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臣子们的谏言并非只是建立在防止民变这一点上。
在中国南方，有一批南宋遗民再次举起反元旗帜，确切地说，这批反元力量在五年前就已经开始活动，只不过这一年兵力大增，多达十万众，他们将这一年的年号定名为“宋祥兴五年”，连续进军崇安（今福建崇安）、浦城（今福建浦城），并围建宁府。到了公元1283年冬天，这批义军军力更是增至二十万。以至于大元朝廷惊呼：“福建归附之民户几百万……十去四五”。
与此同时，在清远（今广东清远）一带的另一批义军更是敢于称王反抗，并自设丞相、招讨等职，兵力也多达十万众。
于是，元朝开始忙于应付中国南方的人民起义。
窝阔台大汗的直系后裔海都等人更在北线发起进攻，公然挑战忽必烈的蒙古大汗权威。
公元1284年，忽必烈考虑到日本崇尚佛教，派遣王积翁与僧人如智前往日本再次出使，不料同行的人中有不愿前往者，他们共同谋杀了王积翁，这批使团根本没有到达日本。
两年之后，面对棘手的南亚事务，忽必烈的征日欲望再次被搁置，他自己说：“今交趾犯边，宜置日本，专事交趾。”
日本再次免于忽必烈东征蹂躏——大陆各地对这个超级帝国的抵抗分散了忽必烈的注意力，这一点不得不说是一个极其重要的因素。
忽必烈并没有最终放弃征服日本。
在第二次东征战争结束十一年之后的公元1292年，元又向日本发出了牒状，并付上了高丽国的国书。同年3月，忽必烈甚至向琉球派遣出一支船队，他似乎打算对前两次的作战计划和登陆地点进行调整。
第二年2月，元朝又在鸭绿江至耽罗岛的海路上设置驿站，并直接从元朝派专人负责，忽必烈甚至从中国南方运粮十万石至江华岛。
但是在公元1294年，忽必烈死了。
元成宗大德二年，即1298年，江浙省平章政事也速答儿上书请求用兵日本。元成宗答道：“今非其时，朕徐思之。”
这位新的皇帝与其前代有所区别，在位之时，他试图改变整个国家战略，停止对外战争，专力整顿国内军政。他在汉族顾问的建议下，限制诸蒙古王势力、减免赋税、新编律令，使社会矛盾有所缓和。同时，他还发兵平叛西北，与笃哇、察八儿等西北诸王达成和解，持续数十年的西北战乱得以平息。
公元1299年，元成宗派遣中国高僧一山一宁赴日宣谕，但日本却将这位高僧扣留下来大加崇信并封其为国师，对元朝的和解意愿不作答复。结果元成宗这种颇费心机的行为，只是在中日文化交流上留下了积极的一笔。
在元朝的整个“后东征”时代，元日关系有着鲜明的“政冷经热”特点。
在商业方面，作为中国正统王朝的元朝，其对外政策与前朝南宋是有相似之处的，即都实施开放型的贸易政策，这一点为中日贸易得以开展创造了有利的条件。
尽管元朝两次东征日本都没有达到既定目的，但元朝皇帝为了表明自己与几个世纪以来的中国帝王们一样，对周围各国有着有形或无形的支配权力，还是积极地吸引日本来华贸易，甚至为了劝诱日本来朝，对待日商甚为宽大。
公元1292年，日本商船来到中国要求贸易，地方官得知日本船上配有武器，恐有不测，但慎重起见还是上报大都，元世祖忽必烈一方面命令元将防卫，一面仍准许日船正常贸易。
后来，由于日商中确实存在挑衅生事者，因此元朝要求日商随船携带武器必须上缴市舶司，待返程时再归还。由于获利甚丰，日本的商船依然非常积极入元。
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七 战争给幕府埋下危机种子（1）
忽必烈东征，除了给日本带来一股让其沉醉六七百年的“神风”，对当时的日本政局影响还远远没有结束。
虽然镰仓幕府主导下的日本武士取得了所谓的抗战胜利，但镰仓幕府本身却从此背上了沉重的包袱。
一方面，幕府无法按照传统“恩赏”有功武士。按照武家传统，御家人的“本分”在于一心“奉公”，而幕府则要公平“恩赏”，恩赏物资不外乎土地和人口。哪怕是国内战争，由于政敌被打倒，其庄园也会被胜利者没收，比如“承久之乱”之后，北条泰时通过流放公卿，将他们手中的土地赏赐给作战有功的御家人。
“文永”、“弘安”两场战争，确是在本国领土上进行的防御战，没有土地来源。由于御家人与幕府的紧密关系，暂时可以通过政治荣誉等方式予以表彰，但是被动员起来的诸多地方势力却不可能满足于这种虚文。再者，御家人之下还有他的利益圈子和仆从，御家人就只好侵占大量公地来“恩赏”自己的部下，而那些被侵占的公地不可能得到幕府的承认，被称为独立于幕府体系之外的新型利益体，这导致幕府对全国大小土地的控制力逐渐下降。在政治上则表现为统驭力的被削弱。
北条氏加强控制的措施，又加剧了各级武士的不满。对幕府不满的下层武士和庄民联合起来组成“恶党”，反抗幕府统治。有些御家人甚至还会与非御家人联合，表现出地方势力坐大的倾向。
“恶党”的存在，给幕府以极大威胁。从文永、弘安时期开始，镰仓幕府就曾多次发出过“恶党*令”。
另一方面，对抗元军来袭的两场战争耗尽了幕府的财物储备，幕府不但无力奖赏有功御家人，甚至连御家人所耗费的巨额粮饷都无法提供，因而御家人只能层层爽约，大批中下级武士因此破产。但与此同时，又有一大批商业百姓、实力派庄园主在战争中膨胀、获益，他们大量借债给御家人以及各级贫困武士，从而成为独立于幕府经济系统之外的另一股力量。
领导日本成功抵抗元军的北条时宗于公元1284年去世，时年仅三十四岁。北条时宗戴着一顶“明主”的桂冠离去，却给后继者留下一堆难以收拾的烂摊子。
很快，日本于公元1285年11月发生了历史上著名的“霜月骚动”，名为“骚动”，实为内战。整个镰仓都被卷入战火，幕府将军的府邸也在战争中被焚为灰烬。镰仓幕府的统治岌岌可危。
为挽回御家人的颓势，改变各级武士的贫困状态，镰仓幕府不得不做出饮鸩止渴之举，于公元1297年强行颁布《德政令》，规定禁止买卖、典当御家人的领地，非御家人和商人已经取得御家人的土地必须无偿归还原主，并且此后不再受理有关向御家人贷款问题的诉讼。
《德政令》引发经济动荡，商人抬高物价，御家人从此告贷无门，陷入更深程度的困顿。御家人的贫困没落加速了御家人制度的崩溃。
忽必烈发动东征日本战争五十年后，即公元1333年，各地豪族举起反幕大旗，再次掀起一场国内混战，最后一代幕府执权北条高时自杀，镰仓幕府宣告灭亡。
把忽必烈东征日本放在元朝整个国家战略的变更轨迹上来看，其实并不具有特殊性——无论是战争结局还是战争方式。
元朝与东征日本几乎同时进行的，还有征讨安南、占城、缅甸等行动，也都没有实现既定的扩张意图，甚至在有些地区损失惨重。比如对占城国（越南南部地区）一战，由于其国王囚禁元朝使节，元兵在大将唆都率领下，从广州出发，乘战船一千艘，经海路进军。但占城国坚壁清野，退入丛林，元军虽攻陷其首都，但归路和粮道却被切断，撤退途中，元军几乎全军覆没。
七 战争给幕府埋下危机种子（2）
蒙古帝国最后一次对外扩张，是对爪哇王国（印尼爪哇岛）的远征，这个岛国对于元朝来说，比日本更小也更远。元朝派出兵团二万人、战船五百艘，最终只是促成了爪哇国的改朝换代，并没有获得更大的实质利益。远征爪哇失利之后，元朝的对外扩张基本宣告停止。
中国大陆事务的复杂性，导致历代统治者没有足够的精力再去扩张——包括忽必烈——他在表示要打造出“黄金王朝”之后，在无形中就不得不接受中国传统政治伦理的影响，“中国式”政治伦理再结合中国特有的地理、民情，对历代统治者都极富说服力和感染力。
也正因为忽必烈推崇汉文化，在事实上放弃了“草原蒙古”，致使四大汗国与元朝本身逐渐脱离宗主国关系。
若干年之后，忽必烈的后人们发现，逐步去掉扩张性格的帝国却拥有着基本稳定的国土。
《元史？地理志》这样记载元朝的疆域：“北逾阴山，西极流沙，东尽辽左，南越海表。”——它奠定了中国疆域的基本雏形。与汉、唐极盛时期的疆域相比，元朝不仅在国土面积上大大超越，而且在控制程度上也有过之而无不及。其帝国行省制度影响至今。
忽必烈以及其后代的身上无法去掉蒙古人的特性，元朝人被官方分成四类：蒙古人、色目人、汉人、南人，实行等级管理。严格来讲，这并不是“民族”分割法，在很大程度上是依据被元帝国征服时间的早晚所制定的等级。
伴随着战争杀戮和事实上的民族与地域歧视；中国南方在很长一段时间内难以对元朝的正统性表示认同。
也正是在这一时期，中国各民族的文化甚至血脉再一次相互大融合——许多汉族人来到边境地区，少数民族又有大量进行内迁。中华民族中一个新的子民族——回族也开始形成。
元朝留给中国历史的遗产远远不止这些。
最终，元朝像其他王朝一样，走进了史册。
对中国人来说，它成为一段复杂且特殊的记忆——公元1368年，元大都被徐达、常遇春两位将军攻陷；公元1388年，蓝玉将军在捕鱼儿海（今贝加尔湖）成功挫败残元势力，将“北元”朝廷成员俘至南京城。
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