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这时子贡的脸色也变了。孔子说：“赐啊，你认为我是博学强记的人吗？”子贡回答说：“是的。难道不对吗？”孔子说：“不是的。我是用一种基本原则贯穿于全部知识之中的。”
孔子知道弟子们心中不高兴。便叫来子路问道：“《诗经》上说‘不是犀牛也不是老虎，然而它却排徊在旷野上’，难道是我们学说有什么不对吗？我们为什么会落到这种地步呢？”子路说：“大概是我们的德还不够吧？所以人家不信任我们；想必是我们的智谋还不够吧？所以人家不放我们通行。”孔子说：“有这样的话吗？仲由啊，假使有仁德的人必定能使人信任，哪里还会有伯夷、叔齐饿死在首阳山呢？假使有智谋的人就能早行无阻，哪里会有王子比干被剖心呢？”
子路退出，子贡进来见孔子。孔子对子贡说：“赐啊，《诗经》上说‘不是犀牛也不是老虎，然而它却徘徊在旷野上’。难道是我们的学说有有什么不对吗？我们为什么落到这种地步呢？“子贡说：“老师的学说博大到极点了，所以天下没有一个国家能容纳老师。老师何不稍微降低一些您的要求呢？”孔子说：“赐啊，好的农夫虽然善于耕种，但他却不一定有好的收获；好的工匠虽然不精巧的手艺，但他的所作却未必能使人们都称心如意。有修养的人能研修自己的学说，就像网一样，先构出基本的大纳统绪，然后再依疏理扎，但不一定被世人所接受。现在你不去研修自己的学说，反而想降格来敬合取容。赐啊，你的志向太不远大了。”
子贡出去之后，颜回进来见孔子。孔子说：“回啊，《诗经》说‘不是犀牛也不是老虎，然而它却徘徊在旷野上’。难道是我们的说学有什么不对吗？我们为什么落到这种地步呢？”颜回说：“老师的学说博大到极点了，所以天下没有一个国家能容纳老师。虽然是这样，老师还是要推行自己的学说，不被天下接受又有什么关系呢？不被接受，这样才能出君子的色！一个人不研修自己的学说，那才是自己的耻辱。至于已下大力研修的学说不被人所用，那是当权者的耻辱了。不被天下接又有什么关系呢？不被接受，这样才能显出君子的本色！”孔子听了欣慰地笑着说：“是这样的啊，姓颜的小伙子！假使你有很多钱财，我愿意给你做管家。”
于是派子贡到楚国去。楚昭王调动军队来迎接孔子，这才除了这场灾祸。
楚昭王想把有户籍登记的七百里地方封给孔子。楚国的令尹子西阻止说：“大王派往各侯国的使臣，有像子贡这样的吗？”昭王说：“没有。”子西又问：“大王的左右辅佐大臣，有像颜回这样的吗？”昭王说：“没有。”子西又问：“大王的将帅，有像子路这样的吗？”昭王回答说：“没有。”子西还问：“大王的各部主事官员，有像宰予这样的吗？”昭王回答说：“没有。”子西接着说：“况且我们楚国的祖先在受周天子分封时，封号是子爵，土地跟男爵相等，方圆五十里。现在孔丘讲述三皇五帝的治国方法，申明周公旦、召公姡Цㄗ糁芴熳拥氖乱担笸跞绻斡昧怂敲闯鼓苁朗来Ｓ蟹皆布盖Ю锏耐恋芈穑肯氲蹦晡耐踉诜嵋亍⑽渫踉诟渚魑挥邪倮镏氐闹鳎钪漳芡持翁煜隆Ｏ衷谌缛每浊鹩涤心瞧甙俪峭恋兀偌由夏切┯胁拍艿牡茏痈ㄗ簦獠皇浅母Ｒ舭 ！罢淹跆司痛蛳嗽吹南敕āＵ饽昵锾欤阉涝诔歉浮�
楚国的狂人接舆有一天唱着歌走过孔子的车子，说：“凤凰呀，凤凰呀，你的美德为什么这么不景气？过去的不能再挽回，未来的还可以再赶得上，算了吧，算了吧！现在从政的人都是很危险的啊！”孔子下了车，想和他谈谈，但他却快步走开了，没能跟他说上话。
于是孔子从楚国返回了卫国。这一年，孔子六十三岁，是鲁哀公六年（前489）。
第二年，吴国和鲁国在一个叫缯的地方会盟，吴国要求鲁国提供百牢的祭品。吴国的太宰嚭（ｐǐ；匹）召见季康子。季康子就派子贡前往交涉，然后鲁国才纳百牢祭品。
孔子说：“鲁国、卫国的政治情况，如同兄弟一般相似。”这个时候，卫出公辄的父亲蒯聩没有继位做国君，流亡在外，诸侯对此事屡加指责。而孔子的弟子很多在卫国做官，卫出公辄也想请孔子出来执政。子路问孔子说：“卫国国想请您出来执政，您打算首先做什么呢？”孔子回答说：“那我一定首先正名分！”子路说：“有这样的事吗，老师您太迂阔了！为什么要首先正名份呢？”孔子说：“鲁莽啊，仲田！要知道，名分不正，说出的话来就不顺当；说话不顺当，那么事情就办不成；辐情办不成，那么礼乐教化就不能兴盛；乐教化不兴盛，那么刑罚不准确适度，那么老百姓就年足无措，不知怎么办才好。所以君子办事必须符合名分，说出来的话，一定要切实可行。君子对于他所说出来的话，应该毫不苟且随便才行啊。”
第二年（前484），冉有为季氏统率军队，在郎地同齐国作战，打败了齐国的军队。季康子对冉求说：“您的军事才能，是学来的呢？还是天生的呢？”冉有回答说：“我是从孔子那里学来的。”季康子又问：“孔子是怎样的一个人呢？”冉有回答说：“任用他要符合名分，他的学说不论是传布到百姓中，还是对质于鬼神前，都是没有遗憾的。我对于军事，虽然有功而累计封到二千五百户人家，而孔子却会毫不动心的。”康子说：“我想召请他回来，可以吗？”冉有说：“你想召请他回来，只要不让小人从中阻碍他，就可以了。”当时，卫国大夫孔文子准备攻打太叔，向孔子问计策。孔子推辞说不知道，他回到住处便立即吩咐备车离开了卫国，说道：“鸟能选择树木栖息，树木怎能选择鸟呢？”孔文子坚决拘留他。恰好季康子派来公华、公宾、公林，带着礼物迎接迎孔子，孔子就回鲁国去了。
孔子离开鲁国一共经过十四年又回到鲁国。
鲁哀公向孔子问为政的道理，孔子回答说：“为政最重要的是选择好大臣。”季康子也向孔子问为政的道理，孔子说：“要举用正直的人，抛弃邪曲的人，那样就使邪曲的人变为正直的人了。”季康子忧虚盗窃，孔子说：“如果你自己没有欲的话，就是给奖赏，人们也是不会去偷窃的。”但是鲁国最终也不能重用孔子，孔子也不要求出来做官。
孔子的时代，周王衰微，礼崩乐坏，《诗》、《书》也殊缺不全了。孔子探究夏、商、西周三代的礼仪制度，编定了《书传》的篇次，上起唐尧、虞舜之时，下至秦穆公，依照事情的先后，加以整理编排。孔子说：“夏代的礼仪制度我还能讲出来，只是夏的后代杞国没有留下足够证明这些的文献了。殷商的礼仪制度我也能讲出来，只是殷商的后宋国没有留下足够证明这些制度的文献了。如果杞、宋两国有足够的文献，我就能证明这些制度了。”孔子考察了殷代继承夏代对礼仪制度所作的增减之后说：“将来即使经过一百，那增减的也是可以预知的，因为一种是重视文采，另一种是重视朴实。周代的礼仪制度是在参照了夏代和殷代的基础上制定的，多么丰富多采呀，我主张用周代的礼仪”所以《书传》、《礼记》都是孔子编定的。
孔子曾对鲁国的乐官太师说：“音乐是可以通晓的。刚开始演奏的时候要互相配合一致，继续下去是节奏和谐，声音清晰，连续不断，这样直到整首乐曲演奏完成。”孔子又说：“我从卫国返回鲁国之后，就开始订正诗乐，使《雅》、《颂》都恢复了原来的曲调。”
古代留传下来的《诗》有三千多篇，到孔子时，他把重复的删掉了，选 取中合于义的用于礼义教化，最早的是追述殷始祖契、周始祖后稷，其次是叙述殷、周两代的兴盛，直到周幽王、周厉王的政治缺失，而开头的则是叙述男女夫妇关系和感情的诗篇，所以说：“《关睢》这一乐章作为《国风》的第一篇，《鹿鸣》作为《小雅》的第一篇；《文王》作为《大雅》的第一篇；《清庙》作为《颂》的第一篇”。三百零五篇诗孔子都能将演奏歌唱，以求合于《韶》、《武》、《雅》《颂》这些乐曲的音调。先王的乐制度从此才恢复旧观而得以称述，王道 完备了，孔子也完成了被称为“六艺”的《诗》、《书》、《乐》、《易》、《春秋》的编修。
孔子晚年喜欢钻研《周易》，他详细解释了《彖辞》、《锡辞》、《卦》、《文言》等。孔子读《周易》刻苦勤奋，以致把编穿书简的牛皮绳子也弄断了多次。他还说：“再让我多活几年，这样的话，我对《周易》的文辞和义理就能够充分掌握理解了。”
孔子用《诗》、《书》、《礼》、《乐》作教材教育弟子，就学的弟子大约在三千人，中能精通礼、乐、射、御、数、术这六种技艺的有七十二人。至于像颜浊邹那样的人，多方面受到孔子的教诲却没有正式入籍的弟子就更多了。
孔子教育弟子有四个方面：学问、言行、忠恕、信义。为弟子订四条禁律：不揣测、不武断、不固执、不自以为是。他认为应当特别谨慎处理的是：斋戒、战争、疾病。孔子很少谈到利，如果谈到，就与命运、仁德联系起来。他教育弟子的时候，不到人家真正遇到困难，烦闷发急的时候，不去启发开导他。他出一个道理，弟子不能触类旁通地推演出似的道理，他就不再重复讲述了。
孔子在自己的乡里，谦恭得像个不善言谈的人。他在宗庙祭祀和朝廷议政这些场合，却能言善辩，言辞明晰而又通达，然而又很恭谨小心。上朝时，与上大夫交谈，态度和悦，中正自然；与下大夫交谈，就显得和乐安详了了