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对美国而言，代价并不仅限于经济和政治方面。虽然霍梅尼及其宗教伙伴几乎没有给苏联留下任何输入无神论政治的可乘之机，也不同情或亲近伊朗的左派分子，这些多少是个安慰。但即便伊朗国王的倒台没有导致苏联势力范围的扩张，美国依然不可避免地陷入了被动局面。之前一些坚如磐石的据点现在却变得岌岌可危，有些甚至都丢失了。
在掌权之后，霍梅尼立刻关闭了美国在伊朗的情报设施。这些设施曾是防范苏联核攻击的预警机制，以及监视中亚地区导弹发射的监督哨。这让美国丧失了一条搜集对手情报的重要途径，尤其是当美苏重启了关于把战略导弹发射器的数量限制在现有水平以内的谈判之后，这些情报变得更为关键。情报站在核实信息方面发挥了重要的作用，因而它们的关闭迫使美国人不得不在僵持了数年的战略武器协议上作出让步，并且还危及到了一些正在进行的敏感谈判。
1979年初，中情局局长、海军上将斯坦斯菲尔德？特纳（Stansfield Turner）对参议院情报委员会说，重新建立对苏联导弹试验和研制的监视系统，至少需要5年时间。中情局负责苏联情报的官员罗伯特？盖茨（Robert Gates，日后成为中情局局长和国防部部长）指出，如今伊朗人采取的这些措施，使得美国在伊朗的情报搜集工作出现了“真正的断层”。
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与此同时，伊朗革命虽然没有在政治上倒向苏联人，但却在军事上帮了他们忙。尽管美国驻德黑兰大使馆已经在拼命地粉碎一些重要文件，翻天覆地的变革浪潮还是造成了一些不可挽回的损失。伊朗国王曾经购买了一组F…14战斗机群，以及当时最先进的“不死鸟”（Phoenix）空对空导弹系统、“霍克”（Hawk）地对空导弹和一系列高科技反坦克武器。这让苏联获得了一些宝贵的近距离武器照片，以及某些装备的操作说明。这不仅仅是面子上的丢失，更将严重威胁到美国及其盟国的国家安全。
华盛顿越来越觉得，原先那个熟悉的世界正在迅速崩溃，因为发生改变的不仅仅是伊朗。美国一直在留意阿富汗的局势，自霍梅尼革命之后，阿富汗的战略地位变得更加重要。例如在1979年春天，中情局的一个小组就展开了一项调查，以评估阿富汗是否有可能代替伊朗成为新的情报站点驻地。然而阿富汗的局势瞬息万变，甚至似乎很有可能成为第二个伊朗。
阿富汗的混乱始于1973年，喜好国际象棋的查希尔（Zahir）国王被其侄子穆罕默德？达乌德废黜，后者任命自己为总统。5年后，达乌德本人也被驱逐。他的下台并不令人感到意外，这要归咎于他那越来越残暴的统治：政治犯常常未经审判就被处决，面部朝下倒在喀布尔近郊那座臭名昭著的、常年人满为患的普里查可希（Pul…i Charkhi）监狱的地板上。
取代了达乌德的共产党同样态度强硬，坚决要推进该国的现代化进程。他们声称，要大幅度提高人们的识字水平、打破部落体系的“封建”结构、结束种族歧视、给予妇女权利，包括平等的受教育权、工作保障和接受医疗。全方位变革的决心引发了热烈的反响，特别是在一些穆斯林阿訇当中。但正如之后的21世纪初时那样，改革的尝试仅在团结一致的传统派别、地主、部落首领和毛拉那里取得了成功，他们有着保护自身利益的共同目标。
紧随而来的是激烈的反抗。1979年3月，阿富汗西部的赫拉特首先爆发了大规模的起义，人们受到国境线另一边伊朗革命的鼓舞，强烈要求民族独立、回归传统并清除外来势力。任何人都有可能是暴徒们的目标，包括居住在这里的苏联人，他们惨遭暴民屠杀。暴乱迅速蔓延到其他城市，如贾拉拉巴德，那里的军队拒绝与起义势力作战，转而杀死了他们的苏联顾问。
对此，苏联人表现得十分小心谨慎。老成的政治局认为，应该支持既烦人又好战的阿富汗领导层（其中一些人与苏联关系紧密），以帮助他们扑灭已经波及喀布尔的暴乱。苏联采取了一系列措施以力挺总统努尔？穆罕默德？塔拉基（Nur Mu？ammad Taraki）领导的政府。莫斯科非常重视这个人，还因他写过一些关于“科学社会主义”的著作而称其为“阿富汗的玛克西姆？高尔基”——这可是相当高的赞誉。大量的粮食被源源不断地从边境线运送进来，同时阿富汗还被免除了借款利息。为了充实阿富汗政府的金库，苏联甚至提出以过去十年两倍的价格购买阿富汗的天然气。尽管驳回了阿富汗对化学武器和毒气的请求，莫斯科还是提供了其他军事援助，包括140门大炮、48，000挺机枪和将近1000台榴弹发射器。
这引起了华盛顿的警觉，美国人密切地关注着苏联对阿富汗“逐步而明确”的介入。一份高层报告指出，如果苏联向塔拉基提供直接军事援助或者派出部队，这将不仅影响到阿富汗本身的局势，并且会波及伊朗、巴基斯坦和中国，甚至亚洲屋脊之外的其他地区。1979年2月，美国驻喀布尔大使被刺事件使得原本不确定的未来开始变得明晰起来。就在霍梅尼回到祖国后仅仅几天，阿道夫？杜布斯（Adolph Dubs）所乘坐的装甲车于光天化日之下在阿富汗首都街边的警方检查站被绑架。他被扣押在喀布尔饭店（即现在豪华的塞雷纳酒店 Serena Hotel），几个小时后在一次失败的营救行动中被杀。
尽管尚不确定绑架大使的幕后黑手及其动机，但这足以让美国更加直接地介入该国事务。美国立刻停止了对阿富汗的援助，并且向反共人士和其他反对新政府的人提供支持。这标志着美国人一项新的长期策略的开始：他们主动寻求与伊斯兰教徒的合作，这些抵制左翼势力的伊斯兰教徒与持相同立场的美国人是天然的盟友。这一交易的代价要过上数十年才能显现出来。
在这一新的进展背后的，是美国人对阿富汗可能倒向苏联的恐惧，后者在1979年下半年似乎正在为军事介入阿富汗作准备。苏联的介入成为美国情报机构关注的重点，众多的简报和意见书都在讨论这一话题，然而这并不代表人们能够对将要发生的事有所察觉。一份提交给美国国家安全委员会的、题为“苏联正在阿富汗做什么”的报告以其无可厚非的坦率态度承认：“简而言之，我们什么都不知道。”尽管莫斯科的计划让人难以捉摸，但是有一点是十分清楚的，即伊朗国王的倒台使美国失去了一个在该地区的重要盟友。美国人现在担忧的是，多米诺骨牌效应可能会使局面变得更糟。
苏联也在担心同样的事情。由于霍梅尼掌权后没有向苏联敞开大门，反而减少了合作的机会，因此在莫斯科看来，伊朗所发生的事情并没有给苏联带来什么好处。于是，苏联军方设计了一系列应急方案，一旦（如总书记列昂尼德？勃列日涅夫所言的）“友好的阿富汗政府”需要支援，苏联便能够进行大规模的军事部署。美国人监视着伊朗和阿富汗北部边境的军事活动，他们观察到一支苏联特种部队正在朝喀布尔开进；同时据中情局判断，有一个航空兵营被派到了贝格拉姆空军基地，该基地是苏联物资进入阿富汗的主要据点。
在这一关键时期，阿富汗的局势突然发生了变化。1979年9月，野心勃勃、难以捉摸的哈菲佐拉？阿明（Hafizullah Amin）在权力争夺中取代了努尔？穆罕默德？塔拉基。作为体现苏联政治局意图的喉舌，《真理报》（Pravda）曾在社论中将阿明称作是有希望的阿富汗领导人。而现在，莫斯科指责他是革命的敌人，为了一己私利试图操纵部落斗争，是“美帝国的间谍”。苏联十分关注阿明已经被中情局收买的谣言，而阿明的政敌也在大力地散播这一谣言。苏联政治局的会议记录表明，莫斯科非常担心阿明会投入美国人的怀抱，华盛顿极力想在阿富汗扶植一个亲美的政府。
苏联人的焦虑与日俱增。阿明在发动政变前频繁地与美国派驻阿富汗的使团接触，这似乎表明华盛顿正在从伊朗政策的失败阴影中走出来，并开始重整旗鼓。随着阿明对苏联人的态度愈发冷淡并且在掌权之后立即向美国示好，苏联动手的时机到了。
如果苏联现在不采取强硬措施来支持它的盟友，它将不仅仅输掉阿富汗，而且会输掉整个中亚地区。瓦连京？瓦连尼科夫（Valentin Varennikov）将军后来回忆道，政府高层在“担心，被赶出伊朗的美国人会把他们的基地迁到巴基斯坦，并控制住阿富汗”。在其他地区，苏联的领导地位也受到了挑战，看上去已经落于下风：政治局讨论了70年代中国和美国双边关系的进展，指出莫斯科在这里又输了一局。
1979年12月，苏共的高层官员对勃列日涅夫说，美国正在试图建立一个横跨中亚的“新奥斯曼帝国”，而苏联在南方边境却没有一个全方位的防空体系，这意味着美国能够在苏联的心脏地区插上一把匕首。正如之后不久勃列日涅夫在接受《真理报》的采访时所指出的，阿富汗的动荡是对“苏联国家安全的重大威胁”。显然，苏联人准备动手了。
勃列日涅夫在与高层官员举行会谈两天后，下令制订入侵计划，初步部署7。5万到8万人。实事求是的守旧派军官、苏联总参谋长尼古拉？奥加尔科夫（Nikolai Ogarkov）将军对此大发雷霆。作为一名训练有素的工程老兵，奥加尔科夫指出，这些兵力根本无法维持通信线路的畅通以保证该国境内关键据点的安全。国防部长德米特里？乌斯季诺夫（D