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由于国内军阀混战不息，留学生的官费也断了。在国外留学的学生更加窘迫。一次罗家伦通过蔡元培介绍，向商务印书馆监理张元济借得国币1500元。傅斯年得知后，立即向罗借款。后来，罗家伦因紧张致快信向傅“讨债”。已是穷困潦倒的傅斯年立即修书一封，叙述自己的艰难处境。
其中一段这么写道：
“弟在巴黎最后接到朱寄之二十，换了后，还债等已精光，末日只剩了三十佛朗，其手中之二十马克尚是从吾（姚从吾）寄我者也。到了此地，幸员外尚有几文，故用到11月，过了初十，朱（中国驻英公室朱兆莘）寄来二十镑，交了2月房钱去其过半，所余的月底还完了员外怎么办呢？幸与老陈（陈寅恪）定了一约，他先把二十镑之马克给我，我交了学费及他种零费，借给一位更穷的朋友三十马克，交了这月房钱，今天只剩了四个半马克，愁得这两天无以为继也。”
又说：
“上星期初已即向朱要二十镑，大约此星期可寄来。但此是老陈的了，有约在。他即日走，先赴英国，故更无从通融起。那么怎么办呢？上星期一向朱写信时，说有二十方可过年节，当时尚未计算得清楚，信发觉‘斯言之玷，不可为也’。始意觉得这月总可勉强到底，但陈走甚急，姚钱不来。前昨两日，整日思法子。昨天开了一个书单子，择其或有人要者于HirschwaId，未知下文如何？此时满想向朱再要，但如何措辞，且甚无效耳……要是老陈不走尚有法，而他即走。他的钱为郭才子陈津藻二位借了上路，故他也着急无对。此时柏林的环境中，比先更窄，故通融之国，更穷。几乎等于不能借分文之局面。这两月，子水、从吾、大维都是赖老陈维持。老陈大苦，老陈走后，更不了矣。”
傅斯年从《德国汇报》闻知中国驻英公使朱兆莘将要去职的消息，大惊，急忙写信致英使馆向朱催要学费。朱将这个棘手的皮球踢给了继任者。而继任者根本不把傅斯年等留学生放在眼里，对傅斯年的连连上书催款视而不见，迟迟不作答复。傅斯年大怒，立即表示“老傅穷而不安，但亦尚有脾气”。
【去留】
在国民党退守台湾之际，因台湾大学原校长庄长恭离职，国民政府决定由傅斯年接任台大校长。经朱家骅和傅斯年多次晤谈，傅勉强表示从命，欲“跳这一个火坑”。
傅斯年曾在“去留之间两徘徊”。据史语所研究人员陈槃回忆：自三十八年冬（实应为三十七年），首都告急，群情惶急，不知何以为计。一日，师（傅斯年）召集同人会议，惨然曰：“研究所生命，恐遂如此告终矣！余之精力遂消亡，且宿疾未愈，虽欲再将研究所迁入适当地区，使国家学术中心维持得以不坠，然余竟不克荷此繁剧矣。今当筹商遣散。虽然如此，诸先生之工作，斯年仍愿尽最大努力，妥为介绍安置。”同人此时，以学术自由之环境已受威胁，于多年生命所寄托之研究所，亦不胜其依恋可惜。一时满座情绪，至严肃悲哀，有热泪盈眶者。师于是不觉大感动，毅然曰：“诸先生之贞志乃尔，则斯年之残年何足惜，当力命以付诸先生之望耳。”本所迁移之议，于是遂决。
1949年元旦之夜，胡适与傅斯年在南京共度岁末。是夜，师徒二人置酒对饮，相视凄然，两位书生不禁潸然泪下。午夜的钟声响过，二人打起精神，一边喝酒，一边背诵陶渊明《拟古》第九：“种桑长江边，三年望当采。枝条始欲茂，忽值山河改。柯叶自摧折，根株浮沧海。春蚕既无食，寒衣欲谁待。本不植高原，今日复何悔！”待把此诗吟过数遍，二人酒劲上来，倒在桌旁昏睡过去。
随着陈布雷自杀身亡，傅斯年也产生了继之而去的念头。这个念头存在他的心中已有时日，早在1932年他就说过：“国民党曾为民国之明星者若干年，而以自身组织紊乱之故，致有今日拿不起，放不下之形势。于是一切残余的旧势力蠢蠢思动，以为‘彼可取而代之’。”又说：“平情而论，果然共产党能解决中国问题，我们为阶级的缘故，丧其性命，有何不可。我们虽不曾榨取劳苦大众，而只是尽心竭力忠其所职者，一旦‘火炎昆冈，玉石俱焚’自然当与坏东西们同归于尽，犹之乎宋朝亡国时，若干好的士人，比贪官污吏还死得快些一样子。一从大处设想，即知如此命运真正天公地道，毫无可惜之处。”
陈槃回忆：“当首都仓皇之日，时有陈布雷、段锡朋二氏之殁，师（傅斯年）因精神上大受刺激，悲观之极，顿萌自杀之念。而师未于此时殉国者，赖傅夫人爱护防范之力也。”当时傅斯年的夫人俞大綵正准备陪母亲去广州、香港就医，傅斯年的弟弟傅斯严（孟博）暗中劝俞不要离开。俞大綵说：“我略整行装，准备隔日启程，当夜孟博赶来痛哭流涕，责备我不该离开孟真。他说：‘你难道不知道哥哥随身带着一大瓶安眠药，一旦匪军攻入，他便服毒自尽么？那时，你将何以自处？’骨肉情深，感人肺腑，我们相对涕泣，我便放弃了广州之行。”幸得夫人看护，傅斯年未自杀赴死。
在傅斯年徘徊不定之时，台湾有关人士函电催促其迅速到台大上任。陈诚也致电傅斯年说：“弟已于今日先行接事，介公深意及先生等善意，恐仍须有识者之共同努力，方能有济。弟一时不能离台，希先生速驾来台，共负钜艰。”接到电报后，傅斯年将自己关在一个房间，三日三夜未出房门，绕室踱步，反复吟咏、书写陶渊明《种桑长江边》的诗句，考虑去留问题，最后决定暂且去台湾就职。他原想带全家去台湾，并且已买好了机票，临时决定，把部分亲属留下，退掉了机票，对他们说：共产党对文人还是要用的，我可能很快就回来。临行又把许多图书、家产留了下来。
1949年1月19日，傅斯年飞赴台湾。这天晚上，在惨淡的星光照耀下，傅斯年携夫人走出了史语所大院中的家门，胡适与傅氏夫妇在前，秘书那廉君殿后，一行人在漆黑寒冷的夜色中悄无声息地走着。沉沉的夜幕中，看门的老工友接过傅斯年手中的行李，在送向汽车的同时，呜咽着道：“傅先生，今日一别，还能相见吗？”傅听罢，悲不自胜，热泪夺眶而出：“好兄弟，等着我，我会回来的。”傅说着，握住老工友的手作了最后道别，然后登车仓皇离去。当夜，傅斯年飞抵台北。
【孝道】
傅斯年事母至孝。他早年丧父，是母亲和祖父将他抚养长大。号称“大炮”的傅斯年平日霸气十足，不把任何人放在眼里，但每当母亲发脾气，他就立即长跪不起，听任母亲斥责，直到母亲发完脾气，让他起来方才站起。
因傅斯年的母亲患高血压病，忌吃猪肉，俞大綵为婆母健康，不敢给她食肉。但傅母却偏极爱吃肥肉，于是矛盾不可避免。俞大綵曾回忆说：孟真侍母至孝，对子侄辈，也无不爱护备至。太夫人体胖，因患高血压症，不宜吃肥肉。记得有几次因我不敢进肥肉触怒阿姑，太夫人发怒时，孟真辄长跪不起。他窃语我云：“以后你给母亲吃少许肥肉好了。你要知道，对患高血压症的人，控制情绪，比忌饮食更重要，母亲年纪大了，别无嗜好，只爱吃肉，让她吃少许，不比惹她生气好么？我不是责备你，但念及母亲，茹苦含辛，抚育我兄弟二人，我只是想让老人家高兴，尽孝道而已。”
傅斯年的母亲后跟随儿子在南京居住。抗日战争全面爆发后，傅斯年由于领导中央研究院各所搬迁事宜，无暇顾及家庭，特委托一位下属和两个侄儿负责保护母亲转移至安徽和县暂住。南京沦陷后，傅斯年辗转来到重庆后。不久两个侄儿来见，傅斯年以为家人顺利脱险，十分高兴，当侄儿述说祖母没有逃出来时，傅斯年大怒，当场打了侄儿两个耳光，又各自踹了两脚。随后，他千方百计令人把母亲于战祸连绵的安徽接了出来，辗转20余天由陆路逃至汉口，最后抵达长沙。当时老太太年已七十余岁高龄，傅斯年每言及老母逃难事，总怀歉疚之情，他曾对同事说：“老母幸能平安至后方，否则将何以面对祖先？”后来，史语所由长沙迁昆明，傅斯年把母亲接到重庆，安置在歌乐山下一个较为安全的地方，与弟弟傅斯严（孟博）一起生活，费用全部由傅斯年负担。
傅母体胖，加之年事已高，为躲避战火舟车劳顿，一旦安定反生病恙，时好时重，最后在医院病逝。据一直在病房服侍的朱仲辉说，傅家老太太病逝后，傅斯年因不知病情，医院方面的专家又拿不出一个确切的结论，为此双方吵吵嚷嚷，争论不休，最后院方提出解剖，以验证病症之要害。傅斯年犹豫再三，最后同意解剖，其结果确为胆结石所致。由此可见当时中国头号医院医药设备及医疗技术是怎样的落后与糟糕。
傅母去世时，傅斯年还在病中，只能由妻子俞大綵出面请其兄、时任国民政府兵工署署长的俞大维派人料理安葬事宜。墓地选在歌乐山附近中研院数学所办公处旁的一个小山顶上，由兵工署人员在岩石中钻一洞穴，下葬时用吊车将棺木放入，用水泥制成七八寸厚预制板三块，用吊车吊起盖在墓穴上方，整体看上去如同一个应用于战争的碉堡，极为坚固。傅斯年致信胡适说：“家母葬于歌乐山风景绝佳处，作成一水泥之圹，甚坚。”但是，傅斯年万万没有想到得是，在他去世后的1966年，他母亲的坟墓作为“地主妖婆”和“蒋帮特务的后台老板”之窝点，被红卫兵和造反派用炸药炸开，抛骨扬尸。据说傅母的�