出版。它是我十几年的心血啊！”
然而，这时“文化大革命”爆发。虽然由于受到特殊的保护，马宅免于抄家之祸。但是，大“革”文化之“命”的憾事，却在家庭内部发生了。马寅初家中几个年幼无知的孩子，因担心抄家者会从马寅初的手稿中搜寻出批斗马寅初的把柄，于是乎在半是胆怯、半是盲从的情绪支配下，将马寅初珍藏多年的来往书信、文物字画，连同这部《农书》手稿以及其他经济学资料，统统当作“四旧”而付之一炬，销毁得一干二净。也有人认为是家人根据马寅初的意见将书稿焚烧殆尽的。
马寅初当初在撰写《农书》时，往往写下后便放起来，并没有跟家人细谈，以至于无人知道《农书》中详细的内容，给世人留下了永远的遗憾。
【公案】
鲁迅与马寅出是绍兴同乡，但这两人关系交恶。不知何缘由，鲁迅对于比自己年轻一岁的绍兴同乡马寅初很少好感。1926年秋，厦门大学一次请来了马寅初，为此，全校“列队欢迎，大摆宴席”。因马寅初是“北大人”，校长还发函叫“北大同人”鲁迅及沈兼士去陪。鲁迅收到公函后，除了非常愤怒与拒绝外，没有其他反应，只在公函上写了个“知”字，意为“不去可知矣”，并说：“道不同不相与谋。”
《关于鲁迅的辩护词》的作者房向东分析，厦大校长林文庆之所以对马寅初那么殷勤，主要是学校资金缺乏，希望能从马寅初这位财神爷身上捞一点油水。而鲁迅正是看到了这一点，拒绝与马寅初接触。加上马寅初是当时中国财经界的名流，是个“红人”，而鲁迅向来不喜欢趋炎附势，因此对马寅初不仅冷漠，而且热讽。房向东在《关于鲁迅的辩护词》中还说：“鲁迅不参加‘列队欢迎’的儿戏，是为了逃避无聊；鲁迅的‘骂’马寅初，与其说是‘骂’，不如说是反抗无聊。”
1926年10月20日，正在厦门大学任国文系教授的鲁迅，在写给许广平的《两地书》中提到马寅初：“这几天此地正在欢迎两位名人。一个是太虚和尚到南普陀来讲经，……一个是马寅初博士到厦门来演说，所谓‘北大同人’，正在发昏章第十一，排班欢迎。我固然是‘北大同人’之一，也非不知银行之可以发财，然而于‘铜子换毛钱，毛钱换大洋’演说，实在没有什么趣味。所以都不加入，一切由它去罢。”鲁迅所谓的“铜子换毛钱，毛钱换大洋”，指的是马寅初发表在1924年《晨报六周年纪念增刊》的《中国币制问题》，其中谈到了主币与辅币的换算问题。
1928年1月28日，鲁迅又在自己主编的《语丝》周刊4卷7期化名“楮冠”发表《拟豫言——一九二九年出现的琐事》，其中公开讽刺了马寅初：“有博士讲‘经济学精义’只用两句，云：‘铜板换角子，角子换大洋。’全世界敬服。”
另据宋运郊在《回忆我们的老校长——马寅初先生》一文中回忆，1956年秋天，北大文科同学为了纪念鲁迅逝世20周年，建议邀请许广平到北大介绍鲁迅事迹。时任北大校长的马寅初虽然同意了这件事情，却“碍于情感方面的因素”没有出面接待许广平。
【情谊】
抗战后期，马寅初被蒋介石软禁在重庆歌乐山，蒋不许马寅初教书、发表文章，段了马寅初的经济来源。周恩来获悉情况后，指示《新华日报》：马寅初是一位经得起考验的爱国主义者，有骨气，有正义感，我们必须给予支持。此后，马寅初被《中央日报》退回来的稿子都在《新华日报》上发表出来，并给予最高标准的稿酬，这使身处危难之际的马寅初终生难忘。
马寅初为新中国的诞生欢欣鼓舞，并积极投身于共和国的筹划和建设之中。1949年3月25日，在欢迎毛泽东主席、朱德总司令等中共中央领导人从西柏坡迁至北平的仪式上，马寅初竟不顾会场秩序，跑向周恩来乘坐的吉普车，大声对周恩来说：“遵照你的指示，我已平安来到北平。”喜悦心情溢于言表。
1959年，全国发起了讨伐马寅初新人口论的声浪，此时，周恩来找到马寅初，恳切地要求马寅初写一份检讨，马寅初拒绝。但拒绝后，马寅初觉得对周恩来有所歉疚。数天后，他为《新建设》杂志撰文，便特意加上一段：《对爱护我者说几句话并表示衷心的感谢》：“最后我还要对另一位好朋友表示感忱，并道歉意。我在重庆受难的时候，他千方百计来营救我；我1949年自香港北上参政，也是应他的电召而来。这些都使我感激不尽，如今还牢记在心。但是这次遇到了学术问题，我没有接受他的真心诚意的劝告，心中万分不愉快，因为我对我的理论有相当的把握，不能不坚持，学术的尊严不能不维护，只得拒绝检讨。希望我这位朋友仍然虚怀若谷，不要把我的拒绝检讨视同抗命则幸甚。”
1960年初，马寅初因为《新人口论》被迫辞去北大校长职务。这时又是周总理出面，将马寅初安排到北京市政协东城区小组。这对从政治学术舞台巅峰上被突然打落下来的马寅初是一个极大的安慰。
马寅初的儿子马本寅回忆说：像他们这样的家庭，在“文革”期间是难逃劫难的。不过，他清楚地记得：“文革”刚刚开始后某一天，辖区的一位派出所所长突然来到他家里，关照说：“根据周总理指示，你们的住宅是不允许任何人闯入、抄家的，如果有人进来可以及时通知我们。”事后，马寅初和家人才知道是总理亲自列出的民主人士的保护名单保护了他们。正是由于周总理对马寅初的关爱，使得马寅初在长达十年的“文革”动乱中免遭太多的冲击。
1971年，九十高龄的马寅初开始便血。北京医院诊断可能是直肠癌，家属和医院在手术还是化疗的问题上产生了分歧。为此马寅初的夫人就向国务院打了一个请示报告，周总理见到报告后立即批示：病人自己愿意动手术，家属也同意，医院应以手术方案为主，请天津王大夫主持会诊，以后情况还要向他本人汇报。这个批示当天就下达到北京医院。从此，卫生部专门为马寅初组织了一个专家会诊小组。1972年5月，在周恩来的亲自关心下，有关方面为马寅初安排了周密的手术方案。手术相当成功，马寅初因此又多活了十年。后来马寅初常说：“周恩来是我的救命恩人，他两次救了我，一次是1942年，一次是1972年。”前一次使他摆脱了困境，这一次使他渡过了病魔的折磨。
1975年夏天，周恩来总理在自己重病缠身的情况下依然惦记着马寅初，关心他手术后的情况和用药。周恩来还派出自己身边的两位保健大夫上门为马寅初治病。周恩来细致入微的关怀使得马寅初及家人备感温暖。
1976年1月8日，周恩来总理逝世的噩耗传来，马寅初连续数日沉默不语。1月11日，马寅初接到通知去参加周恩来遗体告别仪式，他一早起来，饭不吃，水未进，就在家人的陪同下来到吊唁大厅。当见到周恩来的遗体时，坐在轮椅上的马寅初老泪纵横，默默地向周恩来遗体鞠躬行礼。马寅初随着吊唁的人群绕遗体一圈后仍然不肯离去，工作人员只能让马老再绕一圈。走出吊唁大厅，马寅初再要子女扶着他回来，深情地向周总理的遗体鞠了三个躬。马本寅说，此时此刻父亲可能想到了所有与总理见面时的情景，或许他只有选择这样的方式才能表达自己毕生对总理的感激之情。
【仁厚】
马寅初小时候非常爱吃嵊县家乡所炸油条，它在制作上只用少许面粉，把内芯炸空，一节一节像气泡一样，吃起来特别酥脆。后来他回国当了教授，回乡发现儿时炸油条的朱师父仍在操作，因为资金有限，一次只能付3斤菜油、10斤面粉的钱，很是同情；就付了一年的油钱和面粉钱。嘱咐说当朱师父购买时，就不收钱；但每次只能取3斤菜油、10斤面粉，也不准换现钱。他知道朱爱喝酒，怕他拿去换酒喝。
1955年8月，北京大学发生一起学生死亡的意外事故。睡在上铺的一位上海籍学生黄柏松半夜从上铺摔了下来，送到医院抢救无效死亡。两天之后，黄柏松同学的父母从上海赶来，马寅出亲自接待，安慰家长。同时，学校马上给每个双层床发绳子，说是接高教部紧急通知，必须为所有没有防护装置的双层床安装防护设备，现在先用绳子临时防护。宋运郊说，从一个学生的事故，到校长关怀，再到高教部的紧急通报，不过一两天的工夫。当年没有手机没有网络，沟通传播之快，对人的关怀，令人佩服。由此可见马寅初对学生的关怀。
宋运郊回忆马寅初，刚到北大“之后一两天的下午，马老来到我们住的小饭厅逐一查看我们的床铺，这是我们第一次见到校长。他沿着走道不时翻开被褥细看，还问我们夜里冷不冷。那年我十七岁，血气方刚，连忙说不冷不冷，想不到犯了众怒，旁边连忙有人纠正我说，这么大的屋子，已经是9月了，我们从南方来的感觉是有点冷，他是北京的学生，年纪又小，还不知道什么是冷呢。这时马老说，年年增招许多学生，宿舍不够，年年建设新楼，再有不多日子新宿舍楼完工了，大家就可以进楼了。说完，马老侧过身来对随行的人说：请总务处的同志去城里租些被子来，给大家添被，千万不能冻着他们。当天傍晚就运来了一大批棉被，挨床分发，一床一条，好像也没有签字登记之类的麻烦，进楼前归还棉被时只是把它们留在空床上，也没有清点数目追查责任之类的纠葛。马老说到就做，校长言出职能部门必随，虽说有棉被一大批，人人秉公办理没有贪渎劣迹，这是我看到的马老治下的当年北大效率。”
马寅初很关心学生食堂的工作。一次宋运郊正在低头吃饭，那天吃的是肉片白菜，忽然有人