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此外，秦所设立和完善的法律制度、军事制度、户籍与土地管理制度，以及重农抑商政策、思想统制政策，都对此后直到清朝末年的历史产生过巨大的社会影响。所以清末的变法志士谭嗣同才会有“两千年之政，秦政也”之言。
（三）由汉初的“过秦”思潮形成的“秦亡于暴政”之说，成为传统政治文化中富有积极意义的结论。
秦亡汉兴，有作为的政治家、思想家，努力探讨秦朝短命而亡的原因。汉高祖刘邦命陆贾撰《新语》于前，贾谊著《过秦论》于后，又有贾山、刘安、董仲舒、严安、主父偃等人继轨而起，这些总结历史教训、提供治国思路的论政名篇，不仅在当时，而在对后世都产生了广泛而深远的影响。汉人论秦之过恶，或许有某种程度的夸张，但其中的两个命题是极有价值的：首先，他们批评秦朝统治者不懂得“攻守异势异术”之理，在“守天下”之时，仍沿用“打天下”的方式，一味地偏信武力和刑罚的威慑力量，忽视道德教化的作用。其次，他们赋予“民本”思想以新的价值，“闻之于政也，民无不为本也。国以为本，君以为本，吏以为本。……民者，至贱而不可简也，至愚而不可欺也。故自古至于今，与民为仇者，有迟有速，而民必胜之。”（贾谊：《新书·大政上》）荀子对君民之间的关系有著名的“载舟覆舟”之喻，汉人引秦为例凸显了它的鉴戒作用。
秦朝以“酷暴”的形象定位于青史，分外引人注目。这固然是由它的历史内涵所决定，不必否认的是与汉代的批判性政论也有相当关系。比起这种定论是否完全符合历史原貌的质疑更为重要的是，秦始皇和秦王朝，作为“暴君”、“暴政”的历史实例和反面教材，不断地被人援引，劝告不同时期的当政者，如果自恃掌握国家权力而以繁役酷法暴虐百姓、残民以逞，就会重蹈亡秦覆辙，在民众的反对中土崩瓦解，政权易手。这种劝告，比任何理论说教都有效。后世在专制体制之下出现的“开明”政局，往往与夏桀、商纣、秦始皇、隋炀帝等“暴君”所提供的历史鉴戒相关。
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这里涉及专制君主和国家如何处理与士人的关系、如何选择和确立统治思想的问题。
战国时代的士人，可以在列国统治者之间从容择主，道不合则全身而退，另投明主，当时颇为流行的“从道不从君”之说，足以表明士人的自尊和清高；各国统治者为了笼络贤能之士为己所用，也极力显示“求贤若渴”的诚意。因此，以至于有“士贵王不贵”之说。士人作为一种独立的政治力量，具有举足轻重的作用。但在秦始皇统一全国、建立起君主专制制度之后，君主与士人的关系就完全不同了。专制皇帝在要求士人效忠于自己的同时，更注意防范士人的反抗意识。换言之，在皇帝的心目中，士人已经由可以依靠的对象变为必须加以控制、打击的对象。这是我们理解秦朝“焚书坑儒”发生原因的基本出发点。还有一个与之密切相关的问题，就是统治者选择何种理论体系作为统一帝国的指导思想？秦始皇本人是赏识韩非所阐发的法家理论的，所以，秦王朝的统治思想以法家为主体是顺理成章的；同时，我们也应该看到它的统治思想是非常驳杂的。这也为儒家与法家争夺主流意识形态地位，提供了条件，正如范文澜先生所言：“秦统一后，正统派儒学连同阴阳五行家在朝廷上也有一定的势力，比起李斯为代表的荀派儒学和法家学派来，自然是劣势，但正统派儒学还是进行了激烈的斗争。”（《中国通史简编》第2编第18页）这场斗争，本来是围绕着对分封制的不同见解而展开的，但在李斯、秦始皇的推动之下，却演变为“焚书坑儒”的巨变。
秦始皇三十四年（前213年），博士仆射周青臣，当面对秦始皇歌功颂德。其中，统一天下、遍置郡县等内容也倒符合事实，但阿谀奉承是通篇主旨所在。历代歌功颂德之言，其实大都如此，原本不必过于认真。偏偏有位博士淳于越，针锋相对地提出驳论，他认为殷周分封子弟功臣，得以享国久远，“今陛下有海内，而子弟为匹夫”，如果突然出现专制朝政的权臣，没有可与之抗衡的力量，国家势必面临危机，结论是，“事不师古而能长久者，非所闻也。” 淳于越与周青臣的分歧，集中在推行单一的郡县制是否是最好的统治方式？本来，作为两种不同的政见，在统一后不久，就由当时的丞相王绾和李斯分别作过阐述。王绾等人主张在燕、齐、楚等边远地带，封皇子为王，以利镇抚。淳于越的旧话重提，只是希望能就采用何种方式对统治最为有利展开讨论，体现的是士人对时局的关心。在较为开明的政治环境中，不论当政者是否采纳他的政见，都不会导致灾难性后果。但，专制欲极强的秦始皇，在独享最高权力多年之后，已容不得半点批评，他把淳于越的忠谏视为诽谤。丞相李斯迎合君主之意，在驳斥淳于越的观点之后，提出了焚书的建议：“今陛下创大业，建万世之功，固非愚儒所知。……今诸生不师今而学古，以非当世，惑乱黔首。……今皇帝并有天下，别黑白而定一尊。私学而相与非法教，人闻令下，则各以其学议之，入则心非，出则巷议，夸主以为名，异取以为高，率群下以造谤。如此弗禁，则主势降乎上，党与成乎下。禁之便。臣请史官非秦纪者皆烧之。非博士所职，天下敢有藏《诗》、《书》、百家语者，悉谐守、卫杂烧之。有敢偶语《诗》、《书》者弃市。以古非今者族。吏见知不举者与同罪。令下三十日不烧，黥为城旦。所不去者，医药卜筮种书之书。若欲有学法令，以吏为师。”（《史记·秦始皇本纪》）秦始皇允其所请，随之出现了“焚书”浩劫。李斯提出如此极端的主张，是因为他与秦始皇一样信奉法家以暴力控制思想的学说，“言无私论，士无私议，民无私说，言行不轨于法令者必禁”（《韩非子·五蠹》），正是他们所心仪的政治秩序。焚书、禁学的目的在于取缔政治批评，扼杀思想自由。士人的社会批评功能被废止，不仅是士人的悲哀，也是当局者的不幸。不闻谏言，唯闻颂词，政治只能走向黑暗。
在“焚书”后的第二年又发生了“坑儒”之事。事情源起于方士侯生、卢生等人批评秦始皇，“天性刚戾自用，……以为自古莫及己。专任狱吏，狱吏得亲幸。博士虽七十员，特备员弗用。丞相诸大臣皆受成事，倚办于上。上乐以刑杀为威，天下畏罪持禄，莫敢尽忠。……天下之事无小大皆决于上，……贪于权势至如此，未可为求仙药。”（《史记·秦始皇本纪》） 这些批评，是相当准确和深刻的，指出了专制统治的积弊所在。恼羞成怒的秦始皇下令严办，最后将捕获的四百六十多位方士和儒生，集体坑杀。
“焚书坑儒”与秦统治集团追求思想统一的努力有着必然的联系。本来，在国家实现了政治统一之后，谋求思想统一，是一种顺乎当时思维习惯的选择。战国后期的思想家们，实际上都在一定范围内涉及到对它的论证。但是，用什么手段、用哪种方式去实现思想的统一，原本是可以有不同的选择的。用非暴力的手段，以综合诸子学说、兼采百家精华的方式，建立起与政治统一相适应的思想体系——这样的历史机遇在秦朝统一之前就已经出现过，那就是秦国丞相吕不韦主编《吕氏春秋》，意在为未来的一统政权提供治国蓝图。由吕氏门客撰著的《吕氏春秋》一书，本来就是开放的文化政策的体现，也是兼收并蓄诸家学说的产物。在他的理论结构中，原本尖锐对立的各学派，可以各安其位，各展其长。如果按照吕不韦的治国理论，秦的统治方式应当有很大不同。遗憾的是，吕不韦在与赢政的权利之争中失败，他的主张也被轻易地抛弃了。秦始皇所欣赏的是申、商、韩非之学，在统一完成之后，骄横自大情结更使他不可能从容选择和构建稳妥的治国方略，遇到意识形态领域中的冲突，自然就会沿用军事征伐时期的思维定式，采用强硬的管制措施，去限制人们的思想自由。
“焚书坑儒”的直接后果，就是导致了知识群体和统治者离心离德。显然，文化高压政策，并没有达到统治者预期的统一思想的目的，而是走向了反面。在社会尚能保持稳定之时，士人们保持着沉默，或在暗中作着各种形式的反抗。天下一旦有变，他们就把对统治者的不满，转变为拼死一博。秦末，陈胜、吴广揭竿而起，儒林代表人物、孔子后裔孔甲（或作孔鲋）迅速投身其中，他率一批儒家士人携带孔门礼器往投陈胜，最后战死在反秦战场上。一大批这样的知识分子，向秦王朝发起了拼死反抗，全然没有“秀才造反，三年不成”的犹豫观望之态，因为他们是在复仇，并认定推翻秦的暴政，是履行士人文化使命的必要前提。秦朝统治者不得不为他们推行的文化专制政策，付出了代价。这是秦朝短命而亡的原因之一。
西汉王朝建立之后，非常注意借鉴秦朝的历史教训，变酷暴为宽缓。就思想文教政策而言，西汉前期实行黄老“无为而治”，政府避免对思想领域进行强制性干预，各家学说得以恢复和发展。到汉武帝时，形势发生了根本性的变化。这位年轻的皇帝，深知“无为而治”的黄老之学，已不适应奋发求治的时局，他决意借用儒家学说，实现自己为后世子孙垂范立制的远大抱负。他任用喜好儒术的官僚窦婴为丞相、田□为太尉，并破格提拔儒生赵绾和王臧分别出任御史大夫、郎中令，执掌实权，还礼聘在野的儒师入朝主持改制之礼，摆出了以儒学治国的姿态。信�