，自幼育于宫中，由女官侍奉。由于日本皇室的近亲历史长达上千年，所以皇室后代大多身体虚弱，睦仁也是如此，他幼年时胆子极小，1864年发生的“禁门之变”当中，长州藩兵炮轰京都的皇宫，12岁的睦仁竟然被炮声吓昏过去，以至于朝臣都担心，以后要是再发生类似事件，如此虚弱胆小的君主马上会被吓死。
在倒幕成功之后，大久保利通和西乡隆盛等人便开始对宫廷制度进行大改革，取消君主身边的诸多女官，对少年天皇进行尚武教育，力图将其培养成维新派所需要的、思想开放又尊重传统、身强体壮又崇尚武力的年轻君主。而从现在天皇的表现来看，维新派的教育取得的成果还是挺明显的。
“陛下，臣以为，现在对台湾无主番地进行占领，是最好的时机。”大久保利通说道。
“爱卿为什么说是最好的时机？”明治天皇问道，“朕记得，爱卿当年，是坚决反对‘征韩’和‘征台’的。”
“臣之所以那时坚决反对对外征伐，是因为帝国的各项改革刚刚开始，还没有形成基础。而且当时外部环境也不允许。”大久保利通答道，“现在，情况已经发生了变化。征伐台湾最为有利的时机已经出现了。”
明治天皇没有再问，而是静静的等待着大久保利通的下文。
大久保利通轻咳了一声，轻了轻嗓子，继续说道：“根据帝国情报人员的调查，清国在台湾的防务十分空虚，而且清国政府一直没有把生番的土地当做自己的领土。外务省在同清国政府交涉时，清国政府已经承认那些土地没有主人，如果我国想要对生番犯下的罪行进行惩罚，可以自由行动。”
听到这里，明治天皇终于露出了动容之色。
“竟然会有这样的事？清国政府竟然同意由帝国军队进入台湾对生番进行惩罚？”
“是这样，陛下，在柳原君向清国总理衙门大臣毛昶熙提出要求惩罚生番时，他给出的回答是‘问罪与否，听凭贵国办理’，也就是认可了帝国出兵讨伐生番的行动。”大久保利通答道。
“他的话，能够代表清国政府吗？”明治天皇似乎还是有些不敢相信，又问了一句。
“他是清国总理衙门的重要大臣之一，他的话完全能够代表清国政府。”大久保利通说道。
“那么外部环境呢？帝国军队进入台湾番地，会不会引起西方列强的干涉？”明治天皇问道。
“现在外部环境也对帝国的行动十分有利。”大久保利通说道，“英国和米国都支持我国的行动。而清国此时因为越南问题，已然同法国交恶，现在的清国，已经陷入了孤立。”
明治天皇的脸色微微涨红，情绪明显变得有些激动起来，但他突然想起了刚才伊藤博文的话，瞬间又恢复了冷静。
“英国和米国会支持帝国的行动？”明治天皇问道。
“英国方面认为，既然清国已经同意帝国对生番进行惩罚，那么帝国完全可以采取自由行动。米国方面一直支持帝国开拓台湾，关于台湾的很多情报，都是米国方面提供的。”大久保利通说道，“而且这一次，米国方面很可能也派军队参与。”
明治天皇又一次陷入到了沉默之中。
“陛下为什么不召开御前会议，听取更多大臣和将军们的意见？”大久保利通看到明治天皇仍然很是犹豫，立刻提议道。
“朕认为，清国可能出现的反应不可忽视。”明治天皇心里仍然非常忧虑，他觉得大久保利通象是在有意夸饰，但大久保利通说的又都非常有道理，让他找不到充足理由进行反驳。
“难道陛下不肯充分信任臣下们的判断吗？”大久保利通身为“维新三杰”之一，是扶保幼主登位的功臣，所以并不惧怕天皇生气，“现在内外形势都对帝国极其有利，如果陛下犹豫不决，将失去机会。”
“朕并没有不信任爱卿，请爱卿不必多虑。”对于大久保利通对自己的逼迫，明治天皇心中有些愠怒，但他并没有在脸上表现出来。从登位以来历经的风雨，已经让他学会了喜怒不形于色。
在日本，皇权是至高无上的，因此没有人能够改变神一般天皇的意志，包括大久保利通这样的重臣也不能。如果此时大久保利通能对皇权表现出某种适当的敬畏，明治天皇也许可以考虑采纳他的建议，遗憾的是这位内务卿没有注意到这方面的界限，因此明治天皇的心里渐渐酿成强烈的逆反心理和冲动，那就是：他，至高无上的日本天皇必须亲自做出一个独立的、不受任何人支配的重大决定来。
“……陛下是否已经决定向台湾采取行动？”
“朕要听听众位大臣和将军们的意见。军队的意见也需要考虑。”
“陛下的意见是什么？”
“……朕认为，如果对台湾采取行动，假使能够很快结束，就应该阻止向台湾增派兵力，实行不扩大战争政策，并避免刺激英美列强和清国……”
听到天皇的回答，大久保利通的脸色有些发白。
他觉得心中那股被压抑的怒气正在慢慢上升，天皇的言论简直是耻辱。今天的日本帝国不正是靠了大家浴血奋战才打出来的吗？在倒幕运动开始的时候，幕府的实力远比维新派要强大，要是当时大家也畏首畏尾优柔寡断，日本帝国至今还是西方列强虎口下的一块肥肉！
这样的好机会都不肯冒险，那将来还能有什么作为？
“……根据可靠情报，法国人正在背地里试图对越南动手。臣等认为，法清之间的战争已不可避免，到那时……”
“法清之间是否能够发生战争，现在还言之过早。”明治天皇少有的打断了大久保利通的话，站起身来说道，“……大久保卿请先退下，朕的决定，明天在御前会议之后再宣布吧。”
明治天皇说着起身，走出了幕帐，来到了大久保利通的面前，大久保利通愣了一愣，突然明白过来天皇是在等待他行礼告退。他急忙向天皇鞠躬，而就在他鞠的时候，明治天皇却转过身，自顾自的离开了。
虽然明治天皇的举动让大久保利通感到不快，但他的心里还是感觉到了一丝欣慰，刚才认为天皇软弱的想法已经一扫而光。
大久保利通出了大殿，此时风已经止住了，他看着花园中的一地落英，不知怎么，心中竟然有一丝不安。
第二天，御前会�