尚书台是皇帝的秘书机关，其官署设在宫廷之内、禁省之外。它的主要执掌是管理章奏文书、起草诏令，但实际上政务都由上书抬代表君主执掌，权力极大。上书台设长官（令）一人、副长官（仆射）一人，下设尚书六人分十八人。沟通上书台与皇帝联系的官员有侍中、中常侍、黄门侍郎等。其中，侍中由士人充任；中常侍、黄门侍郎则由宦者承担。侍中有事才入禁省，中常侍、黄门侍郎则日常居住在省中，因此，虽然三者之中侍中的级别最高、中常侍次之，但与君主的亲密程度，则以中常侍为最。宫内省外的禁卫工作由九卿中的光碌勋与卫尉负责，光碌勋偏于内，卫尉偏于外。光碌勋下属五官、左、右、虎贲、羽林等五名郎将，中郎将以下有中郎、侍郎、郎中等官。光碌勋的禁卫力量是郎官，卫尉的禁卫力量是武装卫士，所以，卫尉在宫卫事务中的地位相当重要。
外官主要有三公九卿，他们是中央政府的主要行政官员。
三公指太尉、司徒、司空，他们的品级最高，名义上的职责是辅导皇帝主持国家政务。三公的属官有长史一名，掾属、令吏、御属各二、三十名。其中，长史是三公的主要副手，掾、属是分管具体事务的部门负责人（掾是正职，属是副职），除长史由朝廷任命外，其他属官均由三公自行聘用。
九卿各自分管的政务是：太长掌典礼，光碌勋、卫尉掌宫省禁卫，太仆掌皇帝车马，廷尉掌司法，大鸿胪掌接待诸侯与少数名族，宗正掌皇族事务，大司农掌国家财政收支，少府掌皇帝器用服饰。九卿各官的长官是卿，副职为丞；其下分设各官管理具体事务，大体以令为正职，丞为副职。
与九卿级别相当的外官（亦称“列卿”）还有执金吾、将作大匠、大长秋等。其中，执金吾负责宫廷之外、都城之内的治安；将作大匠负责宗庙殿堂、宫室陵园等土木工程，其副手为丞，下属的部门负责亦以令为正职，丞为副职；大长秋主管皇后事物。性质与就卿中的少府类似，由宦者担当。
在军事方面，相当三公的中央高级官员有大将军、骠骑将军、车骑将军、卫将军，相当九卿的有前、后、左、右将军，均不常设。其属官与三公相同，唯在长史之下另有司马一人，主管军务；从事中郎二人，职掌参谋，均由朝廷任命。将军直接领兵的，在部、曲、屯等建置上分别设校尉、司马、军侯、屯长等统兵官。
常备军由中央与地方军（郡国兵）组成。中央军中，京师卫戍部队由城门校尉统领，野战部队由北军中侯统领。北军下辖五个兵种的部，番号分别为屯骑（骑兵）、越骑（特种兵）、步兵、长水（水军）、射声（弓箭）。长官为校尉，副职司马。全军总数约五万人不到。北军平十卒驻屯在京城长管君主宿卫、助理首都治安，发生战事就成为组建出征步枪队的核心。地方上的郡国兵经东汉初期多次裁撤、削减，只剩下边郡与内地关隘的少数驻军。遇有战乱，都是临时募兵或抽调京师北军出战。
地方官制
东汉的地方官制与西汉相比较，在郡、县两级是基本相同的，不过郡的重要性和权力较西汉下降很多。在州一级，则有根本性的差异，东汉的州已经演变成为一级地方，凌驾于郡之上。至此，中国古代的地方行政区划由郡县制转变为州、郡、县三级制，一直延续到隋朝“废郡”为止。
州刺史
东汉将洛阳之外的地区划分为十三个州，各遣刺史一人为长官。另以京兆、左冯翊、右扶风、河东、河南、河内、弘农七郡为司隶校尉辖区，称司隶部（汉代州也称部）。
司隶校尉是京官，本职为监察在京百官诸不法事。东汉时，每每退罢三公均由司隶校尉纠劾所致，所以司隶校尉号为“雄职”。皇帝召集朝会的时候，司隶校尉与御史中丞、尚书令三人有单独的席位，称“三独坐”。司隶校尉秩比二千石，属官有从事（近来流行的韩剧中每每出现的从事官就是由此得名）、假佐（假：代理的意思；佐：助手的意思。就是说是可以代行事务的助手）等，另统领一支由一千二百名奴隶组成的武装警察部队，司隶校尉的官名也由此而得。
诸州沿西汉汉成帝制度，设州牧一人，秩二千石。建武十八年（42年）改刺史，秩六百石。汉灵帝中平五年（188年），再改州牧，秩二千石。东汉刺史有固定的驻地和官署，纠劾所部太守县令不必如西汉制度上三公按验，可以直接罢免之。改州牧后，兼领军政，位高权重，有点类似于唐朝的节度使，而管辖地域的广阔，又不是节度使所可以相比的。与西汉相同的是，刺史也要周行郡国，刺探政情，年终回京复奏。不过东汉的刺史不必亲自回京，而是派遣属吏向司徒府报送文书而已。
郡国
东汉共设郡国一百零五：王子封国二十七，司隶部属郡七，列郡七十一。除司隶部所辖七郡外，王国与列郡均分隶诸州，其中豫州领郡国六，冀州领九，兖州领八，徐州领五，并州领九，幽州领十一，青州领六，荆州领七，扬州领六，益州、凉州各领十二，交州领九郡。
东汉制度，皇子封王，以郡为国。每国置傅、相各一人。傅主王府事，职如汉朝的太傅；相如郡太守，主政务；相有长史一人，职如郡丞。另置中尉一人，秩二千石，职如郡都尉，是主管军政、缉捕盗贼的军官。
王府置郎中令一人，秩千石，职务和汉朝的郎中令相类似，主管王府的大夫、郎等；仆一人，秩千石，负责王府的车马训练与驾驭；治书数人，秩六百石，职如尚书；谒者数人，秩四百石，职务是奉王命出使；另有礼乐长、卫士长、医工长、永苍长、祠祀长等，秩皆比四百石。
郡太守秩皆二千石，只有河南郡因京师所在，长官称河南尹，位比九卿，秩中二千石。诸郡各置丞一人，位次太守，秩六百石，负责民政事务；边郡（就是设置在边境地区的郡）另置长史一人，秩六百石，负责军政事务。长史之下有司马一人，负责具体军事指挥。东汉内地不设郡都尉，以太守领兵。边郡置都尉或属国都尉领军并辖县，地位略与内地较小的郡相仿。如汉和帝永元元年（89年），置西河属国都尉、上郡属国都尉；永和十五年（105年）置辽东西部都尉；汉安帝置右扶风都尉、京兆虎牙都尉等。
侯国县邑道
东汉的县级地方建制与西汉相同。列侯以县为封地则称侯国，侯国置相一人，相当于县令或县长（以侯国大小为异），相不隶属于列侯，但负责为列侯征收租税。封国户数在千户以上的，置家丞、庶子各一人，是侯府官，不管理民政；不满千户的，只置庶子一人。东汉的侯另有乡侯、亭侯，所封之地各为一乡、一亭，这样的封地辖于所在县，与乡、亭相等。皇后、皇太后、公主的封地称邑，置令、长。邑的体制与侯国相当。
少数民族聚居地设道，隶属于郡，多设于巴、蜀等西南地区，以少数民族部落首领为道的长官。
万户以上的县置县令一人，秩千石；县丞一人，掌民政、文书、仓库；县尉二人，掌治安。万户以下的县置县长一人，秩三百石或四百石；县丞、县尉各一人。东汉诸县出产盐的，置盐官，负责管理盐场、盐矿，征收盐税。出产铁的县置铁官，负责冶炼、铸造。在手工业发达的县置工官，负责管理工匠、征收工商税赋。在水产发达的县置水官，负责管理渔场、征收税赋。以上这些官吏不隶属于郡县，均隶属于少府，属于派出机关。
详细地方系统
东汉的行政区分为郡（国）、县二级。郡之上还有监察性质的州。州的长官为刺史（中平五年改称州牧；京畿地区的司隶部长官特称校尉），其主要职责是巡察下属郡国政务，年终遣吏到京城向司徒府汇报，劾奏不称职的郡国长官。属官有从事（亦称掾史）、假佐。从事有治中从事、别驾从事、簿曹从事、兵曹从事、部郡国从事等，均由州长官自行聘用。治中别驾是州长官的主要助手，在从事中地位最高；簿曹掌文书；兵曹掌军事，仅在有军务时设；部郡国从事，每郡国一人，负责纠劾郡国长官、按治郡僚属，其地位仅次于治中、别驾。假佐是州长官的低级属官，主管文书，其中的典郡书佐分管州所属郡国的有关文书，每郡一人，由郡史轮流充当。
郡的长官称太守（因太守兼领武事，州治所在郡的长官称尹），根据郡的大小、太守的级别有中二千石至八百石六级。郡内原设有专掌军事的都尉，在建武六年之后，边郡常设，内地大多不设。每郡的都尉，为一至五千人不等。都尉在一人以上时，在郡之下分设都尉辖区。有时，在不足设郡的地方，亦设置过渡性的都尉区（属国都尉）进行管理，其性质相当小郡。郡太守助手为郡丞（边郡为长史），由中央任命。此外，郡府的僚属有：功曹，掌管郡内一切人事；主簿，掌管文书；督邮，主管纠察属县、监管本郡官民；掾、史，分曹办理郡政，掾为正职，史为副职，每曹有办理文书的书佐。又设三老，帮助推行政施和教化。郡府僚属由郡太守自行聘用，其的位以功曹最高，依次为主簿、督邮等。郡都尉的僚属与太守类似，亦由郡都尉自行聘用。
分封给诸侯王的郡称国，其行政级别与郡相等。王国的官属分两个系统，一是类似于郡官的民政系统，有相（相当太守）、长史（相当都尉），其属官亦与郡大体相同；一个是管理诸侯王生活、禁卫的官属，如郎中令（相当光禄勋）、仆（相当太仆）、治书（相当尚书）等。此外，王国还设有类似于太傅的傅，负责辅导诸侯王，级别等同于王冠相。
分管少数民族的使匈奴中郎将、西域校尉等，级别与郡太守相当，其属官有从事、掾，无定员，根据事务多少而设