接着，桂锡桢率马队冲入阵内，往来劈砍。马文禄哪里见过这种阵式，连忙下令收兵回城。
从此，徐占彪所部围住肃州城，天天进攻。马文禄哀辞请求安抚，徐占彪认为他诡计多端，不予答应。
徐占彪所部于7月22日攻克姑树的三座堡垒和六道墩卡。又于7月26日攻克四坝的十一座堡垒，都派兵勇驻扎。再于7月30日攻克朱家堡，追杀大批回民军。到此为止，肃州城东西南三面的壁垒，都被清军控制。
刘锦棠所部已经开到碾伯，西宁本地回民和外来回民仍然持观望态度。刘锦棠张榜告示，要求甘肃回民放心，说他的部队只打陕西的回民军。然后，他率领董福祥、李双梁和黄万鹏等部奔向峡口，与禹得彦和崔三的部队大战一场，将他们击败，接着在高家堡进击白彦虎所部，烧毁壁垒，然后回师。
左宗棠于8月8日进驻省城兰州。不久，他就在这里开设了兰州制造局，也叫甘肃制造局。这个机构开始制造先进的枪炮子弹。
徐占彪所部仍在肃州周边作战，攻克朱家堡北面的三座墩卡，然后进攻刘家堡。王万有的陕西回民军见甘肃回民军粮食短缺，率领二百多名骑兵投降，徐占彪受降。
徐占彪认为，肃州是座大城，他的兵力太少，无法合围，于9月份将手下的每营兵力分为两营，环绕肃州城三面修筑壁垒驻扎。每天动用开花炮对城内轰击，城墙垛口大部分都被炸塌，但是仍然未能攻克。
左宗棠上奏，请调宋庆所部从陕西北部的神木赶赴甘肃协助作战，让张曜所部驻扎金积堡，移调谭拔萃所部开赴西宁，令陶生林、金庆元和戴宏胜的五营骑兵及步兵开赴肃州。
自封的代理西宁知府马桂源出城与陕西回民军共谋起事，两天没有返回西宁。西宁府城内的汉民素来知道他的智巧，趁机关闭城门，将他拒于城外，请清廷任命的西宁道郭襄之主持防守。
马桂源果然联络了禹得彦、崔三和白彦虎等人，带领他们的部队包围西宁，扑向李双梁的军营。刘锦棠率领董福祥等部接连击败马桂源请来的部队。刘锦棠命令各部靠山设下埋伏，修筑炮台，装置开花车轮大炮等待。禹得彦等部隐伏不出。
龙锡庆所部于10月份追赶回民军，抵达沙沟，被回民军包围。刘锦棠派兵前往救援，攻破回民军的七座壁垒，全部焚烧。
刘锦棠见回民军势力强盛，抽出兵力开赴西宁以东的平戎驿，也就是现在所说的平安县，造桥北渡湟水，打通北达威远堡的粮路，每天与回民军鏖战湟水南北，战果累累。
11月上旬，郭襄之从西宁府城内派出使者，缘绳攀下城墙，向刘锦棠告急，说城内粮食已尽。马桂源也请湘军退兵，愿意接受安抚。
刘锦棠更加着力催促部队猛攻，把大炮抬到北山之巅，令邓增测准回民军的壁垒，发射六十多枚炮弹，把墙垒全部炸垮。回民军不得不逃到濠沟内躲避。刘锦棠挥军追击搜捕，将北山的卡垒全部扫平。
马本源和马桂源与11月18日趁夜奔向东川，纵火焚烧庄寨，从撒拉逃向东南方的巴燕。西宁解除战时状态。郭襄之率领城内的三万多名男女居民，对着向西宁开来的湘军队伍望尘迎拜。欢声如雷。
这一仗，刘锦棠以十八个营的骑兵和步兵，分别驻扎在八十多里的地段，经历大小五十多次战斗，在冰雪中站稳了脚跟，立下了很大的战功。
到了12月份，西宁大通的所有回民堡垒都请求安抚，交出二千几百匹战马和六千多枝枪矛。陕西回民军首领崔三和甘肃回民军首领冶兴福、马福寿等人，到湘军军营中献出良马。刘锦棠派马永福去召回随马本源出城的西宁回民，有三千多人逃回复业。随后回归的人在道路上络绎不绝。
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1873年，同治十二年（1）
373
在西宁以北的大通，回民首领马寿在马桂源的劝诱下，于1月份杀死几十个难民，率部抵抗湘军，刘锦棠将马寿的部队彻底击溃。
刘锦棠所部在2月份攻克了大通，俘虏马寿。黄万鹏所部俘虏了马长忠等人。湘军在大庭广众将马寿处以磔刑，并将他的部属马长忠等一百八十多人处死。
在大通对岸，北川河以东西庄堡的回民到刘锦棠营中谈判，愿意交出所有马匹和武器，并交出起义者。刘锦棠将大通城内的回民迁移到北川河东西，将汉民村堡的难民迁徙到城内。城外的回民村堡，也适量迁入汉民，两相更易。
崔伟、禹得彦和毕大才见风声很紧，也向湘军投降。刘锦棠从回民军中挑选精壮的战士建立旌善五旗。黄万鹏统领其中的骑兵。
只有白彦虎率领余部从永安关西奔肃州。
马桂源仍在西宁东南方的巴燕，听说湘军攻克了大通，便向西北方推进到扎巴城。陈湜、沈玉遂、张仲春和马占鳌等率部夤夜火速行军，赶到扎巴，马永福率领部众迎接，向湘军投降。
2月23日，清廷为同治皇帝举办亲政大典。清廷的朝政一如既往，对甘肃前线的战事并无影响。
2月26日，湘军攻克巴燕。
2月27日，刘明灯和敖天印率部从来拉赶来会师，陈湜将马本源的眷属关在监狱里。当时大雪不止，音信隔绝，马本源还不知道。刘明灯和沈玉遂便派投降的回民军到扎巴城送信给马本源，使马本源大为惶恐，于是通过马占鳌请降。
3月2日，沈玉遂在东山设伏，抓捕了马本源和马桂源，将他们捆绑下狱。陈湜提出他们的部属马主麻和海乙什等三十多人，一并处死。
到此为止，西宁战役结束。
陶生林等部已经抵达肃州，金顺的骑兵也已开到。徐占彪所部屡次与回民军在北稍门、南稍门和东稍门交战，连获大捷，占领了礼拜寺。但最终还是因为兵力不够，无法全部合围。
金顺上奏，请调张曜率部来甘凉助战。成禄仍然诉苦，说军粮匮乏，难以西进新疆哈密。清廷下诏，将金顺褫职逮问，由金顺接管他的部队。
白彦虎在3月8日奔到了甘州，杨占鳌率部将他的部队击退。杨世俊的部队则追踪白彦虎部西至抚彝，即现在所说的临泽。
3月13日，白彦虎部西进到高台，大肆焚烧抢掠。马文禄的肃州回民军派部队东来迎接，两部会师，占据镇夷的西山寺。
徐占彪接到军报，担心后路粮运被白彦虎所部阻塞，便派老湘营将领陶生林等部迎击。白彦虎率部掉头西奔。
肃州的回民军听说清军分兵出战，围城的兵力减少了，便乘虚扑向徐占彪的营垒，被徐占彪安排的伏兵击败。
3月17日，白彦虎率部北进，攻打金塔县东北方一百二十四里处的毛目城，也就是现在所说的鼎新镇。金顺和陶生林率部前往救援。白彦虎下令撤围，南攻金塔，被杨世俊所部拦截击败。
白彦虎部于4月2日奔向嘉峪关附近明长城沿线的塔儿湾堡，距肃州城三十里。肃州回民军出城接应。徐占彪部与金顺和杨世俊所部联合攻击，将城内的回民军堵了回去。
4月5日夜里，白彦虎率部扑向清军防守的长濠。徐占彪则率部直袭塔儿湾，攻破村堡。
白彦虎正率部与清军在肃州城外作战，突然得知堡垒丢失，急忙返回，与清军交战，斩杀肃州镇王子龙。徐占彪部与金顺的骑兵联合拦截，才将白彦虎部击败。
张曜已率部抵达镇番。宋庆也派蒋东才赶赴东山，以期迅速地结束甘肃境内的战争。徐占彪所部则天天围攻肃州，没有间断。
374
云南巡抚岑毓英于1月2日到达大理，部署安抚事宜。
但是，蔡廷栋虽然向杨玉科献出了奄奄一息的杜文秀，却只是假意投降。他跟杨荣一起，暗中在自己的行馆埋下地雷，约杨玉科率领二百人前往。
杨玉科答应了蔡廷栋和杨荣的要求，带人进入禁城。但他已经看穿蔡廷栋的心机，没有进入行馆，而是潜入杜文秀的元帅府，占据了炮楼。然后，他大喊一声，兵勇听到号令，便发起攻击。蔡廷栋所部惊惶失措，出动四五千人，将杨玉科所在的炮楼团团包围。
岑毓英已在城外埋伏了部队，计算时辰，估计杨玉科已经到达。他一声令下，伏兵在夜色掩护下架梯登城，与杨玉科会合。清军与白旗军巷战一整天，伤亡数以千计，斩杀白旗军上万人。
1873年，同治十二年（2）
1月9日，蔡廷栋下令烧毁元帅府，夺得城门出走。于是，大理三城全部落入清军手中。清军俘获杜文秀的三个幼子和一个女儿，以及杨荣、蔡廷栋等一百三十人。
1月15日，清廷下令释放前贵州提督田兴恕，让他返回湖南凤凰原籍。
刘岳昭和岑毓英上奏说，杜文秀领头造反已有十八年，攻占五十三座城池，北达四川会理，东及贵州兴义。修造禁城，建立王制，一心要效仿洪秀全，并驾齐驱。清军四次西征，都无战功。
咸丰六年，提督文祥调川军助战，攻克红崖，包围宾居，而东西各路造反军包围昆明，文祥不得不撤兵回援省城，又丢失了弥渡与云县。
咸丰九年，提督褚克昌攻克鹦鹉关和云南驿，而馆驿和澄江的造反军攻占广通、楚雄和镇南，袭击清军后方，褚克昌全军覆没。
同治二年，岑毓英在代理藩司任内，接连攻克景东、镇元、永北、楚雄、广通和定远，进攻镇南，而马连升和马荣率领沾益与寻甸的部众，占据曲靖、马龙和平彝，岑毓英撤兵回顾，无法继续进行大理战役。
同治六年，提督马如龙刚刚率部到达定远，前锋失利，而合国安和杨振鹏等人内外配合，清军连失定远和楚雄以下的二十座城池，省城之围几乎无法解除。
推究其中的原由，都是因为东南部造反军的支援没能禁除，迤西造反军的势力就更加强盛。所以这次先从各路攻击。攻克曲靖，就巩固了东部。解除对省城的包围，就清除了内患。攻克澄江，就安定了内地。平定临安，就稳�