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抗战时期，在繁忙的教学中，陈寅恪仍致力于学术研究，先后出版了《隋唐制度渊源论稿》、《唐代政治史论稿》两部著作，对隋唐史提出了许多新的见解，为后人研究隋唐史开辟了新的途径。
1946年10月，陈寅恪夫人及小女美延重返阔别九年的清华园，此时的陈寅恪已双目失明，但他决心静下来好好做一番学问，并把自己的书斋取名为“不见为净之室”。
1953年，中国科学院院长郭沫若函请陈寅恪任科学院哲学社会科学历史研究所第二所长。在他1953年12月1日的《对科学院的答复》里，提出就任所长的两个条件。第一条：“允许中古史研究所不宗奉马列主义，并不学习政治。”第二条：“请毛公或刘公给一允许证明书，以作挡箭牌。”并说：“其意是，毛公是政治上的最高当局，刘公是党的最高负责人。我认为最高当局也应和我有同样看法，应从我之说。否则，就谈不到学术研究。”遂不能就任。仍任教于中山大学。
郑天挺说：“陈寅恪为教授之教授，其授课多有学者、教授听讲。陈讲元白诗，第一课是《长恨歌》，首先讲的是杨玉环是否以处女入宫。时有著名话剧导演贺孟斧客居成都，久闻陈大名，想去听课，听说第一课讲处女问题，以为无聊，而罢听课之念，实不知陈以次带出唐朝婚礼制度，实极重要的事情。”
陈寅恪曾讲授元白诗证史课程，以诗证史。中山大学一名叫刘隆凯的学生，也曾听过陈寅恪的“元白诗证史”一课，他根据自己的课堂记录，把陈寅恪所讲的内容整理出来，于是世人得见陈寅恪“以诗证史”的研究方法。如陈寅恪曾考证唐代大诗人白居易《琵琶行》中“琵琶女”的年龄。诗中写道：“弟走从军阿姨死，暮去朝来颜色故。门前冷落车马稀，老大嫁作商人妇。”陈寅恪以此为据进行考证：“古代男子三十而娶，女子二十而嫁，已是男女婚娶的最后年龄了。过了这个界限，便是老大了。像崔莺莺，贞元十六年才十七岁，以后结婚也在二十岁之前；韦氏，在贞元十八年结婚时正是二十岁，若再不出阁，也就难了，她比崔氏大一岁。”诗中又云：“十三学得琵琶成，名属教坊第一部。曲罢常教善才服，妆成每被秋娘妒。”陈寅恪说：“看来，唐代女子与人应酬是在十三岁。杜牧《赠别》：婷婷袅袅十三余，豆蔻梢头二月初。春风十里扬州路，卷上珠帘总不如。——秋娘，是贞元十五年白氏中进士时长安最负盛名的倡女。白氏沦落江州，感念昔日之游，乃取于诗中。有人以为是杜牧诗里的杜秋娘，谬极。假定琵琶女贞元十五年是十三岁，那么，到元和十一年，她在浔阳江头应该是三十岁了。她嫁商人不会太久——商人重利轻别离，前月浮梁买茶去——茶商在长安领了专卖券，同时娶了琵琶女，再到产地买茶，蜜月里就离开了新妇。可以说，元和十年，琵琶女二十九岁时，弟走从军，不久，阿姨又死了；再过年余，她三十岁时才嫁，真可谓——老大——了。”陈寅恪还以此考证出这个三十岁才嫁的琵琶女是西胡种，与商人是同居关系，不是正式结发夫妻，等等。
文革中，一批曾听过陈寅恪元白诗证史课程的中山大学历史系学生，开始撰文向这位昔日的导师发难。其中一文也提到了关于“琵琶女”年龄地考证，文中说道：“陈本人从来不学习马列主义，也不相信马列思想，而是以资产阶级厚古薄今的治学态度，对封建阶级的史书古籍作了一些繁琐考证。他对一些鄙琐不堪的小事体和旧社会的达官贵人，王妃妓女特别感兴趣，如杨贵妃身体是胖是瘦，体重几何，入宫以前是不是处女，等等。他还特别考证出‘杨贵妃和安禄山之间究竟发生过关系没有，以及皇帝穿的龙袍是刺着五个爪的龙，大臣穿的蟒袍是刺着四个爪的龙等’。他还厚古薄今地讲一些陈词滥调，搞一些无聊的考证，如讲《莺莺传》时，莺莺是‘如何把淡妆短眉变为浓妆细眉’；讲到白居易的《琵琶行》时，居然考证出了那个在船头犹抱琵琶半遮面的商人妇，祖籍何处，什么人种，什么年月、什么岁数入的妓院，在长安属第几流妓女，何时退居二线，何时嫁与做何生意的商人，属于二房还是三房，是妇人还是妾身，等等。”从此文可以看出陈寅恪先生的博学和为学态度。
陈寅恪原攻比较语言学，通晓多种文学，为他从汉文以外搜罗史料以治史，提供了较大的方便，他继承了清代乾嘉学者治史中重证据、重事实的科学精神，又吸取西方的“历史演进法”（即从事物的演化和联系考察历史，探究史料），运用这种中西结合的考证比较方法，对一些资料穷本溯源，核订确切。并在这个基础上，注意对史实的综合分析，从许多事物的联系中考证出关键所在，用以解决一系列问题，求得历史面目的真相。他这种精密考证方法，其成就超过乾隆嘉庆时期的学者，发展了我国的历史考据学。
对藏学、突劂学研究，陈寅恪从不轻下断语，总以严谨的科学态度进行判别，不违驳事实。他是一位史识与史德统一的典范。他严谨处理“赞美”与“求真”的关系，实事求是地评价历史，至今仍然具有深远的教育意义。
陈寅恪双目失明之后，仍能锲而不舍，穷十年岁月，写出《论再生缘》《柳如是别传》这样的巨著。其毅力与精神，极富传奇色彩。而《别传》的写作缘起，又起因于抗战时在昆明得常熟白茆钱宅红豆一粒，晚年重萌相思，又极富浪漫色彩。
陈寅恪的助手黄萱曾感慨地说：“寅师以失明的晚年，不惮辛苦、经之营之，钧稽沉隐，以成此稿（即《柳如是别传》）。其坚毅之精神，真有惊天地、泣鬼神的气概”。
晚年的陈寅恪“体弱、多病、目盲、膑足”的，随着政治高压的加强，发表、出版自由都丧失了，还有时时刻刻红卫兵的迫害。在这种情况下，我们难以想象，他把《隋唐制度渊源论稿》、《唐代政治史述论稿》、《元白诗笺证稿》以外的旧文，编为《寒柳堂集》、《金明馆丛稿》，并写有85万字巨著《柳如是别传》，最后撰《寒柳堂记梦》。
【纯儒】
中国近现代文坛，能当“纯儒”两字的只有陈寅恪。陈先生一生只知治学，不愿为官，不关心政治，不参与党派之争；陈先生提携后进，但结党而不营私，从不搞门第之争；陈先生学贯中西，但始终以国学为自己的研究重心，他学西学只为更好地研究国学；陈先生一生以传道授业为已任，眼盲、膑足，仍坚持上课，进行研究。
陈寅恪夫人唐篔，是大清最后一任台湾巡抚唐景崧的孙女。清廷割让台湾给日本，台湾人悲愤之下，筹划成立台湾共和国，拟奉唐景崧为总统，参与此事的人中也有陈寅恪的族人。此事卒未成功。
在清华国学研究院中，与陈寅恪最能谈得来且引为知己者首推王国维，与陈寅恪七载同学的俞大维在晚年回忆时曾这样说过：“到了中、晚年，对他（陈寅恪）早年的观念稍有修正。主要原因，是受了两位大学者的影响。一是瑞典汉学大家高本汉先生。高氏对古文入声字的说法与假借字的用法，给他极大的影响。二是海宁王国维先生。王氏对寅恪先生的影响，是相得益彰的。对于殷墟文字，他受王氏的影响；对梵文及西域文字，则王氏也受他的影响。当时王国维居住在清华西院，陈寅恪经常到王氏住处论古话旧，说到伤心动情处相对而泣，几不能语。当王国维自沉后，陈氏的挽诗‘回思寒夜话明昌，相对南冠泣数行’，即指此段情谊。王国维遗体入殓之时，清华师生去给王遗体三鞠躬以敬礼。陈寅恪与众不同，他身着袍子马褂，跪在地下磕头，并三叩头。”
当王国维纪念碑在清华园落成后，陈寅恪再以悲天悯人的大情怀、大心愿，以明晰的哲理与深邃的思想，为其书写了光照千秋、永垂不朽的碑文：士之读书治学，盖将以脱心志于俗谛之桎梏，真理因得以发扬。思想而不自由，毋宁死耳。斯古今仁圣所同殉之精义，夫岂庸鄙之敢望。先生以一死见其独立自由之意志，非所论于一人之恩怨，一姓之兴亡。呜呼！树兹石于讲舍，系哀思而不忘。表哲人之奇节，诉真宰之茫茫。来世不可知者也，先生之著述，或有时而不章。先生之学说，或有时而可商。惟此独立之精神，自由之思想，历千万祀，与天壤而同久，共三光而永光。
陈寅恪恪守孔孟之道，他在国学院时，其学生到上海陈家去谒见其父散原先生，散原老人与一帮学生谈话，均坐，独陈寅恪站在一旁，并坚持到谈话完毕。
季羡林回忆：有时候，在校内林荫道上，在熙往攘来的学生人流中，有时会见到陈师去上课，身着长袍，朴素无华，肘下夹着一个布包，里面装满了讲课时用的书籍和资料。不认识他的人，恐怕大都把他看成是琉璃厂某一个书店的到清华来送书的老板，绝不会知道，他就是名扬海内外的大学者。他同当时清华留洋归来的大多数西装革履、发光鉴人的教授，迥乎不同，在这一方面，他也给我留下了毕生难忘的印象，令我受益无穷。
陈寅恪留学十六载，依旧乡音未改，装扮如故，与大多数归国留学生如罗家伦等辈一派西装革履大相径庭。陈寅恪夏秋总是一身长衫布履，冬春则棉袍加马褂。数九寒冬，就在脖间缠一条五尺围巾，头戴厚绒帽，裤脚扎一根布带，仅从外观上很难令人想到此人乃学贯中西的大师。
石泉的《甲午战争前后的中国政局》，是在导师陈寅恪的指导下开题的，这是陈寅恪唯一一次指导学生作中国近