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蒋益澧趁势率部攻打汤溪，发现守城的太平军战斗力大大减弱，便加大了攻击力度。太平天国戴王黄呈忠、首王范汝增和梯王练业坤，率部增援汤溪。部队形成一条长龙，从金华城西排列到古方，绵延到开化村和白龙桥，连营几十里。还有一些部队远道增援，从金华东北面的浦江、诸暨、嵊县和新昌开来，与兰溪的太平军会合，西援龙游。
汤溪守军得知有大批援军开到，勇气倍增。主将李尚扬于1月11日领兵出城攻打湘军营垒，被熊建益的部队击退。兰溪的太平军也渡河攻击，蒋益澧率部拦截，将太平军击退。第二天，蒋益澧和刘典的部队在罗埠联合作战，打败太平军谭星所部。
1月13日，蒋益澧和刘典率部在古方击退增援的太平军。魏喻义从严州出兵，潜行东南，突袭兰溪，焚烧太平军的七十多座壁垒。
1月20日，左宗棠就“借师助剿”一事，给清廷上了一份奏折，大意是说，自从朝廷与洋人海战以来，当地百姓至今没有看到国家打胜仗，于是妄自菲薄，纷纷投靠洋人。而外国将领训练中国兵以后，不怕死的人多数参军，借着洋人的势力，横行乡里，官府不敢责问。近来听说宁波清军中稍微健壮的士卒，多半退伍，投靠洋人将领，充当勇丁，以图丰厚的军饷，所以洋枪队转眼之间就增加到四千五百人。如果官府不稍加裁禁，予以限制，那么洋人统领的部队就会反客为主。我国军饷本来非常紧张，还要养着他们，而海疆更加脆弱，人心风俗更加糜烂，决非好事。
左宗棠主张逐步裁撤由外国人统领的部队。他认为，如果操之过急，那些部队中的华人有可能流为盗匪，为害地方。于是，左宗棠对于暂时没有裁撤的洋枪队，采取了严格的管理措施，要求他们听从中国官府的指挥。
1月28日，刘璈在兰溪以西攻打太平军失利，都司李锦荣等人阵亡。2月1日，蒋益澧和刘典在开化村攻击增援的太平军，游击彭永寿阵亡。
2月8日，太平军将领张成功参见蒋益澧请降。2月17日除夕夜，龙游太平军攻击东门的湘军营垒，刘培元率部将太平军击退。
2月26日，汤溪的太平军将领彭禹兰请降，蒋益澧决定受降。2月28日，彭禹兰将主将李尚扬骗出城濠，刘树元和徐文秀等湘军将领出其不意擒获四名太平军。彭禹兰打开西门，接纳湘军。
四十一岁的李尚扬是湖南安仁人，1852年夏天在家乡参加太平军，累积战功当到了忠裨天将。他被俘后遭到处决，死前录有口供，题为《李尚扬自述》。
蒋益澧派高连升和熊建益乘胜攻打古方、开化村和白龙桥，将太平军壁垒全部捣毁，太平天国的三位王爷全部逃走。
3月1日，金华和兰溪的太平军也弃城撤走，蒋益澧率部进占金华，直隶州知州刘典等人的部队进占兰溪。
1863年，同治二年（2）
此战以后，清廷将高连升以提督记名。
李世贤苦心经营的金华防线，就这样轻易放弃了。天国的侍王原以为这里固若金汤，能和严州一起屏障杭州，没想到他的部将居然将这个根据地拱手交给了湘军。
湘军扫清龙游以东的地盘后，王德榜的部队逼近龙游城南修筑三座壁垒，太平军出城攻击，二十七岁的湖南大庸人刘明灯等将领率部将太平军逼回城内。
当夜，龙游城内传出喧哗声，左宗棠估计太平军将要撤走，派人向各军将领密授方略，部署堵截。
月色皎白，太平军打开东门，潜行东北方，奔向汤溪。他们还不知道，他们想去的地方，已被湘军占领。
湘军兵不血刃，进占龙游。
刘培元和杨昌濬等人率部跟踪放弃龙游的太平军，一直追到汤溪。太平军来到汤溪城下，只听一声炮响，蒋益澧率部出城夹击。太平军这时才知道汤溪已是湘军营垒，战士们不听将领约束，狂奔而逃，绕过金华向北而去。三位王爷逃得远一点，进入了诸暨，谭星则就近进入浦江。
李世贤在金华以西所设的防线全部崩溃，左宗棠的战略已取得初步胜利。他北望杭州，轻松地呼出一口气。
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四川的新年第一天，胡中和、何胜必与刘厚基等部在横江打了胜仗，斩杀一万多名石达开的部属。刘岳昭部攻击双龙桥，约好投降的起义军做内应，攻克二十多座壁垒，石达开的部队逃往宁远。
在四川东北部，周达武的部队于1月2日在仪陇遭遇起义军，将他们打败。
1月22日，周达武部抓获云南起义军元帅郭刀刀。
纵观四川省内，各路起义军都遭到重创，首脑已被湘军处死，无法形成气候了。曾传理等湘军将领认为在四川已无用武之地，请求率部返回湖南。刘德谦等部先后起程。骆秉章只留下胡中和、刘岳昭与周达武的部队，在四川堵防石达开的太平军。
石达开本人已率部离开四川，进入云南东北部的东川。陈玉成的部将陈得才率部从湖北进入陕西南部，袭击陕西的汉中和兴安。陕西布政使毛震寿的部队与陈得才部作战，久无战功，清廷命令骆秉章推举大将，分兵前往陕南作战。
骆秉章向清廷推荐了李云麟和严澍森。李云麟隶属于汉军旗，以诸生的身份转战湖北与安徽，因功被提拔为郎中，当时领兵驻扎在湖北西北角上的郧阳，于是清廷命令他率部西进陕西。清廷还派江西布政使严澍森负责陕南军事。
四川的战事平息之后，南边的邻省贵州仍未安定。2月下旬，思南和石阡的苗民起义军和教民起义军联合占据荆竹园，攻占思南东北面的印江，联合铜仁的起义军，分兵南下，攻击玉屏和青溪。清廷令江苏人张亮基代理贵州巡抚，令长沙人劳崇光代理云贵总督。
清廷又任命湘军将领沈宏富为贵州提督。
骆秉章于3月下旬派张由庚率领五千人增援汉中。这时石达开又率部从云南进入四川，先令中旗大将赖裕新率部进入宁远，又派李复猷率部东进贵州。
李复猷的一部从镇雄袭击毕节，得到猪拱箐苗民起义军的响应，攻占林口民团的兵营；另一部从云南的昭通向东南方挺进，进入贵州威宁，影响到贵州西部的水城、郎岱和平远一线。石达开自己率领主力三四万人，从米粮坝渡过金沙江。
不幸的是，石达开的中旗部队进入四川后，赖裕新被湘军所杀，残部奔向四川西部腹地荣经和天全，然后北上平武，进入甘肃的文县。
李复猷的两支部队，从镇雄进入贵州的一支奔向大定，从昭通进入贵州的一支奔向遵义。
贵州东南部清江的苗民起义军攻占古州，向黎平进攻，影响到湖南的芷江和黔阳。湖南边界的许多民众受到起义军的潜移默化，响应起义。
4月下旬，石达开打算进军宁远，却误入了四川西南部大渡河以南、金沙江以北的邛部土司领地，与他分出的两支部队隔绝了音信。
石达开侦察到越西大道上有汉族和少数民族的部队，打算避开，便走小道迂回，于5月29日抵达紫打地，也就是现在所说的安顺场，准备渡到大渡河以东。前锋结扎木筏，已经渡到对岸。
大渡河畔已是暮色苍茫，石达开担心清军前来袭击，命令已渡河的部队返回西岸，打算第二天全部渡河。
1863年，同治二年（3）
石达开没有料到，当晚会有一场暴雨，使大渡河水涨高几丈，而唐友耕的驻防军已经赶到，在对岸列队防守。
石达开部粮食已经吃完，前面无路可走。石达开下令用弓箭射书，给千户王应元，许以重利，约他让路。又派人向土司岭承恩说情，请求缓兵。王应元和岭承恩都拒绝了他的要求。
石达开非常愤怒，杀死两百名向导，下令渡河，部队乘筏冲向湍急的乱流之中。但是转眼之间，激流就吞噬了筏上的生命。石达开不得不下令停止强渡。
石达开部久处绝境，更加疲惫困乏，部队被困在山谷里，得不到食物，每天杀马煮桑叶果腹。
6月上旬，王应元和岭承恩侦察到石达开的部队已经衰弱不堪，便率领汉族和少数民族的部队压缩包围圈。石达开的部队解散，奔向老鸦漩，余部仍有七八千人。土司兵在前面拦截，石达开部丢失了全部辎重。石达开的五名妻妾，抱着幼子沉入河水，他手下的官员多数自溺身亡。
石达开知道大势已去，竖旗请降。6月12日，岭承恩将他捆绑起来，送交湘军。刘蓉亲自赶来接收俘虏，将石达开和太平军的其他五名首领一起用囚车送往成都枭首处死，解散石达开部众四千多人。
骆秉章出任四川总督，历时三年，主要依靠湘军，肃清了各路起义军，抓获了太平军的大首领，于是以擅长军事而闻名于天下。
清廷锐意谋求天下大治，清廷的咨询公文，有时一天发来三四封，向骆秉章和曾国藩这些封疆大吏问计。手握兵权并且掌握着地方武装的汉人大臣，已经成为清廷唯一的依靠。
石达开在太平天国的诸位王爷之中，以富有爱心而著称。所到之处，都以仁义之心，结交各方人士，因此有许多人愿意追随于他左右。自从韦昌辉和杨秀清互相仇杀以后，石达开离开天京，从安徽奔走江西，自成一部，力图割据一方，却找不到容身之处，八年间转战于广西、福建、湖南、贵州和四川，直至走上英雄末路。
石达开死后，太平军还有四位王爷的部队集结在陕西西南部的兴安和汉中，拥有十多万兵力。陕西布政使毛震寿不是他们的敌手。李桓率部到达湖北，因病而免职。清廷催促骆秉章推荐的李云麟率部奔赴陕西，并责成湖广总督官文和湖北巡抚严澍森不要把邻省当作沟壑。于是官文等人派李云麟率领三千多名鄂军，从郧阳渡过汉水，派道员梁作楫领兵驻扎郧竹，防御湖北的西北门户。
6月下旬，清廷下诏，任命李云麟为四品京堂，陕南一带四川和陕西的各路部队�