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为最大限度地集中财产，武昌城内废除商业贸易，商店货物没收，因为废除了商贸，金银货币的存在也无必要，金银等物品也全部没收，似乎老兄弟可以保留在一定限度内的财物。房屋、床铺、被褥等统统由太平天国军方统一统筹调配。
太平天国在武昌的备战，对于太平天国政权来说，是巨大的成功，太平军一下子扩充至五十万，相比在永安的数千人，数量提高了数百倍。但武昌的诸多政策，却给当地百姓带来了不少的灾难，也极大地损伤了武昌等地百姓本来对太平军抱有的好感。尤其是拆散家庭，禁止夫妻同居、禁止婚姻的政策，不但是反传统的，甚至是反文化，反人性的。洪秀全的这个制度不但遭到了普通军民一致的反对，连太平军的高级将领也激烈地抗议，虽然后来废除了，但已经造成了极其严重的后果。
太平军武昌扩军，也给自己背上了沉重的后勤负担。太平天国把三镇百姓举家编入军队，等于把整个武昌搬空了，变成一个流动而不生产的城市，使得日后太平天国在粮食问题上捉襟见肘，疲于应对。许多武昌居民实际上并不愿意从军，“未几，男子被掳者逃归十###，女子回者十一二”，是个相当失败的政策。
太平天国正确的政策应该是，留下数万人和一定的粮草防御坚守武昌，将家眷安顿于此，然后挑选三镇精壮青年从军，与太平军老兄弟一起下江南，攻南京，不但不用担负沉重的后勤压力，提高部队质量，还得得到来自武昌源源不断的支援。洪杨计不及此，不能不说是太平天国运动失败的一大关键。
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南京围城（1）
咸丰三年元月初二，太平军在武昌庆祝了新年后，弃武昌顺江直取江南。吸取蓑衣渡惨败的教训，天王洪秀全先行登舟，杨秀清、韦昌辉、石达开、秦日纲、罗大纲、赖汉英统率水师护卫，林凤祥、李开芳、胡以晃、吉文元率陆军夹岸护卫，老幼妇女也乘船随行，浮江万艘，帆樯旗帜如云，浩荡东下。清军与太平天国打了许久的仗，一直在数量上占有优势，如今太平军已扩充至数十万，沿途防堵清军却不过数千人，于是望风而逃。
面对咄咄逼人的攻势，咸丰帝罢免徐广缙，改任老于行伍的向荣为钦差大臣，指挥尾追太平军的部队，又加派琦善、陆建■两名钦差负责江南防务。向荣采取平行追击战术，意欲集重兵于九江，与太平军决一死战，但清军沿途围堵甚不得力，除老鼠峡爆发一场不大的战斗外，武昌至九江数百里，官兵逃散一空。陆建■胆战心惊，下令开船抛弃下属连夜逃遁，撤至九江等待向荣援军。陆建■愁苦万状，夜不能寐，起床巡视，竟被和他同样神经过敏的巡夜士兵当成贼人抓住一顿胖揍，折却牙齿两个。陆建■撤退到九江，依然觉得离太平军太近，安全缺乏保证，又星夜下彭泽，到了彭泽，越加胆战心惊，放火烧了自己的坐船，乘小舟返回南京。张芾原在九江驻防，见陆建■逃窜，心想钦差都逃了，自己这个空头巡抚不逃更待何时，张芾又自称“菩萨心肠”，索性都是败仗，不如救人性命，于是将他能调动的部队全部后撤，让士兵与己一同逃窜。
太平军得张芾相助，进展顺利，不数日即攻克九江、彭泽、小孤山，沿途守军未作任何抵抗。正月十七日太平军前锋抵达安庆，总兵王鹏飞率先逃跑，逃跑前突然想起空城计故事，于是打开城门才逃跑。太平军狂笑进城，大杀清军。清军武官未读过忠孝节烈的圣贤书，无耻地带头先跑，留下数百名文官。文官们也各自计划逃跑，但毕竟都是读圣贤书的人，“名不正则言不顺”，凡事总要讨个说法，故文官都暂住太平军尚未攻到的城南，焦急地寻思逃窜的借口。最有机智的是知府傅继勋，声称安庆告急，其他城市肯定更加危险，自己要以大无畏的精神押解饷银出城，支援别处抗战。傅继勋押送饷银——随身银票二百两化装出城，布政使李本仁义愤填膺，直斥傅继勋为欺世之巨骗。李本仁说经自己检查，城中数十万饷银犹在，傅继勋根本没有押送饷银，于是自告奋勇，要出城捉拿巨骗傅继勋，顺便把饷银和温暖真正送到友军手中。李本仁轻装简从，携带数十万饷银的账目清单和百余两饷银“样品”，也化装出城，与傅继勋怀着同一个伟大的人道主义目的在舒城相会。其他官员也大为感动，声称自己也要为押送饷银出一份力，各自分批携带饷银百两出城，士兵们也纷纷逃窜，城中只余巡抚蒋文庆一人。
蒋文庆自知事不可为，决意留下遗书后自杀殉国。可惜当官日久，长年由幕僚代笔，八股文功夫大为减退，两个时辰还未写得几行遗书，太平军已经杀到。蒋文庆仓促派下人将遗书带出城转交挚友周天爵，然后吞金自杀，未遂，又喝下毒派大师周天爵所赠毒酒，也没有死成，最终被太平军抓住杀死。太平军在安庆缴获尚未出城的饷银四十万两，钱四万串，米粮三万石，铜炮数百门，火药炮子无数。
安庆日后是湘军与太平军剧烈争夺的要塞，地理位置险要，是扼守长江，屏障江宁的重要军事据点。如将日后太平天国沿长江的势力比着一条长蛇，安庆就是长蛇的七寸，曾国藩、胡林翼一眼看出安庆的重要性，拼着天下财赋占其半的江浙不要，也要夺取安庆。太平天国要在南京立稳脚跟，必须以名将重兵控制安庆，可惜杨秀清等人初下江南，不明地理，在安庆疯狂扩军后，携带百万饷银和七十万部众弃城而走。
太平军顺江而下，兵锋直指镇江、扬州、江宁（南京）。镇江、瓜州是南北水运的咽喉所在，太平军控制上述地区，就等于掐断了南北漕运往来，抓住了清廷的命脉。北方经过多年的过度垦殖，气候恶劣，生产力低下，产粮和经济作物都不足以支撑这个庞大帝国的机构运转，京师主要靠南方解往的漕粮养活，清廷的财政基本上靠漕银支撑，太平军向江南的进军，给予咸丰皇帝前所未有的恐慌。咸丰帝惊呼：“镇江、瓜州江口为南北咽喉，设有疏虞，江北一带藩篱亦难自固”。
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南京围城（2）
清廷对镇压农民起义有自己一套比较完善的办法，那就是不集结大兵团与敌主力决战，只采取以遍布全国的多股少数兵力层层阻击，迟滞消耗敌军，再以少量精锐师团制敌死命的战略方针。此时太平天国势力雄强，沿途清军势单力薄，无人敢撄其锋，迟滞消耗无异纸上空文，湘军尚未组建，中兴名将多半还赋闲在家，江忠源留在湖南剿匪，清廷集结的兵团倒是少量，精锐却差得远了。
咸丰加紧抽调文武大员救援南京，先署天师周天爵为安徽巡抚，收拾皖北。周天师再度娱乐亿万观众，上奏咸丰说太平军擅长打仗，若只以兵刃相见，举世大帅均非其敌，取胜关键唯有下毒一途，称老臣但有三十万斤烂肠草，定要洪杨肠穿肚烂。咸丰也有意促成这场搞笑大戏开演，下旨让两广总督叶名琛在一月内搜齐烂肠草三十万斤。一时间，两广药农纷纷上山采药，朝廷也派出士兵三千余人加入声势浩大的采药大军，把盛产烂肠草的山岭统统搞得寸草不生，不少药商发了大财。又据坊间嘲笑，石达开曾派士兵采得数万斤烂肠草卖给周天爵，换回大批火药装备军队。
周天爵以其年高，无力兼顾用兵和民事，力辞安徽巡抚一职，咸丰帝改由刑部侍郎李嘉端任巡抚，以周天爵老于戎阵，赏兵部侍郎衔帮办军务。咸丰帝严饬湖北按察使江忠源，寿春总兵邓绍良带所部军马赴向荣营中听令，又抽调大批浙江士兵入南京救援。清廷的总体布置是，江宁将军祥厚主持南京防御，江苏巡抚杨文定守镇江，漕督杨殿邦据瓜州，向荣自江南驰援南京，琦善自江北驰援瓜州，企图将太平军尽数歼灭于南京城下。小皇帝不通事务，一番部署与赵括、马谡二位君子不相上下，试想，顺江而下太平军六七十万之众，有战斗力的军队至少有十万，江南那几万清军，守城尚嫌不足，又如何打歼灭战？于是向荣和琦善两大主力统统借故拖延，拒绝遵旨参与南京会战，两员大将心下雪亮，眼前的局势正是：“先到先败，后到后败，同到同败，不到不败”（曾国荃名言）。
南京城虽危在旦夕，文武大员的内斗却正如火如荼。满清在巡抚之上又设总督，督抚同城办公，总督虽然名义上是巡抚的上级，但权力却并不比巡抚大，并不能干涉巡抚理政，是故有清以来，督抚就经常争斗不休。总督陆建瀛和巡抚杨文定因为芜湖一代的防御部署吵得不可开交，杨文定、祥厚等人决定联合起来，赶走陆建瀛。南京的官员先给总督陆建瀛写信，表示不欢迎总督回省，陆建瀛厚着脸皮回来后，闭门三日，并无属官上门问安、办公。巡抚杨文定早就想脚底抹油了，只是苦于无合适借口逃离这是非之地，于是称自己无法与总督陆建瀛合作，只得出走，企图把自己出走的责任推给总督陆建瀛。此举正中陆建瀛下怀，陆总督正盘算着趁乱把南京城的银粮盘回家去，赶走杨文定自己正好办事。陆建瀛打定赶走杨文定的主意，出言讥讽杨文定是要赖在南京等总督的缺。杨文定搜集到自己确系陆建瀛赶走的证据后，火速撤离。南京最大的两位官员，一为钱，一为命，把战前的南京糟蹋得不成样子。
咸丰三年一月二十八日，太平军前锋李开芳部开抵南京，与清军遭遇。武汉自南京沿江路途一千八百里，李开芳部竟然一个月