党军队在西北对中共地区的包围，两人产生了重大分歧。最后的冲突在1944年7月开始爆发。
这里有必要把1944年的中国战场局势略加叙述。此时，欧洲战场自苏联向纳粹德国进行大反击后，形势已越来越有利于盟军。1944年6月初诺曼底登陆战的成功，东线、西线的两面夹击，已经初现纳粹德国彻底失败的前景。据《剑桥中华民国史》称，从1939年到1944年初，在中国的战线并无重大变动。中、日双方之间的战略平衡，在将近六年中变化甚微。但是，中国却在1944年面临了自抗战爆发以来最严峻的危机，这就是日本为打通中国大陆交通线而发动的“一号作战”。《二十世纪中国全纪录》这样概述说：
去年年底以来，日军在太平洋战场频频失利，从日本本土到东南亚一带的日军海上运输线，已随时有被盟军切断的危险，中、美空军亦对日本本土及海上交通线构成巨大威胁。今年1月24日，日军大本营决定发动“一号作战”（即豫湘桂战役）以图达到以下目的：摧毁中国西南地区的空军基地，确保日南洋方面军与大陆的联系；摧毁中国军队主力。日军制定了三期作战计划，准备“先由华北，继由武汉地区及华南地区分别发动进攻”，“将黄河以南京汉铁路南部及湘桂、粤汉铁路沿线之要地，分别予以占领并确保之。”
在日本军队的强大攻势下，中国军队虽时有顽强抵抗，但几乎全线失利。郑州、洛阳、长沙、衡阳、桂林、柳州等大中城市相继失陷，到1944年11月下旬，日军攻占贵阳和南宁，最终打通了贯通中国南北的大陆交通线。随即日军又向昆明进发，坚守了七年多的重庆，因而也处在前所未有的威胁之中。
正是在这一背景下，蒋介石与史迪威的冲突进入白热化。史迪威提出撤离封锁共产党地区的中央军队，以参加对日作战，蒋介石拒绝了这一建议。蒋在6月拟调回滇西远征军增援湖南战场，但也遭到了史迪威的反对。史迪威向罗斯福建议，如蒋肯授予他全权指挥中国军队，他愿领兵（包括中共军队）自陕西进攻洛阳、开封等地，以此而改变战局。
罗斯福最初站到了史迪威这边。他一改过去尊重蒋介石的做法，改而以居高临下的命令口气，要求蒋介石将所有军队的指挥权交给史迪威。罗斯福在1944年9月18日的电文中写道：
予详细阅读关于中国局势之最近报告后，曾与各高级参谋交换意见，深恐在最近之将来，阁丫将面临一非常危急之局面……如阁下不立即补充缅北部队，或不派生力军援助怒江方面之华军，则吾人将完全消失开放接济中国陆路路线之机会，直接危害现下之空运途径，如果至此，则阁下必须准备接受必然之结果，担负全部之责任。
数月以前，予曾迭次请求阁下采取断然步骤，以消除阁下个人与对中国渐渐之危局。兹囡阁下延搁委派史迪威将军指挥中国全部军队，致中国东部之重要土地为之损失，影响之大，殊非吾人所能臆测。
……必须立即委任史迪威将军，授以全权，指挥中国全部军队。
……予与此间各高级人员，均认为阁下及吾人对于援助中国所有之计划，如再延搁或犹豫，便将完全消失，故坦率立上闻，诸希亮察。（转引自《政坛败将》，第446—447页）
在这一巨大压力下，蒋介石曾准备接受罗斯福的建议。但是，史迪威的一次非常个人化的举动激怒了蒋介石，使自己的努力前功尽弃。史迪威的老对手陈纳德将军在其回忆录中这样谈及此事：
9月19日，史迪威收到了罗斯福给蒋介石的电报。一个见到过那份电报副本的美国人告诉我，电文内容好像是阿道夫·希特勒发给一个被征服的卫星国傀儡的信件。罗斯福用强烈的措辞针对中国的局势责备蒋介石，最后通牒似地指定史迪威为中国的司令官。这种语气完全不符合罗斯福通常给蒋介石通信所采用的语气。我非常怀疑这封信是史迪威自己写好，再把它通过某种关系送达华盛顿，在那里由陆军部说服罗斯福签署后发回中国的。
罗斯福的这封信震动了重庆，当时赫尔利和纳尔逊正同宋子文一道起草史迪威指挥权的有关细节，赫尔利和纳尔逊告诫史迪威不要传出这一消息。他们认为这措辞强硬的消息会破坏目前的计划，反而达不到预期的目的，因为蒋介石已经同意将指挥权交给史迪威了。
“我们已经赢得了这场球赛。”赫尔利告诉史迪威。
史迪威同意先不发这一消息。于是赫尔利和纳尔逊返回蒋介石在篁山的乡间别墅，继续起草这一协议。
9月21日，史迪威出人意料地来到篁山，打断了起草协议的会议……
蒋介石告诉宋子文，罗斯福的信是对中国主权的挑衅。他准备接受最可怕的任何灾难，但决不能放弃中国主权。史迪威必须滚开，即使美国终止对华援助，也在所不惜。
史迪威感到他在人事方面已经大获全胜，痛报了前仇，还写了一篇抒情诗来庆祝这一时刻。在这篇古怪的诗中，史迪威宣称他呈递的这封信丢尽了“花生米”的脸。（《飞虎将军陈纳德回忆录》，第434页）
在中国现代史上的中外政治人物之间的冲突中，史迪威的这首诗无疑最为特殊，也最有趣。其中写道：
我久久地期待着复仇一
终于我得到了机会，
我盯着“花生米”的眼睛，
照他屁股上狠踹一脚。
……
为我所有令人疲倦的斗争，
为我所有苦恼的时日，
最终我得了胜，
把“花生米”打翻在地。
……
我知道我仍要受难，
进行一场烦人的激战，
但是，噢！天大的快事！
我毁了“花生米”的脸面。
（转引自《政坛败将》，第448…449页）
兰德在《走进中国》中也认为，史迪威的举动让蒋介石“大丢面子”：
当时蒋和赫尔利、宋子文和高级官员召开会议，史迪威本不该在会上通报蒋，而应该私下单独交给蒋。如果艾尔索普猜得不错的话，史迪威大声向蒋宣读这份电报的举动，无疑让蒋大丢面子，史迪威这位老中国通肯定明白这一点。任何情况下，他都会在英文原件上附上一份中文译件。现在，由史迪威亲自来宣读它，这份电报也就成了“一颗烫手的炸弹”。显然，史迪威在对蒋的态度失去了控制。后来他在工作日志中这样记录道：“好像鱼叉正好击中这个畜生的心窝，刚刚穿胸而过。这是沉重一击。他的脸发绿，气得目瞪口呆。”在劝说蒋的问题上，史迪威的电报绝对不是一步高招。它毫无必要，因为文中没有任何新的指令。它无非就是羞辱蒋。艾尔索普说，当赫尔利和其他顾问离开后，蒋起码是当着宋子文的面哭了。这不难想象：众所周知，蒋在恼羞成怒时常常发脾气，扔茶杯，甚至咬毯子。（《走进中国》，第272页）
史迪威高兴得太早了。“烦人的激战”马上就让他“受难”了。
丢尽面子的蒋介石愤怒之极。在他的强烈要求下，罗斯福不得不同意撤换史迪威。这一次，史迪威的老朋友马歇尔也爱莫能助。1944年10月19日，美国陆军部来电，命令史迪威回国。在与史迪威的个人较量中，蒋介石赢了。
可是，从未来发展角度看，蒋介石又未必是真正的赢家。曾有一种看法，认为如果蒋介石当年能够按照史迪威的方案，在太平洋战争爆发后加快对地面军队的训练，加大对军队结构的调整和指挥官的培养，同时，也相应进行政治方面的改革，这样，他在抗战胜利后与共产党的较量中，就不至于转瞬之间兵败如山倒。而且，他极力反对史迪威提出的援助共产党军队，让共产党军队也加入到盟军行列作战的建议，相反却采取包围共产党地区的做法，反倒使共产党能够实施自己的战略，在敌后建立根据地，逐步扩大自己的力量。如果从这一历史推论出发，那么或许可以说，排斥史迪威，实际上是蒋介石目光短浅的狭隘之举。历史证明，是他把自己从山顶拉下来，丢到了悬崖的边沿。
史迪威被选为《时代》封面人物，不是在他雄心勃勃走马上任时，不是在他承受缅甸战役溃败的打击但却成功撤至印度时，也不是在他卓有成效地在印度基地训练新型中国军队并艰难地指挥修建中印公路时，而是在他与蒋介石的冲突最终爆发，罗斯福不得不将之召回之时。
《时代》报道了史迪威的悲壮离去：
如情况所发生的，10月19日，史迪威接到华盛顿下达的召回命令。第二天，史迪威按惯例喝完一杯茶，然后去与委员长辞行。他谢绝了最高勋章。他出席同事的最后一次鸡尾酒会，装好哑铃、缴获的日本武士刀和旅行服。随后，他坐上漆成银色的运输机——有名的“乔大叔的战车”——飞往美国。（《时代》，1944年11月13日）
罗斯福在白宫就史迪威的召回举行记者招待会：
富兰克林·罗斯福往象牙长烟斗里装上烟。白宫记者问：“……您能告诉我为什么必须召回史迪威将军的背景吗？”总统弹弹细白条衣服上的烟灰，回答说：“事情很简单。史迪威将军干得相当出色。我非常欣赏他的个性……你们都有自己喜欢的或不喜欢的人，因为你们本身也是相当有个性。蒋介石委员长和史迪威将军的关系不再融洽，对，早就这样了，最终有一天委员长请求派别人去替代史迪威将军。我们同意了……情况就是如此。……”
总统称，解除美国驻华大使高思的职务，与史迪威将军的被召回毫无关联。（《时代》，1944年11月13日）
在重庆，替蒋介石出来应对局面的是外交部长宋子文。他发表书面声明，称史迪威被召回“完全是个人原因”。（参见《时代》，1944年11月13日）
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