任。使之能够相互监视，相互告密等。后藤新平的这个保甲制度的实行，对维持台湾的地方社会治安发挥了强大的威力。在同年11月，后藤新平又颁发了“匪徒刑法令”。有人在评论这部法令时说，其“有如秋霜烈日”。自后藤新平就任总督府民政长官始至1902年短短的5年间，在这部法令下被处死的台湾民众就有33000多人，该数字超过当时台湾总人口的百分之一。
后藤新平一方面对台湾的民众实施苛酷的鞭挞，但在另一方面又施以怀柔政策，以所谓的“治台三策”为幌子，玩耍猫哭老鼠的伎俩，处心积虑地推行帝国主义的殖民统治政策。在对台湾的经营中，他将其“生物学的殖民地经营原则”发挥得淋漓尽致。后藤新平以“渐进同化”为目标，大力推行统一台湾的币制，以促进金融与商业的流通；同时还推动各种交通运输企业及铁路、海港、公路等交通设施的建设；开发水利与火利发电厂，从而奠定了台湾发展工业的动力基础；他还在台湾原本就有良好基础的蔗糖业中，引进新式制糖技术、经营模式以及大量资本，促使台湾的蔗糖和稻米产业有了很快的发展。儿yù源太郎虽然是这一阶段的台湾总督，但他又于1900年12月兼任了伊藤博文内阁中的陆军大臣；1903年7月出任桂太郎内阁的内务大臣；1904年日俄战争爆发后，又即任满洲军总参谋长。因此，有“缺席总督”的称谓。从1898年至1906年的8年间，在台湾地区积极推行日本殖民统治政治的魁手就是时任民政长官的后藤新平。由于其所谓的政绩，获得了“殖民地经营家”的称谓。后藤新平作为一位殖民地的经营开发者，其出发点自然是不会为殖民地的民众谋取社会福利的。相反这些开发却带有强烈的剥削压迫和掠夺的性质。后藤新平就曾多次于不同的场合提出过这样的观点，殖民地的行政计划在目前进步的情况下，应不失时机地根据生物学的原则，发展农业、工业、卫生、教育、交通、警察等。
1906年，受儿yù源太郎的举荐，后藤新平出任南满洲铁道株式会社首任总裁。期间更以“举王道之旗行霸道之术”，提出“文装的武备”这一殖民主义统治政策。使南满洲铁道株式会社的经营扩张一步步发展起来。筹建满铁时，日本政fǔ曾规定满铁受关东都督监督，同时还要受外交大臣的指挥，政fǔ和现地军部均可干预其业务。对此，后藤新平强烈反对，他要求满铁兼任关东都督顾问，政fǔ不干涉选任满铁副总裁和各理事，得到日本政fǔ许可，总揽了日本在我东北的殖民统治大权。为更有效地掌握地方行政大权，他要求日本政fǔ任命满铁副总裁为关东都督府民政长官。当时，满铁本社设在大连，关东都督府设于旅顺，日本政fǔ偏重经营大连，默认了后藤新平的要求，确立了以大连为中心发展满铁事业的方针。由于设在旅顺的关东都督府由军部把持，军部到处设立“陆军用地”、“海军用地”的界牌，后藤新平指责旅顺患了“军人病”，提出“旅顺解放论”与军部相对抗。1908年，他又进一步提出“举王道之旗行霸道之术”的殖民政策，在发展经济的同时，发展殖民教育、文化、卫生等事业，以征服人心，构成潜在军备。大连的病院、旅顺工科大学、满铁中央试验所以及新闻机构等设施，都是他的殖民政策的产物。此后，满铁以大连为殖民扩张轴心，把投资重点放在大连，扶植南满铁路的运营，续建、扩建大连港口，大力发展工业，开展贸易，兴办教育，使大连按照他设计的殖民地模式发展起来。
后藤新平在入主满铁后迫不及待地提出了“文装的武备”这一殖民主义统治策略。所谓的“文装的武备”这个词，随着时间的流逝其具体内容也逐年有所不同。最初的“文装武备”简而言之，就是用文事设施，以备外来的侵略，能够在突发事变时兼可有助于武力行动。后藤新平的这一主张，形象地说，就好象是在文人的服装内裹着一个体格强健的军人。但有一点是可以肯定的，后藤新平这里就是要在中国的东北通过以发展经济力量的方法，来达到增强军事实力的目的，而不是赤luoluǒ地去加强军事力量。其实在他的“文装的武备”统治策略中还有另外一种含义，就是要把其在台湾所施行的惯用手段“王道与霸道”更好地运用于满铁的施政管理之中。后藤新平从一个殖民扩张主义者的立场出发，认为“帝国的殖民政策就是霸道”，就必须是以强硬的手段来加以推行和实施；但同时又应不失适宜地推行“王道”。所谓“王道”，就是要通过以“发展经济、学术、教育、卫生等”，达到“建设一个广义的文明社会”。后藤新平也正是妄想通过这些具体的措施来达到笼络人心，磨灭中国人民的民族精神，“使之皈依帝国”。这里的“王道”只是一种手段，具有极大的隐蔽性和欺骗性。而“霸道”才是根本的目的。就是要把满铁所能达到的区域，统统地变成日本的属地。正是在这种“文装的武备”的思想指导下，满铁建立了一系列的科技、文教、卫生设施。开办大量的学校，大肆进行殖民主义的奴化教育，企图为日后长期殖民统治培养人才；建立诸多的医院，并力争使每一所医院都具有野战医院的功能。成立满铁中央实验所，全面推进和开发对中国东北的科技殖产。
在“文装武备”思想指导下，后藤新平把满铁初期的经营政策的主导区域划定为“大连中心主义”这一具体的事项上。“大连中心主义”的确立，主要是基于大连具有军事上和政治上的安全性。满铁总部设在大连，而统治旅顺、大连的军政合一机构“关东都督府”此时就设在旅顺，关东军司令部也设在旅顺，从而对满铁给予了政治和军事上的直接支持和保护。而后藤新平此时一边出任满铁的总裁，一边还充任关东都督府的顾问。其次，大连独特的地理优势也是其选定位置的重要因素。这里有着一个水深面阔，冬季不冻的天然良港，大连港是连结中国东北的陆路出海口；同时，也是距日本本土最近的港口，是非常“适宜于日满、欧亚联络最短途径的海陆中转地”。以大连为中心，加强对大连港的建设和经营管理，可有利于沟通日本与中国东北地区及其它国际港口之间的贸易往来，也有利于日本向中国的东北地区倾销商品，掠夺资源，藉以提高南满铁路的竞争能力，进而垄断东北经济，扩大对外贸易。1906年8月，日本政fǔ宣布自9月1日起大连港实行自由贸易港政策，并划归“满铁”经营。此政策一出从而使大连港非常迅速地发展起来，年吞吐量锐增。经过短暂6年的开发，大连港就成为中国北方地区最大的货运码头。也是在“大连中心主义”这一方针的指导下，满铁的铁路经营和建设同样有了飞快地发展。为了迅速改变缺少大型机车的局面，满铁在创业的第二年就着手建设规模宏大的沙河口铁路工厂，到1914年该厂就已经能够制造出先进的蒸汽机车。后藤新平所固守的“大连中心主义”的主张在其卸任满铁总裁后，受到继任者中村是公的挑战，他建议将满铁总部迁往沈阳。但由于这一提议一经出笼立即遭到后藤新平的强烈反对，最终没有得逞。这也就是满铁总部能够落脚于大连40载的根本原因。
后藤新平在组建满铁和运营管理中还清醒地认识到人才在经济以及其它领域中的特殊作用。他本人为了网罗“当代头等人才”是煞费苦心，绞尽脑汁，甚至不惜亲自出马东奔西走。同时，后藤新平为了保证满铁作为日本政fǔ的对外特殊机构，还招募录用了大批的特约人员。在20世纪的初年，日本社会凡有用之才几乎均被满铁招至麾下。这种极富远见的人才观，为满铁招募了大批的精英，这也是满铁在创业之初就能显现出一种强劲生命力的根本之所在。
后藤新平在就任满铁总裁一职后，根据自己在台湾进行殖民统治的经验，竭力主张对中国东北全境的社会风俗习惯、农工商特点、交通和历史地理状况进行调查，以便制定出更加符合日本“经营满洲”的侵略政策。在他的亲自主持下，成立了“满铁调查部”。这一机构最终演变成为满铁最重要的部门之一。调查部在创立之初，工作的重点是放在对“经营满铁所需要的旧习调查及关东军事地志”的调查上。而后随着满铁业务领域的不断拓宽和发展，其调查范围有了更大的扩展，已经涉及到社会调查、情报搜集、资源调查、政策研究、历史地理以及当时中国政fǔ的政治、经济、文化和军事研究等方面。可以说他们的触角已经达到了无孔不入的地步。后藤新平一方面在大连的满铁总部设立了“调查部”，同时，又在东京的分公司设置了“东亚经济调查局”。成立这一机构的目的是，“要解决日本及满门g的经济问题，就必须要研究它在世界经济中所占有的位置”。关于这一点，满铁总部的枭首们曾经于1914年以“绝密”的形式，下发了一份仅限于公司内部传阅的《东亚经济调查局发展刍议》的文件，在这部文件中，对调查局的未来作用就有了更进一步的阐述：一、研究西洋文明国家的殖民政策及经济社会的各种问题，不仅给满铁而且也要为本国政fǔ机关提供参考资料，并且也可以和各国银行及企业交换研究资料。二、向世界各国介绍日本的殖民政策，如果外国对日本政策有所误解，调查局应负责解释；如果外国人提出质疑，该局要负责给予答复，藉以加强互相了解。东京分部“东亚经济调查局”的发展，可谓是一路高歌，最终被人们称其是“满铁的外务省”，甚至“显示出是日本的战略研究所的作用”。
1908年7月，后藤新平卸任满铁总裁职务。但此刻的他仍未放弃对满铁的控制，接替人选中村是公的举�