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“北京人”化石在平安全无望，极有被窃取之可能。倘有险失，乃为世界人类之一大损失，其价值和影响无可估量。为救国之珍宝于危难，请速作迁移之去向。
蒋介石接到电文后，由于一个拳头要抗击小日本，另一个拳头还要对付共产党，再加之各种事务缠身，外交活动不断，即使很想顾及此事，也根本无暇顾及，一眨眼，两个月过去了。据说，直到翁文灏第二次催促此事，蒋介石才召集政府有关人员开会。会上经过一番慎重的考虑和比较，最后终于作出决定：同意将“北京人”化石运往美国自然历史博物馆避避风险，待战争结束后再如数归还中国。
翁文灏获悉这一消息后，这才立即给裴文中写信，对“北京人”化石转移之事做了如下安排：
先找美国公使馆对“北京人”转移之事，作个周密的计划安排，请他们委托有关部门将“北京人”化石标本运到美国，然后再交给国民党政府驻美大使胡适先生；“北京人”化石运到美国后，可供魏敦瑞博士研究时使用，但保管和保存权必须在中国驻美大使馆的手上，即必须要掌握在胡适先生的手上。待战争结束后，务必再将“北京人”化石重新运回中国。
应该说，翁文灏的这些想法和打算，是比较周密的，也是很有远见的。因为１９４１年的中国，毕竟是日本人横行霸道的天下，而日本人的本性，他是心中有数的。所以为防止“北京人”的命运万有不测，他只好同意将“北京人”运出国去，当然，这样做，就他个人感情而言，也是一件很痛苦的事情。
不过，翁文灏写给裴文中的这封至关重要的信，似乎来得太迟了一点。据裴文中说，“他收到由美国驻北平公使馆转给他的这封信的时候，已是１９４１年的１１月了。”也就是说，离太平洋战争的全面爆发，大约只差一个月左右。
裴文中接到翁文灏来信的当天，便匆匆赶往美国驻华公使馆，打算交涉一下关于“北京人”化石转运的种种具体事宜。
此时的美国驻华公使馆，已是一片慌乱，各种各样的材料文件，撒落一地；乱七八糟的箱子柜子，堆了满满一走廊；公使馆内所有大大小小的官员们的脸上好像都清楚地写着一个意思：战争就要爆发，赶快离开中国吧！
在慌乱的人群中，裴文中好不容易找到了美国驻华公使馆的负责人。可当他把“北京人”化石转运美国之事说了之后，对方给他的答复却是两个字：“不行！”
“为什么？！”裴文中一听就急了。
“我们在未得到驻重庆大使馆詹森大使的训令前，无权‘航渡’‘北京人’化石标本。”美国公使馆的那位负责人语气十分坚定。
“那现在我们该怎么办呢？”裴文中急忙问道。
“必须先请示重庆方面的詹森大使。如果他下令，我们照办就是了。”美国公使馆负责人说。
斐文中当即便请美国公使馆负责人，给重庆的詹森大使发去一封急电。
大约两三个星期之后，詹森大使才向北平复电，同意将“北京人”化石标本装箱运往美国。据说，中国行政院秘书长蒋廷黻还同美国大使詹森签署了一份相关的协议书。
奇怪的是，据裴文中本人说，此后有关“北京人”的一系列事情，他没有再插手，而改由协和医学院的院长胡顿和总务长博文与美国公使馆交涉、安排。事情为何如此？至今不得而知。从现在留下来的资料中，我们找不到任何线索、根据和理由，也没人留下任何清晰的说明。我们只在裴文中本人后来撰写的《“北京人”的失踪》一文中，查到了这样一段文字：
一直到１９４１年１１月，才由北平的美国公使馆转来翁文灏的信，允许将“北京人”的标本全部运往美国，交纽约自然博物馆保管，待战争结束后再行运回中国。但是当我与北平的美国公使馆交涉时，他们的负责人却说没有得到重庆美国大使詹森的训令，不便负责。我又请他们急电重庆请示詹森，等詹森回电答应，时间已经到了１１月底。以后，就由协和医学院的院长胡顿和总务长博文二人与美国公使馆交涉。
裴文中为什么没有和美国公使馆继续交涉，而改由胡顿和博文进行交涉？除了裴文中自己这一说法外，我们找不出其他任何根据。而胡顿和博文与美国公使馆到底是怎么交涉的，也扑朔迷离，无证可查。
“北京人”的历史，从这时开始，似乎变得隐秘、复杂起来；而日美间的矛盾，更是发展到剑拔弩张的地步。
据有关资料表明，１９４１年１１月２日这天，是个没有太阳的日子，美国驻华舰队总司令赫德上将一早起床，心情就极其烦躁。按惯例，他起床后的第一件事情还是打太极拳。在过去的岁月里，每当赫德上将在打太极拳的时候，是任何人不许去惊扰的，也是任何人不敢去惊扰的。可这个早上的他尚未屏息静气、最后收关，一个军务参谋便急匆匆地将一份来自美国海军总部的命令送到了他的面前：
驻屯北平、天津海军陆战队、驻沪海军陆战队第四联队、驻华长江舰队，务必迅速作好撤离准备，共赴菲律宾群岛作军事集结。
赫德总司令当即停止手脚，匆匆奔向办公室。
自１９２７年起，美国海军便派遣陆战队屯驻中国的北京、天津、上海等租界。近几年来，尽管世界局势越来越动荡不安，直至彼此水火不容、刀兵相见，但由于美国采取了中立和避而不战的战略指导思想，因而驻华美军虽然身处战争漩涡，却始终能够毫无顾虑和不受任何威胁与伤害地平安度日。
可现在，太平洋上空满天风险，战事眼看就要一触即发，凶多吉少的日美局势不得不使远在异国他乡的美国官兵们越发地惊恐起来。他们在为美国命运担忧的同时，更为自己的命运而深感不安，并随时都在作着各种时凶时吉的推测，密切关注着美国政府作出的关于自己命运前程的点滴消息。虽然，驻华美军开赴菲律宾群岛所进行的军事集结，在很大程度上意味着将与７月２４日在印度支那南部登陆的日军及其后续部队直接交锋。但血战在即，容不得有半点犹豫，何况服从命令是军人的天职。所以，驻华的美国海军在接到命令后，立即行动起来，开始做着迅速撤离中国的准备。
而与此同时，远在大洋彼岸的美国总统轮船公司，早在海军总部发布命令的前三天，就按照政府的指令，派出了“范盘轮总统号”、“麦迪轮总统号”和“哈里逊总统号”三艘远洋巨轮，从旧金山海岸拔锚起程，分别开往中国的秦皇岛和上海，前来承载美军撤离危机四起的中国。
当然，忙乱中的美军们不会想到，此刻的日本已经决定孤注一掷，不惜一切代价对美、英、荷三国开战———新组阁的日本首脑人物在１９４１年１１月５日召开的御前会上经过一番激烈争论和秘密策划后，终于通过了关于太平洋局势的《帝国国策实施要领》。日本军令部便发布了由天皇批准的准备作战的命令。与此同时，日本联合舰队司令官山本五十六，也站在佐伯湾长门号旗舰上，向联合舰队下达了经天皇批准的准备作战的命令。
而这时在中国北平的美国官兵们，对日美上层之间已经发生和正在发生的一切故事，统统浑然不知。他们除了胡思乱想、坐以待命外，整天无所事事。在此期间，驻上海美国海军联队司令霍华德上校，曾先后赴驻华日本海军专员公署和舰队司令部，分别拜访了大冈少将、古贺中将、牧田少将———明为对日本驻华舰队过去的合作表示感谢，实为暗中窥探日本方面的动静与反应。结果依然一无所获。直到１１月２０日早晨，霍华德上校才接到一纸命令：所属部队的行李、器械、枪支弹药等，马上全部装车，运往浦东码头等待装船。
１１月２１日，美驻华使馆又发出公告，督促美侨做好撤返准备，随第四联队一同乘船去菲律宾群岛，然后再取道回国。
同一天，日本联合舰队司令长官山本五十六向第一航空舰队司令长官南云忠一海军中将，发出了绝密的作战命令。
１１月２６日晨６时３０分，南云忠一海军舰队的“赤城号”、“加贺号”、“苍龙号”、“飞龙号”、“翔鹤号”、“瑞鹤号”共计六艘航空母舰，盛载４００余架飞机，携同“比睿号”、“雾鸟号”两艘战列舰、“利根号”、“筑摩号”两艘重巡洋舰以及一艘轻巡洋舰、十一艘驱逐舰、三艘潜艇和八艘油船，共三十三艘舰只组成的庞大舰队，从日本领海拔锚起程，以颇为壮观的环行航海队形，在波涛滚滚、浓雾密布的太平洋海面上，向远在三千海里以外的美国珍珠港急速挺进。
１１月２７日，美国驻上海海军第四联队首批撤退的第二队３００名官兵，由寇蒂斯中校率领，分批乘专车直驶新关码头，尔后列队登上了“曼马勒号”轮船。按原定计划，当官兵登上轮船后，要举行隆重的告别仪式，但不幸的是，当这３００名美国海军官兵刚刚登上轮船，天空顿时电闪雷鸣，大雨倾盆，告别仪式根本无法进行。寇蒂斯中校只好率队乘船，驶往停泊在黄浦江岸的“麦迪轮总统号”巨轮。下午２时，“麦迪轮总统号”解缆拔锚，离开上海黄浦江，直驶菲律宾。
１１月２８日，美驻上海海军联队第一队４５０名官兵，在联队司令霍华德上校率领下，乘“哈里逊总统号”巨轮离开黄浦江，直驶秦皇岛。由于“范盘轮总统号”因故延期来华，所以根据赫德上将的命令，“哈里逊总统号”必须前往秦皇岛，运载驻屯北平、天津的美国海军官兵，然后驶往菲律宾群岛。
于是，１２月２日，中华社向世界播发了这样一条消息：