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从那日起，小龙女将古墓派的内功所传，拳法掌法，兵刃暗器，一项项的传授。如此过得两年，杨过已尽得所传，藉着寒玉床之助，进境奇速，只功力尚浅而已。古墓派武功创自女子，师徒三代又是女人，不免柔灵有余，沉厚不足。但杨过生性浮躁轻动，这武功的路子倒也合于他的本性。
小龙女年纪渐长，越来越是出落得清丽无伦。这年杨过已十六岁了，身材渐高，喉音渐粗，已是个俊秀少年，非复初入古墓时的孩童模样，但小龙女和他相处惯了，仍当他孩童看待。杨过对师父越来越是敬重，两年之间，竟无一事违逆师意。小龙女刚想到要做甚么，他不等师父开口，早就抢先办好。但小龙女冷冰冰的性儿仍与往时无异，对他不苟言笑，神色冷漠，似没半点亲人情份。杨过却也不以为意。小龙女有时抚琴一曲，琴韵也是平和冲浅。杨过便在一旁静静聆听。
这一日小龙女说道：“我古墓派的武功，你已学全啦，明儿咱们就练全真派的武功。这些全真老道的功夫，练起来可着实不容易，当年师父也不十分明白，我更加没能领会多少。咱们一起从头来练。我若是解得不对，你尽管说好了。”次日师徒俩到了第一间奇形石室之中，依着王重阳当年刻在室顶的文字符号修习。
杨过练了几日，这时他武学的根柢已自不浅，许多处所一点即透，初时进展极快。但十余日后，突然接连数日不进反退，愈练愈是别扭。
小龙女和他拆解研讨，却也感到疑难重重。杨过心下烦躁，大发自己脾气。小龙女道：“我与师父学练全真武功，练不多久，便难进展一步，其时祖师婆婆已不在世，无处可请教益。明知由于末得门径口诀，却也无法可想。我曾说要到全真教去偷口诀，给师父重重训斥了一顿。这门功夫就此搁下了，反正是全真派武功，不练也不打紧。你也不用生气，此事不难，咱们只消去捉个全真道士来，逼他传授入门口诀，那就行了。跟我走罢。”这一言提醒了杨过，忽然想起赵志敬传过他的“全真大道歌”中有云：“大道初修通九窍，又窍原在尾闾穴。先从涌泉脚底冲，涌泉冲起渐至膝。过膝徐徐至尾闾，泥丸顶上回旋急。金锁关穿下鹊桥，重楼十二降宫室。”于是将这几句话背了出来。
小龙女细辨歌意，说道：“听来这确是全真派武功的要诀。你既知道，那再好也没有了。”当下杨过将赵志敬所传的口诀，逐一背诵出来。当日赵志敬所传，确是全真派上乘内功的基本秘诀，只是未授其用法，至于甚么“涌泉”、“十二重楼”、“泥丸”等等名称更是毫不解说，杨过只是熟记在心，自是毫无用处。此时小龙女一加推究，指出其中关键，杨过立时便明白了。数月之间，两人已将王重阳在室顶所留的武功精要大致参究领悟。
这一日两人在石室中对剑已毕，小龙女叹道：“初时我小觑全真派的武功，只知它虽号称天下武学正宗，其实也不过如此，但到今日，始知此道实是深不可测。咱们虽尽知其法门秘要，但要练到得心应手，劲力自然而至，却不知何年何月方能成功。”杨过道：“全真派武功虽精，但祖师婆婆既留下克制之法，自然尚有胜于它的本事。这叫做一山还有一山高。”小龙女道：“从明日起，咱们要练玉女心经了。”
次日两人同到第二间石室，依照室顶的符号练功。这番修习却比学练全真派武功容易得多，林英所创破解王重阳武功的法门，还是源自她原来的武学。
过得数月，二人已将“玉女心经”的外功练成。有时杨过使全真剑法，小龙女就以玉女剑法破解，待得小龙女使全真剑法，杨过便以玉女剑法克制。那玉女剑法果是全真剑法的克星，一招一式，恰好把全真剑法的招式压制得动弹不得，步步针锋相对，招招制敌机先，全真剑法不论如何腾挪变化，总是脱不了玉女剑法的笼罩。
外功初成，转而进练内功。全真内功博大精深，欲在内功上创制新法而胜过之，真是谈何容易？那林朝英也真是聪明无比，居然别寻蹊径，自旁门左道力抢上风。小龙女抬头望着室顶的图文，沉吟不语，一动不动的连看数日，始终皱眉不语。
杨过道：“姑姑，这功夫很难练么？”小龙女道：“我从前听师父说，这心经的内功须二人同练，只道能与你合修，那知却不能够。”杨过大急，忙问：“为甚么？”小龙女逆：“若是女子，那就可以。”杨过急道：“那有甚么分别？男女不是一样么？”小龙女摇头道：“不一样，你瞧这顶上刻着的是甚么图形？”杨过向她所指处望去，见室顶角落处刻着无数人形，不下七八十个，瞧模样似乎均是女相，姿式各不相同，全身有一丝丝细线向外散射。杨过仍是不明原由，转头望着她。
小龙女道：“这经上说，练功时全身热气蒸腾，须拣空旷无人之处，全身衣服畅开而修习，使得热气立时发散，无片刻阻滞，否则转而郁积体内，小则重病，大则丧身。□杨过道：“那么咱们解开衣服修习就是了。”小龙女道：“到后来二人以内力导引防护，你我男女有别，解开了衣服相对，成何体统？”
杨过这两年来专心练功，并未想到与师父男女有别，这时觉得与师父解开全身衣衫而相对练功确然不妥，到底有何不妥，却也说不上来。小龙女其时已年逾二十，可是自幼生长古墓，于世事可说一无所知，本门修练的要旨又端在克制七情六欲，是以师徒二人虽是少年男女，但朝夕相对，一个冷淡，一个恭诚，绝无半点越礼之处。此时谈到解衣练功，只觉是个难题而已，亦无他念。杨过忽道：“有了！咱俩可以并排坐在寒玉床上练。”小龙女道：“万万不行。热气给寒玉床逼回，练不上几天，你和我就都死啦。”
杨过沉吟半晌，问道：“为甚么定须两人在一起练？咱俩各练各的，我遇上不明白地方，慢慢再问你不作吗？”小龙女摇头道：“不成。这门内功步步艰难，时时刻刻会练入岔道，若无旁人相助，非走火入魔不可，只有你助我、我助你，合二人之力方能共渡险关。”
杨过道：“练这门内功，果然有些麻烦。”小龙女道：“咱们将外功再练得熟些，也足够打败全真老道了。何况又不是真的要去跟他们打架，就算胜他们不过，又有甚么了？这内功不练也罢。”杨过听师父这般说，当下答应了，便也不将此事放在心上。
这日他练完功夫，出墓去打些獐兔之类以作食粮，打到一只黄□后，又去追赶一头灰兔，这灰兔东闪西躲，灵动异常，他此时轻身功夫已甚是了得，一时之间竟也追不上。他童心大起，不肯发暗器相伤，却与它比赛轻功，要累得兔儿无力奔跑为止。一人一兔越奔越远，兔儿转过山坳，忽然在一大丛红花底下钻了过去。
这丛红花排开来长达数丈，密密层层，奇香扑鼻，待他绕过花丛，兔儿已影踪不见。杨过与它追逐半天，已生爱惜之念，纵然追上，也会相饶，找不到也就罢了。但见花丛有如一座大屏风，红瓣绿枝，煞是好看，四下□树荫垂盖，便似天然结成的一座花房树屋。杨过心念一动，忙回去拉了小龙女来看。
小龙女淡然道：“我不爱花儿，你既喜欢，就在这儿玩罢。”杨过道：“不，姑姑，这真是咱们练功的好所在，你在这边，我到花丛的那一边去。咱俩都解开了衣杉，可是谁也瞧不见谁。岂不绝妙？”
小龙女听了大觉有理。她跃上树去，四下张望，见东南西北都是一片清幽，只闻泉声鸟语，杳无人迹，确是个上好的练功所在，于是说道：“亏你想得出，咱们今晚就来练罢。”
当晚二更过后，师徒俩来到花荫深处。静夜之中，花香更是浓郁。小龙女将修习玉女心经的口诀法门说了一段，杨过问明白了其中疑难不解之处，二人各处花丛一边，解开衣杉，修习起来。杨过左臂透过花丛，与小龙女右掌相抵，只要谁在练功时遇到难处，对方受到感应，立时能运功为助。
两人自此以夜作昼。晚上练功，白日在古墓中休息。时当盛暑，夜间用功更为清凉，如此两月有余，相安无事。那玉女心经共分九段行功，这一晚小龙女已练到第七段，杨过也已练到第六段。当晚两人隔着花丛各自用功，全身热气蒸腾，将那花香一薰，更是芬芳馥郁。渐渐月到中天，再过半个时辰，两人六段与七段的行功就分别练成了。突然间山后传来脚步声响，两个人一面说话，一面走近。
这玉女心经单数行功是“阴进”，双数为“阳退”。杨过练的是“阳退”功夫，随时可以休止，小龙女练的“阴进”却须一气呵成，中途不能微有顿挫。此时她用功正到要紧关头，对脚步声和说话声全然不闻。杨过却听得清清楚楚，心下惊异，忙将丹田之气逼出体外，吐纳三次，止了练功。只听那二人渐行渐近，语音好生熟悉，原来一个是以前的师父赵志敬，一个却是尹志平。两人越说越大声，竟是互相争辩。
只听赵志敬道：“尹师弟，事你再抵赖也是无用。我去禀告丘师伯，凭他查究罢。”尹志平道：“你苦苦逼我，为了何来？难道我就不知？你不过想做第三代弟子的首座弟子，将来好做我教的掌门人。”赵志敬冷笑道：“你不守清规，犯了我教的大戒，怎能再做首座弟子？”尹志平道：“我犯了甚么