在2002年4月份，小泉政府推出了最激进的银行经营市场化的改革措施，那就是“存款限额保护”政策。所谓“存款限额保护”政策是指政府只对储户在金融机构的存款进行一定额度的保护，超过部分不承担赔付责任。金融机构破产时，政府的存款保险机构只赔付1000万日元以内的本息，如果储户在同一金融机构内有多个账户将合并计算。也就是说，如果金融机构破产，储户可能失去限额以外的所有存款。
这一类似休克疗法的银行改革措施在日本引起了金融大动荡。
从2002年4月份开始，日本出现“存款大逃亡”的现象，日本银行界面临着新的挑战。
无论是企事业单位存款，还是居民个人存款，都由定期的逃向活期、存在中小银行或地方银行的逃向大型金融集团、存入日资银行的逃向外资银行。据日本中央银行的统计，截至2002年5月底，日本1000万日元以上的定期存款余额为93万亿日元，比上年同期减少了42万亿日元，相当于一家大型银行的全部存款余额。
由于活期存款至少在目前有安全保证，所以储户纷纷将定期存款改为活期存款。为了保护存款的安全，东京都政府也被迫在2002年3月底之前，将万亿日元的财政收入中的大部分，从定期存款改为活期存款。储户为了保护自己存款的安全，只能选择财务体制健全、盈利能力强、在可以预见的将来不会产生破产风险的大型金融集团。而且，由于国际信贷评级机构不断降低这些大金融集团的信用评级，他们担心，尽管日本的几大金融集团是世界上屈指可数的大型金融机构，但也同样有破产风险。他们只好将资金转向他们认为最安全的外资银行，这导致日本国内信誉好的外资银行的存款急剧增长。据日本中央银行提供的数据，截至2002年5月底，外资银行的存款余额同比猛增60％，而日本大型金融集团今年的存款余额同比却只增长了6％至12％。
存款大逃亡使小泉面临双重考验。要么继续对存款实施全额保护，延续“量的缓和”政策，放任金融机构呆坏账缓慢恶化；要么解除保护，加剧他们的破产危机。
也许小泉可以一意孤行，不顾重重阻力，但是，他却不能不考虑由此给经济不景气带来的可怕后果：更多的金融机构破产、更多的存款人失去保护、消费信心再受打压。小泉政府能承受吗？
如果说小泉的前任们因为缺乏面对财阀和政客压力的勇气的话，那么面对日本90年代第四次全面的、最严重的一次衰退，小泉更多的压力来自于“失去的十年”最后的挑战。当然，面对经济不景气的挑战，小泉也可以改弦更张，暂缓推行解除保护政策，乃至全面退回到存款全额保护的政策底线，以挽救中小金融机构面临的破产风险，避免加剧目前的不景气，但是，人们对本国银行的不信任感却不是任何一个简单的政策能挽救的。
小泉不得不妥协了。他已经指示日本金融厅研究新的措施，全额保护“结算性账户”的存款，避免引发连锁性破产案。
2003年，为了稳定金融体系，日本政府把出现问题的银行收为国有，作为银行改革措施之一。2003年5月，日本政府宣布对日本第5大银行Resona Holdings提供援助，Resona银行是2001年由大和银行（Daiwa Bank）和旭日银行（Asahi Bank）合并而成的，这家公司于5月17日公开承认其资本严重不足。在该消息公布后，日本政府表示将向这家银行注入大约170亿美元的公共资金，同时计划收购该银行的普通股，对其实施有效的控制。《华尔街日报》对此评论是：政府援助不是日本银行业的特效药。
没有人否认，日本银行业根本出路将是自由竞争而不是政府保护。但是，拥有巨额不良贷款的日本银行业，如果没有政府保护靠什么去竞争？
日本经济改革就这样陷于了一个怪圈：经济不景气使任何改革都难产，不改革经济将更加不景气。
日本金融界也在试图寻找出路。2002年4月份，在日本本土“存款限额保护”政策推出的同时，随着酝酿了两年之久的金融机构大合并的完成，持续了十年的机构撤退在中国达到了高峰。
2002年4月份，日资银行上海分行由巅峰时期的12家锐减至4家，有的则由分行降格为代表处。显然，这与欧美银行、台资银行大举抢滩登陆的举动显得格格不入。
继2000年上半年日本的金融界大刮重组之风以后，2002年以来，金融大重组再次掀起一个高潮。一是没有进入大的金融集团的银行开始重新寻找合并伙伴。大和银行和朝日银行已决定进行经营统合，明年秋天以前正式合并；属于三井家族的樱花银行与住友家族的住友银行合并成立了三井住友银行，东京、三菱银行也进行了合并；二是几大金融集团的内部重组进入实质性运作阶段。由日本兴业银行、富士银行、第一劝业银行合并而成的瑞穗集团在2000年4月统合为一个金融控股公司后，原来的三家大银行仍以独立法人身份开展业务，2002年4月1日，按服务对象和业务性质重新组织的两家银行正式成立，由三和、东海、东洋信托等三家银行合并组建而成的日本联合金融集团也在加速融合；三是银行与保险公司之间的资本融合开始加速。瑞穗金融集团、UFJ金融集团、朝日银行为了在处理不良贷款的同时不降低资本充足率，在近期补充了近6000亿日元的资本金，其中50％—60％是通过大型生命保险公司入股解决的。与此同时，三井生命、住友生命等大型生命保险公司也通过让银行入股的方式，筹得了2600亿日元的资金充作自有资本。此外，保险公司之间的重组也在进行之中，明治生命和安田生命已于3月实行经营统合，计划两年后合并。
日本金融界的一系列合并势必导致世界金融集团排名再次发生重大变化。重组后的日本四大金融集团，全部进入英国银行家2001年全球十大排名。其中瑞穗金融集团总资产高达141万亿日元，跃居世界规模第一；UFJ控股集团总资产为103万亿日元，居世界第三；三井住友银行集团总资产万亿日元，名列世界第四；三菱东京金融集团总资产为68万亿日元，排名世界第七。四大金融集团的融资额占了日本的一半还多。
20世纪80年代末期，日本泡沫经济最厉害的时候，日本企业开始了一个“跨越太平洋”的运动，日经指数最高达到39000点时，日本的财阀们纷纷把他们的资产转移到太平洋沿岸，不仅在太平洋沿岸大肆建立各种营业网点，大肆扩张，更是因在美国购置不动产而闻名世界，他们甚至计划买下世贸大厦双子星座。
等到泡沫破灭后，他们却要花更长的时间来完成裁员和撤并机构的任务。早在2001年合并之初，为了清理庞大的坏账，重振低迷的业务，日本三井住友银行就宣布，将关闭一半的分支机构，并在今后三年内进一步裁员。三井住友的具体计划是，截至2004年3月，日本三井住友银行将关闭180家分支机构，比原计划多出80％。与此同时，该银行还将裁减员工18％，比原计划多600名，其中总部的4000名员工将裁减40％，估计裁员将为该银行每年节约1000亿日元的成本。
2002年4月6日，日本政府又推出了旨在对不良债权进行最终处理的紧急经济对策。这项对策要求各大银行对截止到去年9月的万亿日元的不良债权必须在今后两年内处理完毕；对去年9月以后新出现的不良债权，则必须在今后三年内处理完毕。
为什么日本银行业的改革如此之难，难倒了那么多届政府？一般的解释是：在经济停滞的情况下，短期内任何改革都势必影响经济景气，令不景气的经济再度雪上加霜，这令几乎所有的有志于改革的日本首相都有投鼠忌器之惑，但真正的阻挠却是来自于财阀和利益相关的政客，激进的改革必将损害既得利益集团的利益。日本银行业改革步履艰难，这与日本政府与银行的密切关系和日本的主银行制度相关。
在美国的管制下，日本虽然采纳了民主政体，但由于日本战后奉行赶超经济，以政府为主导，政府不仅可以直接干预经济，议员甚至可以命令银行向他的选区内企业发放贷款。日本的银行长期以来置于政府的保护之下，在《巴塞尔协议》之前，日本的银行自有资本比例一直很低，但储户不会担心银行的破产，因为这几乎是不可能的；即使银行破产，储户的损失也会由政府出面来承担。目前，控制日本经济的只是少数政客，而这些政客和日本各地的财阀保持着极为亲密的关系，他们和一些财阀共同构成既得利益者，阻挠着改革的推进，这就是政财两界高度合一的政府主导的体制。此外，日本地方政府对大多数的地方企业、中小企业，以及农民实行非常明确的保护政策，包括对它们破产的保护、对工人农民的福利以及终身雇佣制等。而这些企业，在政府的保护下已经失去了竞争力，尤其是长期以来维持的高成本、高福利的体系，使他们很难面对新的竞争。
日本长期以来形成的主银行体系使银行利益与企业利益紧密联系在一起。主银行制度是日本特有的银企关系，其主要特征表现为：（1）主导借款企业的集资活动，一旦银行成为某企业的主导银行，那么该企业的融资需求主要由主导银行来帮助解决；（2）是客户企业的结算中心，客户企业通过将结算账户集中到主导银行等方式协助银行提高竞争力；（3）是客户企业的主要股东，银行与企业之间通过相互持股形式形成利益共同体；（4）向客户企业派驻董事，解决了银行与企业信息不对称的问题；（5）在企业业绩滑坡时，拥有实施救济的主导权。一旦企业陷入经营困境，主银行不仅具有决定是否实施援助的主导权，而且还可将企业经营权转移到银行。
由于上述原因，日本政府、银行和企业形成了非常密切的关系，利益相关，荣辱与共。这是日本的经济结构性问题，也是日本�