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列奥纳多躯体遗骸的遭遇远远逊于他那大量抽象的记忆、梦想和沉思。5月肯定举行了一个临时葬礼，因为在接下来的三个月中，列奥纳多在遗嘱中设想的大规模的葬礼并没举行。圣佛罗伦萨教堂的登记簿记载了列奥纳多的葬礼许可证，上面标注的日期是1519年8月12日。法国大革命时教堂遭到了破坏，1802年教堂注定无法维修了，所以教堂被拆除，拆下来的石头和石磨（包括葡萄园中的那些）被用来修补城堡。据说，教堂的园丁——一个叫做古戎的人收集起了分散的所有骨头，把它们埋葬在了院子中的一个角落，或许列奥纳多的遗骨就在其中。
1863年，诗人兼列奥纳多研究专家阿尔塞纳·乌赛挖掘了圣佛罗伦萨现场。在陶器碎片之间，他发现了墓碑的片段（上面刻着EO （…） DUS VINC）和一具几乎完整的头骨。头骨不同寻常的尺寸立刻使他相信，他发现了列奥纳多的遗骸。“我们以前从来没有见过设计得这么好的一个头骨，”他写道，“三个半世纪后，死亡没有减少这壮丽头骨的自豪。”这些骨头现在埋藏于城堡内部的圣胡伯特礼拜堂，就在德帕里斯伯爵树立起来的铭碑下面。然而，它们与列奥纳多的惟一联系在于乌赛那值得怀疑的颅相学的推断。
很可能，埋葬在圣胡伯特礼拜堂的大颅骨曾经容纳了列奥纳多的大脑。但至少有一点可以肯定的是，现在情况不是如此了。笼子空了，心灵已经飞走了。