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有三艘清军战船逃至一小岛，郑军的战船蜂拥而至，将其团团围住，清军抽刀举箭，拒守于岸边。郑成功亲自赶到，派部将马信进行劝降。走投无路的清军只好放下武器投降，当夜这批已降兵将被溺毙于大海之中。关于此事，《台湾外纪》这样记载：“有船三只，见圭屿，欲拢岸。舵公不允，众疑有异心，杀之。登岸远望，乃海中孤屿，绝地也。欲再下船，成功船已蚊至，无奈抽矢出刀，据岸拒之。功见有四百余众，遣马信折箭为誓招之。诸人计穷，乃投刀矢降。后亦被成功溺于海。”
出海门一路的清军大败，高崎战场的情况也大抵如此。
当时，奉郑成功之命防守五通、高崎的是右虎卫陈鹏。右虎卫是郑军精锐，其官兵都是经过严格挑选和训练的壮勇者，战斗力极强。不过，这年的四月，清军进攻厦门之前，陈鹏密通施琅，谋为内应。施琅将情况通报给李率泰，李率泰同意接受陈鹏的投降。陈鹏遂与施琅约定，当清军来攻时，鸣放空炮，以迎接施琅渡过五通，让清兵从高崎登陆。初十上午，施琅与达素所率同安一路清军驶至高崎，与郑军殿兵镇陈璋所率的水师狭路相逢，双方展开遭遇战。陈璋所部船少兵弱，抵敌不住，即引兵退走。清军遂从赤山坪登岸，陈鹏闻知清军将至，令所部勿动。此时防守高崎岛近海阵地的是郑军的右协陈蟒，而陈鹏事先却并未将决定降清之事告知陈蟒。陈蟒见清兵船只靠近岸边，纷纷弃船登岸，形势危急，不等陈鹏号令，便率兵便掩杀过去。清军见郑军冲来，误以为是迎接他们的，因此毫不防备，清军被杀了个措手不及，顿时死伤一大片，仓皇而逃。陈蟒又下令用大炮对清军进行猛轰，在震耳欲聋的炮声中，清兵死伤过半，近岸的海面上全都飘散着破碎的船只和清军士兵的尸体。这时，郑军殿兵镇陈璋汇合水师吴豪，率船赶来，截断了清军的退路，将清军团团包围，击沉船只十之八九。陈鹏对情势的变化措手不及，大感惊愕，待稍稍清醒之后，清军已是溃不成军。为了掩饰自己欲降清军之罪，亦率辖下将领林雄、刘雄、刘俊等率兵参与围攻。清兵被杀及淹死者不计其数，被俘三百余人，后均被郑军断手割耳放回。施琅抵敌不住，保护着达素，拼命杀出重围，退回同安港，达素随即率残部回福州。不久，郑成功查知陈鹏欲降清之过，遂将其逮捕，凌迟处死，祸及全家。
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扬帆启航郑氏收复台湾（2）
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高崎战场同样遭受惨败，充分表明清军此次进攻厦门缺乏周密的部署和详尽的计划，显得盲目和冒失。陈鹏既已密通施琅，清军也接受其降附，理应派人与之详商接应清军登陆的计划，并预先制定好各种应付意外的具体措施。然而，迎接清军的却是不知情的陈蟒所部，致使清军一靠岸就遭到迎头痛击，这是高崎战场失败的关键原因。
清军此番大举攻厦，几乎全军覆没，一向在陆地上所向无敌的八旗劲旅，终于领教了郑军水师的强大威力。从此之后，直至郑成功去世，清廷再也未曾议及进攻厦门。虽说清军这次失利的因素很多，但不习海战、不谙风汛潮汐，是其遭受惨败的主要原因之一。为了建立一支足以与郑成功相抗衡的水师，清廷认识到必须任用深悉海上作战之人，于是在厦门之战失利后不久，清廷即升任施琅为同安总兵。
由于施琅此役只是作为达素的副将参战，并没有实际的指挥权，他的活动在诸多史料中均只有寥寥数字，仅提及他随同达素率同安一路清军赴高崎。施琅熟悉风汛潮汐，精于海上作战，厦门惨败对他后来征战的战术和用兵都产生了直接的影响。后来在康熙二年（1663年）十月，施琅率领清军攻取厦门、金门的战役时，特别注意与降军密切联络，以免重蹈覆辙。此外，康熙二十二年（1683年），施琅领兵征台时，所选用的将士皆为熟悉风汛水性的汉人；重视战略战术，经充分准备后才对澎湖的郑军发动进攻；讲究风向潮流的顺逆，待寻到乘风顺流的有利时机才与郑军决战；注意对郑军进行招抚，以分化和瓦解郑军的力量，终于兵不血刃收复台湾本岛。凡此种种固然是因施琅富有谋略，熟悉风汛水性，但与厦门海战所给予他的启示不无关系。
亲历攻厦之战惨败的施琅，悉心总结失败教训，深感清军不习水战实乃进攻厦门失败之根由。因此他一边加强防守，以防郑军乘胜进攻福建沿海地区，一边积极操练军队，以提高部队的作战能力，特别是开始考虑建立一支强有力的水师队伍，以便与郑军抗衡，同时密切关注郑军的动向，注意情报搜集。施琅在耐心等待着清廷委以重任的时刻。
厦门一役，施琅的对手郑成功以其杰出的军事指挥才能和政治才能，布防严密，亲率水师迎击出海门进攻一路之清兵，并根据海上作战的特点，充分利用风汛制敌战术，将士戮力同心，抗敌英勇，击败清军的进攻，显示出强大的海上作战能力，进一步巩固了其以金、厦为中心的抗清根据地。然而，郑成功并未陶醉于眼前的胜利，在冷静分析了当下形势后，将目光投向了万顷波涛之中。这一次，郑成功极具战略远见的谋划将使他永垂青史。
郑成功所分析的形势无疑仍是严峻的。首先从全国的角度看，西南地区的抗清武装已基本失败，全国境内已无其他的反清武装能对清军起到牵制作用，在今后漫长的时期内，郑军将独立作战，面临清军的全力围剿；其次从眼前掌控的地区看，厦门离内陆太近，狭窄的海峡天险不足凭恃，一旦有失，则全军毫无退路可言。金、厦二岛，乃弹丸之地，可供回旋的余地太小，不但征取粮饷十分困难，就连安顿家属都存在问题。正如明末清初的著名学者、有“台湾孔子”之誉的沈光文在《台湾赋》中所说：“金门寸土，不足养兵；厦门丸城，奚堪生聚？”可见金、厦两地对图谋反清复明宏志的郑成功不具有战略意义；从地区的角度看更令郑成功发愁，那就是此时清廷已采纳黄梧的“平海五策”，在东南沿海实行“禁海”、“迁界”，从经济上对郑军进行封锁。因此，在击败进攻厦门的清军后，郑成功并未因胜利而稍有懈怠。清帝病逝，新帝继位，为郑成功赢得了时间，可以对未来的发展进行详细的规划和考虑。此时郑成功想到了另辟根据地，他将目光投向了父亲曾进行过大规模开发的富庶之地——宝岛台湾。
台湾，西隔台湾海峡与大陆相望，距大陆最近处仅百余公里；东临太平洋，向北渡海可达日本，向南可通往东南亚、太平洋及印度洋各国，扼西太平洋航道之中心，是中国与太平洋各国的交通枢纽。台湾海峡呈东北—西南走向，北通东海，南接南海，也是中国海上交通要道。是东、南海之间往返的船只的必经之地，来自欧洲、非洲、南亚和大洋洲到中国东部沿海的船只也必须通过这里，从大西洋、地中海、波斯湾和印度洋到日本海的船只—般也要由此经过，素有海上咽喉、中国“七省藩篱”之称。台湾岛内湖泊、河流纵横交错，瀑布风采各异，景色秀丽，成为台湾宝贵的自然风光之一。台湾气候冬无严寒，夏无酷暑，雨量充沛，因而森林资源丰富，植被茂盛，种类繁多，自然条件易于稻米生长，是天然粮仓。
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扬帆启航郑氏收复台湾（3）
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有鉴于此，郑成功力排众议，正式提出收复台湾。当时的台湾为荷兰人所占。事实上自十六世纪中叶以后，西班牙、葡萄牙等列强相继侵扰台湾，或掠夺资源，或进行宗教文化侵略，或直接出兵占领。因此，收复台湾就是要直接对西方侵略者开战。台湾本岛地形东高西低，人口会聚西部，以“澎湖为门户，鹿角为咽喉”。郑成功根据敌情地形，确定了作战方案：首先收复澎湖，以此作为前进基地，然后乘涨潮之机，通过鹿耳门港，实施登陆，切断台湾城、赤嵌楼两地荷军的联系，分别予以围歼，最后收复台湾全岛。
顺治十八年（1661年）三月初一，郑成功率领众将士在金门“祭江”，举行了隆重的誓师仪式。三月二十三日，郑成功率大军二万五千人人，分乘两百多艘战船，浩浩荡荡离开金门料罗湾，向澎湖出发。经过近一年的激战，郑军给了霸占台湾的荷兰人以致命的打击。康熙元年（1662年）二月一日，荷兰总督揆一在台湾城外正式向郑成功呈上投降书，荷兰侵略者对台湾三十八年的殖民统治终告结束，台湾终于回归祖国。
郑成功收复台湾后，对投降缴械的侵略者采取宽大政策，照顾他们的生活，并允许他们带走个人财产。揆一领着不足千人的残兵败将狼狈离开了台湾。此后，郑成功废除了荷兰人的殖民制度，改赤嵌楼为承天府，置二县，设安抚司于澎湖，派重兵驻守，总称台湾为东都；为纪念故乡，又改热兰遮城堡为安平镇。同时，郑成功实行屯田政策，令数万军眷随军赴各地大量垦荒，大陆民众也陆续迁往台湾，在台湾南部和西部的彰化、云林、新竹等地形成一大批村镇。他还推广铁犁牛耕等生产技术，使台湾经济迅速发展。郑成功登岛后，对汉民和原住民一视同仁，平等对待，颇受当地各族百姓拥戴。
收复台湾成为郑成功短暂的生命历程中最辉煌的事迹，夺取台湾后不久，永历皇帝朱由榔被杀，永历政权就此灰飞烟灭。郑成功也因内外交困，心力交瘁，于清康熙元年五月初八（1662年6月23日）病卒，时年三十九岁。郑成功一生短暂，但数百年来作为民族英雄受到海内外华人的无