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“四·一二”政变发生后，周作人发表《吴公如何？——致荣甫先生》，明确表示：“要不要清党，我们局外人无从说起，但是那种割鸡似地杀人的残虐手段我总不敢赞成，白色恐怖绝不会比赤色的更好。”他在文中质问胡适道：“以我贫弱的记忆所及，《青天白日报》记者二名与逃兵一同斩决，清党委员到甬斩决共党二名，上海枪决五名姓名不宣布，又枪决十名内有共党六名，广州捕共党一百十二人其中十三名即枪决……清法着实不少，枪毙之外还有斩首，不知胡先生以为文明否？”9月，他又一次批评蔡元培、胡适二人身在上海，却对清党运动“视若无睹”。
1933年，周作人致函许寿裳，请蔡元培营救以“共产党”名义被捕的女师大学生郑德音。
【言论】
周作人在《谈虎集·北沟沿通信》中说：“我是不相信群众的，群众就只是暴君和顺民的平均罢了。”
周作人说自己的头脑像一间“杂货铺”：“托尔斯泰的无我爱与尼采的超人，共产主义与善种学，耶佛孔老的教训与科学的例证，我都一样的喜欢尊重，却又不能调和统一起来，造成一条可以行的大路。我只将各种思想，凌乱的堆在头里……”
周作人写《乾隆的恶诗》讽刺乾隆不通诗文，他在《山中杂信》中挖苦他“实在是旧诗的难做，怪不得皇帝”，“倘若他生在此刻，抛了七绝五律不做，专做较为自由的新体诗，即便做不好，也总不至于被人认为‘哥罐闻焉嫂棒伤’的蓝本罢。”
周作人曾翻译《贞操论》，他在《译者前言》中赞扬作者及谢野晶子“是现今日本第一流女批评家，极进步，极自由，极真实，极平正的大妇人”，他表示：“我确信这篇文中，纯是健全的思想”，是“治病的药”。此文发表后，胡适在《新青年》发表《贞操问题》一文，赞扬《贞操论》的发表是“东方文明史上一件极可贺的事”。鲁迅也发表《我之节烈观》声援周。
周作人说：“但是假如有干净的厕所，上厕时看点书却还是可以的，想作文则不必，书也无须分经史子集，随便看看都成。”
周作人说：“科学其实也很道德！”
周作人说，人生的季节是不能颠倒的，在青少年时期一定要为对真善美的追求打下底子。这种教育是以后任何时期的教育所无法补偿的。现在的学生是过于懂得显示，过早面对世俗丑恶，过早学会世故，这是很可怕的事。
周作人说：“我最为佩服的中国思想家只有三人：一是汉王充，二是明李贽，三是清俞正燮。”
周作人对韩愈之类的道学家怀有恶感，他说：“我对于韩退之整个的觉得不喜欢，器识文章都无可取，他可以算是古今读书人的模型，而中国的事情有许多却就坏在这班读书人手里。他们只会做文章，谈道统，虚骄顽固，而又鄙陋势利，虽然不能成大奸雄闹大乱子，而营营扰扰最是害事。”
周作人曾于1935年10月、1936年9月，两次撰文为秦桧翻案，他认为秦桧主和并不是不忠，而是“爱国”。他在文中说：和比战难，战败仍不失为民族英雄，（古时自己要牺牲性命，现在还有地方可逃）和成则是万世罪人，故主和实在更需要有政治的定见与道德的毅力也。
【立场】
章太炎反满革命，被俞樾詈为“不忠不孝”，章遂作《谢本师》一文，与俞断绝师生关系。周作人在日本听章讲学，对章执弟子之礼，后章依附孙传芳，周亦作《谢本师》与章断绝师生关系。抗战时期，周作人与其学生沈启无反目，沈作《谢本师》与周绝交。
周作人思想左倾，他拥护无政府主义思潮，并倾向社会主义。1927年，国民党清党时，周作人撰文明确表示反对国民党屠杀共产党人。他对国民党、蒋介石一向轻蔑、厌恶，认为蒋其人一无可取，不可信任。
周作人在《我最》一文中说：“我最不喜欢谈政治”，“《新青年》的同人最初相约不谈政治”，“政治我是不喜欢谈的，但也有要谈的东西。我所顶看不入眼而想批评的，是那些假道学、伪君子”。
抗战爆发前，周作人坚决反日。他抨击日本在北平办的汉文报纸《顺天时报》是日本侵略者在中国的一张机关报。他撰文批判日本帝国主义说：“日本人爱美，这在文学艺术以及衣食住行的形式上都可看出，不知道为什么在对中国的行动，却显得那么不怕丑……”
蒋梦麟回忆，一次，某日本人到北大讲演中日文化合作，周作人对其说：“谈到中日文化合作，我没有看见日本人的文化，我倒看见他们的武化，你们都是带着枪炮来的，那里有文化，只有武化。”
因为留日和妻子的缘故，周作人对日本一直存有好感，但到晚年，他说：“日本民族所喜欢的是明净直，那么这些例（指藏本失踪事件、河北自治请愿事件、成都北海上海汕头诸事件、走私事件、白面吗啡事件）使即可以证明其对中国的行动都是黑暗污秽歪曲，总之所表示出来的全是反面。日本人尽有他的好处，埘于中国却总不拿什么出来。所有只是恶意，而且又是出乎情理的离奇。这是什么缘故呢？”
“九·一八”事变后，周作人在《关于征兵》中写道：“吴公稚晖说过，他用机关枪打过来，我就用机关枪打过去，这是世界上可悲的现象，但这却是生存竞争上惟一的出路。修武备，这是现在中国最要紧的事，而其中最要紧的事则是征兵。”
耿传明在《周作人的最后22年》中写道：“抗战之前，他（周作人）对郑振铎说过这样的话：‘和日本作战是不可能的。人家有海军。没有打，人家已经登岸来了。我们的门户是洞开的，如何能抵抗人家？’……中日开战之后，他不相信退守大后方的国民党，会有有朝一日收复中原的可能。”
【附逆】
抗战爆发后，友人纷纷劝周作人南下，从日本逃回国的郭沫若发表《国难声中怀知堂》说：“我自回国以来所时时怀念着的，却是北平苦雨斋中我们的知堂。……知堂如真的可以飞到南边来，比如就像我这样的人，为了掉换他，就死上几千百个都是不算一回事的。”
但周作人还是留在了沦陷的北平，他在给陶亢德的信中说：“有同事将南行，曾嘱其向王教长蒋校长代为同人致一言，请勿视留北诸人为李陵，却当作苏武看为宜。”谈到郭沫若的之文，他说：“鼎堂先生文得读，且感且愧，但不敢不勉耳。”
1938年春夏，周作人和寺内寿一的合照在香港的报纸上刊发后，文协便开除了周的会籍。
同年8月，胡适从伦敦寄给周作人一封信，信中附白话诗一首：“臧晖先生昨夜做一个梦，梦见苦雨斋中吃茶的老僧，忽然放下茶盅出门去，飘然一杖天南行。天南万里岂不太辛苦？只为智者识得重与轻。梦醒我自披衣开窗坐，有谁知我此时一点相思情。”意在劝其南下，周作人亦回诗一首，诉说自己不南下的理由：“我谢谢你很厚的情意，可惜我行脚却不能做到，并不是出了家特别忙，因为庵里住的好些老小。我还只能关门敲木鱼念经，出门托钵募化些米面——老僧始终是老僧，希望将来见得居士的面。”
周作人拒绝南下的托词为“上有老、下有小、家累重”，俞芳认为，这只不过是他的托词，鲁老太太根本不是他的负担，而当时八道湾的孩子们都已经长大，最小的是周作人女儿静子的两个孩子，“但但是八个青壮年，带两个小孩子，问题应该是不大的”。
卢沟桥事变后，北大南迁，指定年迈且患高血压的马裕藻，以及董康、周作人三人留守，保管校产。日本人占领北平后，多次命周作人请马裕藻出山任教，马裕藻让幼子马泰将周拒之门外。次数多了，马裕藻便让马泰对周说：“我父亲说了，他不认识你。”从此，周才不再登门。
周作人并非开始就有附逆之心，张铁荣在《周作人平议》中说：“北平沦陷后不久，据一位最后逃出虎穴的北大同学透露，一天，周作人从东安市场回家，路经北大二院，下车看看学校的情形，当时任翻译的日本人小林过来用日语打招呼，此人有一种大和民族的优越感，平日对教职员毫无礼貌，周作人给他一个冷面孔，毫不理会，昂首直入，小林立即改用中国话向周致意，并连连道歉，周作人还斥责了他对教职员语势之不当云云。……人们还不知道，周作人曾和马幼渔一起痛骂过当时已附逆的原北大日文教授徐某，时间是日本侵略军占据北平之后大约半年……”
1939年元旦早晨，有人冒充学生到八道湾拜访周作人，进门便抬手给了周作人一枪，子弹打中周腹部。刺客还打上了当时在周家作客的周作人弟子沈启无，在逃走时，又打死了周家的一名车夫。
周当天穿的是新棉袍，子弹穿过棉袍打在他穿的毛衣的衣扣上，只是划伤了他的皮肤，但周坚持说子弹打进肚子里了。事后到医院做了检查，并没有发现子弹，后来周在穿毛衣时发现了变形的衣扣，又在客厅找到了子弹。但周却极为惶恐，他同意由日本人安排警署派三名便衣警卫进驻其家中。出于安全考虑，他辞去了郊区的燕京大学教席，随后出任伪北大文学院院长一职。
周作人说刺客是日本人，有人说是“抗日锄奸团”，也有人说是爱国青年学生，又有人说是周作人的侄儿周丰三因无法阻止伯父当汉奸而决定干脆杀了他，与几个志同道合的同学所为。但无论哪种说法，都没有得到证实，至今是个疑案。
鲍文蔚曾问周作人为何有人要加害于他时，周轻描淡写地说：“可能有人觉得我可恶吧。”
周作人任伪职后，文化界