1921年12月10日在王城大礼堂里，上千名北伐军的团长、旅长、师长和更高级的官佐们，全神贯注地听孙大总统的演讲。题目是《军人精神教育》，已经连续讲了三堂课。叶剑英每次必到，像个虔诚的教徒，毕恭毕敬，认真仔细地听课，记了一大摞笔记。他白天听讲，晚上整理笔记，写出心得。27年之后他在《忆孙先生在桂林》一文中写道：
“受过孙先生亲口教诲的人们，在当时也许有些人不十分了解孙先生精神训话的全部真义，在今天看来，特别是十多年来，不断的在革命斗争中工作的同志，自然会深深地知道孙先生的大仁、大智、大勇，已成为努力于民族解放、民主自由、民生幸福，创造新中国的人民所朝夕奉行不倦的真理了。”
在王城附近的一所学校里，大本营举办的军官教导团开课了。叶剑英分工担任精神教育的讲授。他根据孙中山给团长以上官佐的演说，针对初级军官的水平和特点，编写了一本教材，深入浅出地进行讲解。
首先，讲到革命军人须有革命主义（即三民主义）、革命精神。军人革命精神三要素为智、仁、勇。军人之“智”：一要能别是非，二要能明利害，三要能识时势，四要能知彼己。他引用孙中山的话说，智何自生？由于天生者，由于力学者，由于经验者。谚云：“不经一事，不长事智。”讲到“仁”时，叶剑英说，仁有“救世”、“救人”、“救国”三者，其性质皆为博爱。军人以救国救民为目的，有救国救民之责任。“勇”者，一往无前、临事不避之谓也。叶剑英阐发孙中山先生关于“勇”的定义，概括为“不怕”二字。有发狂之勇，有血气之勇，有无知之勇。这是小勇，而非大勇，而军人之勇，是在夫成仁取义、为世界上之大勇。此即为有主义、有目的、有知识之大勇，所以异乎游勇之勇，而为真正军人之勇。最后讲到，讲军人责任、军人之决心。叶剑英鼓动大家说，诸君此次随孙大总统出发，从事革命事业，就要有改造国家的责任感和为国捐躯的誓死决心。
在中国连年战乱的年代（6）
叶剑英在讲授这些课程时，善于用典，联系现实，举例生动，通俗明白，深受学员欢迎。
在军官教导团，叶剑英放开施展才干，大有用武之地。他把自己对孙文学说的领会，和在云南讲武堂学得的军事知识，全部用来浇灌在这块整军练武的园地上，使其开出灿烂的北伐之花。
护送大总统返粤，在陈炯明发动兵变、
加害孙中山的关键时刻，迎接大总统登舰避难
军官教导团还未结束，新的使命又来到叶剑英面前。
当时筹备北伐兵运紧张。抚河上航行的船舶，来往频繁。孙中山以陆海空大元帅名义，下令陈策任抚河航务管理局局长。任命叶剑英为护航第二营长。
1922年春节刚过，桂林王城中敲响了北伐的战鼓。2月3日，孙中山以大元帅名义发布动员令，命令各军分两路出师北伐。先锋部队很快进入了湖南境内。但是，早已从广西返回广东的陈炯明，阳奉阴违，千方百计破坏北伐，迟迟不接济军饷，使北伐失去后方支援。他还秘密联络一些军阀头子，给北伐设置种种障碍。
4月中旬，孙中山在江防舰队护卫下，由桂林沿西江顺流直下梧州。
叶剑英率部担任护航，保卫大总统乘舰从梧州经肇庆、三水到达广州。随后驻扎在天字码头附近，继续整训。孙中山返回广州后，即派温树德、陈策接管驻黄埔北洋舰队，并扩充海军陆战队。任命陈策为海军陆战队司令、海防司令，叶剑英受命为海军陆战队营长。
5月4日，孙中山以中华民国政府大总统名义下令###北京政府首脑徐世昌，以除民贼。6日，孙中山离开广州，亲赴韶关督师。北伐军兵分三路，向江西进击，连战皆捷，迅速攻克赣州，威逼南昌。但就在这时，大本营得到陈炯明有意叛变的情报，6月1日，孙中山从韶关乘火车紧急返回广州总统府。
陈炯明听说孙中山从韶关回来坐镇广州，便策划加害孙中山的阴谋。
孙中山回到广州后还是一心想争取陈炯明，让廖仲恺筹款补交陈军欠饷，派夫人宋庆龄前往白云山郑仙祠，到陈炯明部将叶举住处劳军，并设宴召请陈军将领晓以大义，但叶举等托词不来，竟要求孙中山辞职，并秘密召开军事会议，部署叛乱。陈炯明还扣留了前去惠州进行谈判的廖仲恺，决意叛变。
一场蓄谋已久的反革命军事政变终于爆发了！
6月16日清晨二时，叶举先在全城密布岗哨，断绝交通，占领各要害机关，同时以4000人围攻观音山前的总统府和孙中山住所越秀楼。越秀楼通街道的架空栈桥已被叛军控制，越秀楼的左右的文澜阁、振武楼也为叛军占领。枪声四起，火光冲天。当时总统的卫队只有50人，死命抵抗。情况相当危急，孙中山命令副官马湘和黄惠龙迅速送宋庆龄从后门出走，到天字码头海防司令部去找陈策，让他安排到舰上暂时避难。宋庆龄执意不肯，劝孙中山先走。孙中山决意坚持职守。二人争执不下。这时炮弹接连在院内爆炸，掀起了巨大的气浪，震耳欲聋。秘书林植勉和参军林树巍不顾一切，强架着孙中山，走出越秀楼，冲出叛军的包围，向长堤天字码头奔去。
枪声四起，陈炯明叛军到处烧杀抢掠，五羊城一片混乱。
当时，驻守在天字码头附近的海军陆战队打退了几股叛军的袭扰，还弄不清叛军作乱攻击的目标。叶剑英凭着自己学过炮兵的经验，判断出炮弹的落点在总统府方向，十分焦虑。他到海防司令部去见陈策司令，得知通往总统府的电话早就断了，情况不明。陈策急得团团转。于是他和陈策商量决定派人去接应孙大总统。陈策下令派出几个小分队，从几个方向向总统府搜索前进，寻找孙中山下落，同时命叶剑英亲自带一个连守在码头岸边，随时接应孙中山和夫人登上宝璧舰。
市区内枪炮声越来越紧，浓烟滚滚。叶剑英眼望着总统府的方向，时刻挂记着孙中山先生的安危。过了一会儿，只见几个人护卫着乔装打扮的孙中山走了过来。他迎上前去，护送孙中山一行数人，乘小艇登上停泊江中的宝璧舰。陈策和全体水兵远远望见孙中山先生脱险出来，又惊又喜。待他踏上舰来，列队向大总统致敬，热烈欢迎，亲切问候。孙中山十分感激众官兵，一一握手寒暄，然后要来纸笔以大总统孙文名义草拟第一号公告：
在中国连年战乱的年代（7）
“陈炯明公开叛乱，炮轰总统府，罪大恶极。北伐军及驻穗各军火速奋起平叛戡乱！”
宝璧舰是广东舰队较早较老的一艘内河浅水军舰。比起北洋海军舰队其他的大舰，则不够雄厚，不宜于防守。因此，在海军司令温树德等建议下，孙中山决定移驻更大更安全的军舰。16日下午，陈策和叶剑英等护送孙中山转登永翔舰。第二天，又改乘永丰舰。
永丰舰即是中国近代海军史上一艘赫赫有名的炮舰。此舰吨位大，钢板厚，火力强，速度快，既便于指挥进攻，又利于安全退守。后改为中山舰（抗战时期沉没，1997年被打捞出水）。除此之外，当时江防舰队还有其他军舰和鱼雷艇等十余艘舰只。
叶剑英率海军陆战队官兵驻守珠江岸边，巡逻放哨，监视敌人。
叛军获悉孙中山转移到永丰舰上避难，便向珠江口岸大举进攻，包抄叶剑英营，展开激烈战斗。孙中山命海防司令陈策派五艘军舰前去接应他们到黄埔。叶剑英带部分官兵登上宝璧舰，不久因保卫大总统有功，升任大本营中校参谋。
指挥宝璧舰，首战珠江白鹅潭
孙中山在永丰舰上，召集海军司令温树备、海防司令陈策以及各舰队长官到舰上来开会，决定亲率海军各舰讨逆炮击省城叛军，“以保正义之不屈，政府威信之犹在”。他以大总统名义，召来广州卫戍司令魏邦平，严令他迅速收复广州防地，并集中全部兵力到大沙头一带，策应海军，夹击叛军。但魏邦平早怀二心，回去后即向叛军告密。叛将叶举随后迅速调集多门大炮，部署在珠江西岸，准备还击。孙中山闻讯后，决定先发制人，立即下令各舰做好准备，向白鹅潭进发。
珠江在白鹅潭分流，形成辽阔的深潭。这里烟波浩淼，是珠江流经广州最宽和水位最深的江面，可停泊三千多吨的舰船。自从鸦片战争以后，一直被帝国主义控制着，成为外国舰只横冲直撞的港湾。
17日下午1时，永丰舰的舰桅上徐徐升起司令旗号，向各舰打出起航讯号，孙中山大元帅率领永丰、永翔、楚豫、豫章、同安、宝璧、广玉等七舰，摆开一字鱼贯阵，浩浩荡荡，乘风破浪，从黄埔出发，挺进白鹅潭。
叶剑英在宝璧舰上，同舰长李芳及全体官兵向永丰旗舰发出致敬的讯号。他和炮手们一起操炮、瞄准，做好一切炮击的准备。
舰队接近白鹅潭，孙中山当即下令各舰对准大沙头、白云山、沙河、观音山、五层楼等叛军驻地，开炮轰击。一时炮声隆隆，火光四射。叶剑英指挥宝璧舰炮手对准观音山据点，猛烈开炮。观音山头烈焰四起，叛军纷纷弃枪潜逃。但占据瘦狗岭一带的敌军利用有利地形，向舰队连连发炮还击。几发炮弹，飞入各舰。永丰舰目标大，距离又近，首先被击中一炮。宝璧舰跟在后面，两舷也挨了2发炮弹，甲板顿时起火。叶剑英和舰长李芳坚定立在甲板上，从容指挥，向叛军继续还击，舰艇冒着炮火前进。
两军激战一个多小时，在陆地上的魏邦平部队却违抗大元帅的命令，迟迟不动，不予配合，以至叛军遭到海军炮击后仍能集中炮火猛攻军舰。在炮弹轰鸣、军舰颠簸的危境中，孙中山坚毅镇定，下令各舰继续炮击沿岸叛军。
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