嘉庆帝越想越气，决意立即逮捕勒保、宜绵。于是立即起草谕诏。可是刚刚写了一半，又犹豫起来。军队中的将官几乎全是和惩剑蛱旄战噬绷撕瞳｜，若今天发旨逮捕两将，军中人人自危，会不会引起祸乱？况且，逮了勒保，又用何人为帅？
思考了一天多的时间，嘉庆帝觉得，每事都要稳妥——“稳”是第一位的。嘉庆帝决定，对勒保谎报在阵前擒获王三槐的事不予揭穿，佯装不知，而以别的事敲打勒保。同时，提高勒保在军中的威望，增加他的权力使他能做到令行禁止，当然，这也是给勒保一个立功赎罪的机会。这样，嘉庆帝便以诏令的形式发出圣谕：
“改总统军务为经略大臣，赐勒保以印信，各路带兵大臣及总督宜绵、景安，巡抚倭什布、秦承恩、高杞等悉受勒保节制，明亮、额勒登保为副都统、参赞大臣。勒保接旨后，应带领重兵，或于川省、或于陕省，成中调度，统摄各路，若有不遵军令、贻误军情者，准勒保一面拿究，一面奏闻。”
写好诏令，恰好案头摆放着勒保慰问皇上的奏折，嘉庆帝又通过书信的形式向勒保训谕道：“太上皇武功十全，开疆拓土，从没有似此次用兵迟延三年仍没蒇功者。太上皇弥留之际执朕之手，频望西南，满腔遗憾。你等满州世家，上志父祖旧勋，不思尽忠报国，只知迁延岁月。更有甚者，终日于军中宴乐，对剿匪却总不尽心。朕若不继承先志，则大不孝矣，使朕有不孝之名，尔等当罪乎？”
嘉庆帝觉得将帅的问题已处理完毕，于是决定逮捕常丹葵和戴如煌以遂民愿。贼遇刘清而不击，被刘清杀而不加仇视怨恨，被招抚失信而不怪罪，此等百姓，皆性情中人，渴望清官，呼唤清官，敬畏清官，把清官奉作神灵，可见清官是少之又少。这样看来，王三槐所说的官逼民反是有道理的，对教匪，应剿抚并用，对投降者，应妥善安置处理。嘉庆帝谕曰：
……
04
“教匪滋事，以官逼民反为词。昨冬贼首王三槐解京，讯供京屡此语，闻之恻然。是以暂停正法。我国家百数十年厚泽深仁，皇考临六十年ОH在抱，普免钱粮漕粮，以及蠲缓赈贷，不啻亿万万，百姓安土乐业，焉肯挺而走险？缘亲民之吏，不能奉宣朝廷德意，激变至此。然州县剥削小民，不尽自肥己橐，半奉上司；而督抚之勒索属员，不尽安心贪默，无非交结和Ｊ遣悴銝K削，皆为和蝗耍耷钪嗬郏傩盏敝＜诖箜讶ィ魇」倮簦缘贝蠓ㄐ×蒌粘埃裎奕爬郏伤炱渖！薄�
嘉庆一连作出许多重大的举措后，不久，朱珪抵达北京，直奔永忠殿哭临。皇上拉着朱珪的手痛哭失声，几年来，他如履薄冰，受了多少委屈，如今，终于有了倾诉心声的人；虽然亲政，他仍战战兢兢，百废待兴，如何做起，他焦虑不安。如今老师来了，他最可信任的人来了，他能不痛哭失声吗？
嘉庆帝命朱珪值南书房，任户部尚书。朱珪走马上任，奏曰：“数年来百姓苦甚，当减免赋税，平抑物价。至于军队粮响，臣以为军在精而不在多，故军中不可再加军饷；而且，军中将官克扣挪用者甚多，当下旨严词制止。”
嘉庆曰：“所言甚是。朕想，若百姓安居乐业，赋人也就无藏身之地与衣食供给。”
“是啊，若轻摇薄赋，百姓就可安居乐业。”
嘉庆帝对朱珪言听计从，每每谈到深夜。一天，在上书房中，皇上道：“朕甚爱这味余书室，故现在并没让于皇子等作书房，仍为朕用。朕不忍离去此室，实在怀念与师傅相处的那段岁月。”
朱珪道：“臣见皇上如今圣明灵聪，甚感欣慰，大清必又蒸蒸日上，繁荣昌盛。有一事，臣须奏皇上罢之。先朝于文章诗词一脉，搜索太苛，不惟遏止文治兴隆，而且使文人学子人人自危。写诗作文低毁本朝，就如桀犬吠尧。圣人大公无私，如日在中天，什么不能容纳得下？如果把那些诗文毁弃或借此造成大狱，那么私自藏匿者更多，这是堵塞治水的办法。何况更多的诗文并不是低毁本朝，只不过是捕风捉影，穿凿附会而已。”
于是清朝文字狱至嘉庆亲政时结束。
朝野上下见嘉庆帝亲近贤臣，崇尚节俭，勤政爱民，于是社会风气在渐渐地好转。
一天，朱珪又向嘉庆帝奏道：“皇上，尹壮图以鲠直受到朝野的称赞，先皇也喜欢他的憨直，何不召他来京。”
内阁学士尹壮图被召还京师，他本是在多年前奏劾和朗闭黄然丶已傅摹Ｒ惩几盏奖本思吻斓郏砩暇拖蚧噬献嗟溃骸�
“现在的当务之急，是荡清白莲教匪。但是，这还不是最根本的最急迫的，最急迫的事情，莫过于整顿吏治。现在各种陋习相沿，督抚司道经过所属州县，随从动辄百余人，公馆五六处。他们索取供应，以致州县借口向百姓摊派。京城出差的大员，经过下面各省，督抚司道迎送，每天跟随，不离左右，途中宴请不断，吃喝不断；每到一处，地方都送上许多礼物。督抚司道衙门的铺设器用，修缮房物的费用，乃至喂养马匹、乘坐的轿子、家中的凉棚煤炭等等，皆巧立名目由公款报销，或者由所在州县承办，摊派到百姓身上。府衙整日设宴征歌，蓄养优伶，每一次宴会犒赏，竟多达百金。这些风气，如果不扫除荡涤，那么最终就会使国家衰亡。风气日趋浮华，人心习成狡诈，属员以讨好巴结为能事，上司以下官逢迎为可喜，这种种事情，须要大刀阔斧。彻底整治。吏治日见澄清，贼匪自然消灭，贼匪不过是癣芥之疾，吏治实为腹心之患，决不能讳疾忌医，以致病人膏育。”
嘉庆看罢尹壮图的奏折，虽觉是良心，但感到苦口。便对朱珪道：“尹壮图真乃骨鲠之士。”
朱珪道：“壮图所言，句句要害，当行之。”
嘉庆帝于是下诏号召朝野揭露弊政，讦劾贪污腐化之官吏。
果然，一连串的大案一个个揭发出来。
首先，罗国俊揭发出了仅次于王直望的清朝贪污大案——郑源璹贪污案。
罗国俊，湖南湘乡人，任礼部左侍郎，他虽然不是专职言官，但为人尚气节，耻奔竞，性刚烈，遇事无所依违。嘉庆帝号召揭发贪污的诏书颁发后，即上书奏劾郑源璹道：“布政史郑源璹需索属员多金，方准到任，备员借书役为之干办，纵气吓诈浮收，苦累百姓。”
嘉庆帝接奏后即革郑源璹职交姜晟审问，并谕令：“将郑源璹任所盗财，即行严密查抄，毋任隐寄。”
案件很快查清，郑源璹在湖南任布政使期间，贪污府库银八万余两，署内眷属三百人，自蓄优伶，服官奢侈，其勒索属下银两不计其数。
嘉庆帝命将郑源璹立即斩首并谕：
“诸直省大吏，宴会酒食，率以属首县，首县复敛于诸州县，率皆朘小民之脂膏，供大吏之娱乐，展转前源，受害仍在吾民。通谕诸直省，须俊改积习，绝戒移靡。”
常丹葵、郑源璹等被斩首后，天下官吏为之肃然。
随即，嘉庆帝又开始调动各省大员，重新任命地方大吏，并说：“去一贪吏，万姓蒙福；进一贤臣，一方受惠。”他首先撤去山东巡抚伊江阿的职务，调陈大文为巡抚，又调岳起做江苏巡抚。阮元做浙江巡抚。这些省都是贪污大省，也是清朝国家财政收入最多、人才最集中的地方，诸大员到任后，清廉奉公，风气大变。
陈大文刚到任，召来济南、济宁及几个县的县令到了任所，谈笑风生。县令州官们见上司如此平易近人，有时甚至低声下气，于是内心皆高兴异常，心想：我们山东初是刘国泰，后是伊江阿，知道能捞就捞，不捞反遭贫穷与滴斥的道理，甚至被人讥笑；如今这位大员到来，与我等说得如此投机，肯定与过去的几任巡抚没什么两样。于是这些为官县令也都放下了戒备，拿出谄媚伊江阿等人的本事来。当晚，陈大文道：“诸位，今晚我们就到大明湖畅饮一番吧——听说大明湖的曲子和妞儿都很可爱，怎么，不把这些东西献出来吗？”
下属们兴高采烈，马上张罗起来，当晚，陈大文等和诸人嫖妓听曲，一晚上下来，花了一万多两白银。
第二日，陈大文坐于衙门的堂上，众官来见。突然，他惊堂木一拍，道：“你等有何话说，贪挪公款，吃喝玩乐，被我亲见；且尔等事迹全已在我掌握之中，还不速速下跪交待罪行，难道让我把你们的罪行揭露出来而罪加一等吗？”
诸官员初时认为是开玩笑，你看我、我看你相视而笑。陈大文怒道：“左右衙役，把他们打倒跪下，绳之枷上！”
衙役们的棍棒打来，此时他们方知道这陈大文昨天戏弄了他们。
一时间，陈大文弹劾了山东三十多名官员，山东历来废驰的吏治得以改观。
岳起到了江苏后，时刻以“清介”二字要求自己。其夫人有一次见其饮酒致醉，即斥之日：“你平日痛恨的就是奢靡，可现在竟饮酒饮醉，饮酒事情虽小，但是奢侈却是从小事情上染成的。你若不从小事做起，从自己做起，如何能服属下而正官风？”岳起惭愧，自此，一生不再饮酒。
岳起到了江宁后，立即变卖府衙的马匹和彩舆等，官行中只有寥寥几个重仆，出门时只几匹瘦马，衣装简朴。同时，他又贴出布告，禁止开妓院，无论官民，无事不准演戏。因此，吴下奢靡之风因岳起的到来而为之一变，吴民称颂其为“岳青天”。
阮元，仪征人，乾隆时进士，选翰林院庶吉士、编修，督山东学政。一次酒宴上，嘉庆帝道：“你学问高深，朕出一联，你对下联，如何？”
阮元道：“皇上请赐联。”
嘉庆道：“上联即‘阮元’。”
阮元脱口而出道�