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随着总鳍鱼到陆地活动，成为陆生脊椎动物的最早类型，两栖类开始出现。脊椎动物在登上陆地的过程中首先要解决呼吸和行动问题。总鳍鱼已具有原始肺的构造，肉质偶鳍可以在地上爬行。残存下来的现代两栖类有蝾螈、青蛙等。
从两栖动物演化出来的蜥螈形类，很可能是爬行动物的祖先。经过长期演化，产生了能够适应干旱陆地环境的羊膜卵。于是，爬行动物诞生了。从两栖类水中产卵、水中受精发展到爬行动物的体内受精和产生羊膜卵，是脊椎动物演化史上的一次重大飞跃。
爬行动物在陆地上产卵、孵化，完全摆脱了水的限制，成为真正的陆生动物。陆地生活环境的复杂多变，为动物的进化提供了新的生态环境和适应方向，原始的爬行动物向各个方向分化和发展，分别进化为原始的鸟类和哺乳类。
从变温的爬行动物转化为恒温的鸟类，是脊椎动物演化史上的一次重大飞跃。恒温动物（鸟类和哺乳动物）的体温相对稳定，不受外界气温的影响，增强了对气候环境的适应性，扩大了地理分布范围。
早白垩世晚期出现了被子植物，中、晚白垩世很快繁育起来，新生代时极为繁盛，代替了裸子植物，成为植物界中最高级的类群，开始了被子植物时代。被子植物有比裸子植物更进步的内部构造和完善的生殖器官。因为种子外面有果皮包被，有利于保护种子，繁殖后代，能更好地适应陆地生活，所以被子植物是植物界最高等的类群。被子植物的迅速发展和更广泛的地理分布，为依赖植物为生的动物界提供了丰富的食物资源，促进了昆虫、鸟类和哺乳动物的大发展。
最早的哺乳动物是从三叠纪的似哺乳爬行动物中分化出来的。进入新生代，由于板块的分离或聚合，气候的分化，被子植物的迅速发展和广泛分布，促使哺乳动物迅速分化、辐射，得到了空前发展，取代了爬行动物，在地球上居于优势。从而脊椎动物的演化又进入了一个更高级的阶段──哺乳动物时代。从爬行动物的变温、卵生发展为哺乳动物的恒温、胎生和哺乳，以及高度发达的神经系统和感觉器官，是脊椎动物演化史上的一次重大飞跃。
最原始的哺乳动物主要是食虫的。古老的有蹄动物踝节类也是从原始食虫类演化而来的，是由食虫发展到食草过程中最原始的一个分支，是后来大多数有蹄动物，包括马、貘、犀等奇蹄类和猪、牛、羊等偶蹄类的共同祖先。食肉类又分为古食肉类、新食肉类和鳍脚类。始新世末期新食肉类繁盛起来，如现生的猫、虎、狗等。新食肉类出现不久，海生鳍脚类（海狮、海豹、海象）开始出现。
偶蹄类从始新世开始出现，经过渐新世、中新世和上新世大量发展，从更新世到现在。偶蹄类分为猪形类、骆驼类和反刍类。猪形类出现于始新世早期，都是些小形偶蹄类，如始新世的双锥齿兽，戈壁猪形兽等。从渐新世到上新世体形变大。更新世出现了与现代野猪相似的猪。反刍类包括鼷鹿、鹿、长颈鹿、牛、羊、羚羊等。
灵长类动物可能是由食虫类动物中的一个分支演化而来的，时间大约在距今7000万年前的中生代白垩纪末期，或者新生代第三纪古新世的初期。在北美洲和欧洲，曾在古新世以及随后的始新世的地层中发现了形态介于食虫类与灵长类之间的化石，与现生的普通树鼩非常相似。这种动物具有很多接近于灵长类动物的一些特征，例如具有圆形的眼眶，眼窝后面有褶皱，两眼开始并列；脑子较大，而嗅叶较小；第一指（趾）和其他四指（趾）稍有点分开，能伸出趾爪抓住树枝等等，经过长期与环境的作用，逐渐显现灵长类的特点。
生物进化实际上就是一部生物体与环境相互作用的历史。在这个历史行程中，各个阶段有着不同的主角，它们达到顶峰后然后逐步衰亡，然后新的主角登上历史舞台，这是生态环境在不断更新的结果，也是宇宙物质演化规律所导演的结果。
在生物的进化过程中，生物所处的环境可分为两种：一种环境是地球的自然气候、地理等，地球上各处的气候、地理不尽相同，各个地域、地区有着各自的环境特点，它们对生物的生存形态有着不同的影响。另一种是生物环境，这就是生活在地球上不同物种、以及同一物种中不同个体之间的相互关系，即各种生物之间的相互依存与竞争，这种关系对生物的生存形态产生更复杂深刻的作用和影响。
自然生态体系是一个比一般物质作用体系更加复杂的体系，它由非生物、微生物、植物、动物所组成，不同的物种有着不同的属性，它们有不同的生活习性、不同的繁衍方式，相互之间构成了食物链及其基础上的行为链，这样的生存链推动着物种的演化。在这个多物种的生物体系中，不同的生命形式之间结成一定的相互关系，并互为存在和发展的条件。
生物进化是一个逐步推进多方面进化的过程，生物表现在各种生物机能的进化，各种生物结构的产生和演化都对应于环境所施加的作用力，包括生物的活动能力、听力、视力、嗅觉、智力等等，各种机能根据生存需要逐步发展完善。随着生物与环境的不断作用，体内细微变化的逐步积累，经过漫长岁月的演变，生物从内在本质到外在形态都发生了很大变化。
从生存过程看，每个生命都要经历从出生、成长、成熟再到衰老的过程，这是生命体与环境相互作用的过程，每个生命体的身上都会打上时代的烙印。在生物体与环境中各种存在的相互作用过程中，作为一种作用力结构，生物的生存形态会因与环境的作用而产生变化，并且这样的变化会反映在生物体的内在组织结构和遗传结构上。表面看，生物活动围绕着生存和繁衍在进行，而其中却蕴涵着宇宙中物质形态变化和发展的趋势。
在地球上，动物、植物、微生物都在不断进化，同时，进化包含了生物结构、个体以及物种之间的关系、以及整个体系的进化。在生命发展进程中，每个生命的存在都是有意义的，它不是孤立存在，而是会对其它的生命存在产生影响，个体的作用看起来都微不足道，但众多微小生命的存在却决定着生命的演化过程。
生态系统是一个生物相互作用的体系，不同的生物相互依存、竞争，进行着循环、再生和发展。对于处在不断变化的相互关系中的生物来说，它们有必要进行生物结构和机能调整，使自身的生存形态与环境相适应。在生物的进化过程中，旧的生命形式不断地被新的取代，地球上的生命生生不息，并且发展得愈来愈完美。txt电子书分享平台
第三章 传统进化理论对吗
我们很少去怀疑一些经典的理论，尤其是一些教科书上的理论。那些我们从小就被灌输的理论都正确吗，回答应该是否定的。至少可以说，随着科学的发展，人类认知能力的提高，有的理论应该得到修正，有的则需要改变。
说到经典的理论，这里要说一下进化论。进化论是无神论和唯物主义的重要基础，我们小的时候就知道达尔文的进化论，它对于我们的生命观产生了很大影响。传统进化理论的核心就是变异和选择。这种理论从生物的变异性、遗传性、生存竞争等方面阐述了物种起源以及生物进化的思想，提出了自然选择在生物进化中的作用。它对进化的解释是这样的，生命在遗传过程中会产生变异，这种变异是偶然发生的，然后由自然对这些变异进行选择，即所谓的“物竞天择，适者生存”。
这种描述生物进化的理论有什么问题吗。依据这样的理论，遗传中偶然性变异是生命进化的前提，生命的进化必须通过生物偶然性变异或者说突变才能实现。那么，用这样的理论来解释生物的进化正确吗。对于从事科学研究的人来说，他们不会用偶然性来解释一种现象的产生，因为任何现象的产生都有其必然的原因。科学研究是严谨的，不能有丝毫模糊的地方，否则难以得到正确的结论，而传统的进化理论是一种模糊的理论，或者说只是一种观点。
那么，生物进化究竟是如何实现的呢？首先，让我们来看一下传统的自然选择理论对生物进化是如何解释的。
传统进化理论认为，生物结构由简单到复杂、生命形式由低级到高级这样的过程是自然选择的结果，即人们所熟知的“适者生存，优胜劣汰”的自然法制。自然选择对进化的解释是这样的：所有生命的繁殖过程基本上都与细胞分裂有关，在正常情况下，当一个细胞分裂成两个时，就产生两个一模一样、具有相同遗传因子的细胞。然而，在细胞复制过程中，偶尔会有一些微小的差错产生，导致被复制出来的细胞并不与母细胞完全相同，用生物学的术语来说就是“突变”。有些突变是不相干的，但有些突变则可能对生物个体行为造成明显影响。这些突变可能有害，而此类对于物种有害的“变种”将在自然竞争中不断地被淘汰。但是，有的时候，突变的结果可能会使个体拥有某种优势，使它能在生存竞争中处于有利地位，生物通过自然选择得以进化。
传统进化理论的核心就是变异与自然选择，进化是自然对生物变异的选择，这里变异的发生是偶然的，并且与外界的环境因素之间没有必然的联系，这样的进化便依赖于自然对偶然事件的选择。在这样的自然选择的理论里，生物进化在一定程度上是被动性的，它只有等待变异的自然发生，然后自然选择才能产生作用。然而，对于这样的解释人们不禁会产生一些疑问，变异为什么会发生，变异一定