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到家后，他立即给皇上写了篇奏疏，题为《奏为衰病交侵恳恩休致事》，疏中称自己年已六旬，面目昏花两耳重听，起居尚须搀扶，怎能上任驰驱，请求休致（退休）。亲朋们都知道这不过是一篇表面文章，而东林先生的真实想法，流露在他给李三才写的一封信中：“书院与我有割不舍得一世情缘。年来书院声气渐盛，两三同志日切月磋，一但委而弃之， 有所不忍；再说时局艰难，我若出山必受挫，弟有所不敢……”
皇上听太监读了顾宪成的辞疏，并没有十分在意，他眼下关注得是内阁首辅人选一事。他已物色了前首辅王锡爵，并已在数月前派专使去江苏太仓征召，专使已经返京，可王锡爵那里却杳无音信，皇上对此颇费思量。
在太仓，王锡爵自接了征召令后，也是踌躇再三。他已是七十四岁的高龄，往日翩翩若神仙的风采，早已无存，近来他常爱怀旧，又多思善感。家中戏班不久前排演了传奇《牡丹亭》，他观后感慨说：我们老年人颇为此曲惆怅 ！然而，他虽人老却功名心未减，看到皇上有意请他出山，便有了重返政坛之心。他人很世故，想先测一测皇上究竟有多大诚意，日后能对自己的建言又能听进多少，于是他忖度再三，想出了一个招数，即先给皇上发一份辞召手疏，看看皇上是什么态度。疏中建议皇上要顺应民心，尽快降旨罢除矿税，召还内差。此外还有推补九卿，要以吏部都察院为先等……
王锡爵封好了奏疏 ，交给了家人王勉，叮嘱说：“此是密揭，勿泄漏 ！”说完又用手指了指桌上的几件宜兴紫砂陶，和蜀山陶器，对王勉说：“你乘船途经淮安，上岸找到漕运总督府，先去拜见李三才大人，送上这些陶器，他嗜爱古董如命。你不晓得，万历元年癸酉乡试，老夫曾是主考，与李三才有一段师生情。”王锡爵的确很欣赏李三才的才干，一心想把李招为旗下，他曾多次对人讲过：“道甫（三才字），我之元直也 ！”元直，即刘备的早年军师徐庶，可见王对李器重之深。这次王锡爵让家人给李送礼，实有笼络李三才之意，近年来他耳闻了李在东南一带声威大震，且有入主都察院之望，自己若是二次入阁，李是不可缺少的助手。
王勉的船泊在了淮安城外，他携带礼物到总督府拜谒了李三才大人。李三才设宴款待他，席间，李问起王管家的公干，王勉回答：进京给皇上送信。李三才顿生狐疑。此前他影影绰绰听说，有钦差去了太仓王锡爵家，眼下王家家人又进京送信，此中莫非有什么隐情或机密 ？联想到王锡爵惯会耍权术常背后鼓捣人的品行，李三才多了个心眼，暗自说：“此事一定要弄个水落石出。”于是，酒量甚豪的李三才，开始了一杯又一杯的劝酒，功夫不大，王勉就醉的不省人事了。李三才从王勉身上摸出钥匙，迅速打开了箱子，翻出了王锡爵的密信，揭开一看，原来密信除劝皇上撤消矿税外 ，还有两个更重要内容；一是劝皇上把言官的奏疏，当作不堪入耳的禽鸟之音，大可鄙弃之，而采取一律留中的办法，即不看不批束之高阁。二是向皇上表态，王称自己是老骥伏枥，还能做一只逐乌雀的鹰鹫，话说得虽含蓄隐晦，但李三才明白，王锡爵还是决意回内阁为皇帝效力。……
李三才原本想改写信的内容，巧施离间计，让王锡爵在皇上那里碰钉子遭斥责，可细一看笔迹，他发现此信是王的孙子、书法大家王时敏所抄写，不易摹仿，便打消了这个念头。他把信从头到尾抄了一遍，又原封地粘好，然后站在窗前，思虑了一番。他十分清楚眼下的内阁，叶向高最负众望，若叶能升任首辅，那政府便会成为一个正人贤臣掌权的政府，朝政可望清明；若王锡爵复出，那他必会引进沈一贯，邪人就会主宰政府，叶向高便是第二个沈鲤，最终将被挤出内阁。邪正之长消，此举关系甚大，“看来，阻止王锡爵二次入阁，是当务之急！”李三才想明白其中的利害关系后，断然下了决心。
他决定拿密信当靶子，在密信对言官的诬蔑上大做文章。他先是把信的内容尤其是教唆皇上把言官的奏疏，视为“禽兽之音”一部分，透露给东林官员给事中段然，段素与顾宪成高攀龙有交往，便首先发难，力攻王锡爵谄媚圣上诋毁台省（言官），接着，东林官员工科给事中王元翰紧随其后，抨击王锡爵是老而无齿（耻），毫无士大夫德行。而东林党人江西参政姜士昌说得更是直截了当，“锡爵再居相位，依旧会狭隘刚愎，摧抑人才，不宜复用。”王锡爵密揭的大曝光，首先在御史给事中这些言官中掀起了一片喊打声，王锡爵狼狈之极，复职之事遂告中止。
关于李三才此举的功劳，后来顾宪成在《自反录》一书写道：假使不这样做，娄江（王锡爵）必应召而出，四明（沈一贯）必相引而进，福清（叶向高）必成沈鲤之续。人们只知今日朝廷全依仗一福清（叶向高），却不知福清能安于其位，实由娄江（王锡爵）没能出山，由此看来，密揭夭折，漕抚够得上社稷第一功！……
七
内阁的四位阁老，于慎行与朱赓不久就病故了，李廷机因与沈一贯的师生关系，多次遭到王元翰等言官的攻讦，无奈下只得提前退休了，这样一来，内阁只剩下了四十九岁的叶向高，叶顺理成章被任命为首辅。
内阁缺员，朝中大臣建议，新阁臣应从经过历练的外省督抚中挑选，改一改以往必须出身于翰林院的旧规，于是漕运总督兼凤阳巡抚李三才成了众望所归。第一个呼吁李三才入阁的，便是东林书院的掌院顾宪成。顾在不同场合中多次讲过，漕抚可重之处，不在其才而在其大节，不在其有功地方而在其有功于世道。漕抚有功世道，不仅表现在能抑制税监而且能驾驭权相，如驱逐沈一贯出阁，如阻遏王锡爵复出。……
东林书院的首席教授高攀龙，也极力拥护李三才入阁，他满怀信心指出，李三才如做户部尚书，财政可完备；如做兵部尚书，军事可强化；如做都察院总宪，是非可明断；如做吏部尚书，人材可登用；如做大学士，则朝廷与官僚、内阁与六部之间，可调停如一家。
不久，李三才因考绩优秀，被加任为漕运总督户部尚书左副都御史，一时间，李三才入阁的呼声一浪高过一浪。吏部尚书孙丕扬，称赞李三才有宰相之才，首辅叶向高夸奖李三才勤学力行廉直淡泊，有古代醇儒之风，在野的赵南星也上疏推荐李三才，称其“洁白出天性”“察吏甚廉，贪敛除迹” ，此外为李三才入阁大造声势的，还有沈鲤郭正域等众多朝野人士。
就在李三才入阁呼声愈来愈高时，有一安徽宣城人，姓汤名宾尹，万历二十三年进士，现任国子监祭酒，此人觊觎相位久矣，也想利用内阁补员之机，跻身阁中。汤宾尹授意自己的门生给事中王绍徽，四处活动大造舆论。王绍徽找到了工科给事中王元翰，请他帮忙。言官王元翰可是个在朝中说话占地方的人。他素以敢言著称，曾大胆上疏评论万历皇帝执政三十年的过失，“陛下晏居深宫，不理朝政，三十年培养的人才，一半被申时行王锡爵扫除，一半被沈一贯朱赓禁锢” 。他爱憎分明，曾呼吁起用顾宪成邹元标等能臣，并助李三才劾参沈一贯。他的过人之处，在于言辞锋利妙笔生花，举朝无敌手。眼下王绍徽乞求王元翰说：“王公言语妙天下 ！ 若肯为汤祭酒奋力鼓吹，日后必有好处。祭酒是当今英雄，前途无量。”
王元翰本是东林君子，怎肯与宵小为伍，便一口回绝了。王绍徽恼羞成怒，唆使御史郑继芳上疏弹劾王元翰，诬说王盗窃库银，克扣商人钱财，获赃银数十万。王元翰大怒，上疏一一驳斥，并点明郑继芳是王锡爵的私人，郑是在替王“吐气” 。而皇上对郑王二人的奏本，一律不看，他平日对言官就素无好感，曾骂过言官是“装神弄鬼” ，今见言官之间又互相攻击，更是从心里厌恶 。首辅叶向高向皇上提出，可把二人的奏疏下发部院大臣，评定出曲直，其中颠倒是非者论罪，以警示他人，可皇上依然不理不睬。
此刻郑继芳心存报复，竟派人包围王元翰家，数日不散。王元翰又气又急，指挥家人把全家的大筐小箧行李箱包，都抬到城门口，招呼守城官兵上前搜查，随后放声恸哭，携带妻小出京而去。
吏部尚书孙丕扬听说此事后，很不以为然，他生气地对首辅叶向高说：“这王元翰也太沉不住气啦 ！他这一走，不正中了对方的奸计 ？平日看他有条不紊的，怎么一点火就着，像个爆竹，他随便离职出走，就该处分他 ！”
王元翰负气出走，令亲者痛仇者快，汤宾尹王绍徽郑继芳之流高兴得喝了一夜酒。这汤宾尹，号霍林，朝中大臣知道他无操守，曾以他的大号“霍林”为谜底，戏之曰“林中有点不成才” ，讥讽他文人无行。汤宾尹居家时，曾是宣城一霸。秀才施天德的妻子徐氏美貌惊人，汤垂涎三尺，竟指挥家丁抢来作妾，徐氏不从，投环自尽。此案在宣城曾激起民变，当地秀才芮永晋等联名投诉官府，要求汤为节妇徐氏建祠，却遭到汤宾尹的拒绝，后芮永晋等又讼于督学御史衙门，督学御史偏听偏信，竟将芮永晋杖死。这一命案惊动了朝廷，皇上亲自下谕，以杀人媚人罪，把督学御史解职。后汤宾尹旧习不改，又抢夺秀才徐某之妻贾氏为妾，因此恶名更加远扬。
汤宾尹有一门生，叫韩敬，是湖州举子，喜好战国苏秦张仪的纵横之学，有些歪才。时逢庚戌会试，韩敬“策问”一科因发挥不好，被本房考官舍弃不录，当时祭酒汤宾尹正任另一房考官，听说此事后心怀不满，便偷偷溜到那位房考官屋中，见屋中无人，从遗弃的试卷中，搜�