绳文人就整体来说被描述为身材矮小。专家们提供的身高数字彼此不同，引起混淆，但一般来说绳文男性在本时代后期似乎身高157公分左右，而女性148公分左右。他们的身高与公元前400年左右到来并开启新时代的弥生移民形成对比。弥生人大约比绳文人高3~4公分，和20世纪初弥生人的现代日本人后裔没什么差别。
在1900～2001年，20岁日本男性身高从公分大增至公分，20岁日本女性身高从公分增至公分。这些数据想必反映了饮食、卫生和一般生活条件的大幅改善。
除了身高相对矮小之外，绳文人体格健壮结实，他们有重骨骼、平腿骨及宽阔方脸。
事实上，绳文人很像今日北海道的爱奴人。这并不令人惊奇，因为体质人类学者的研究证实爱奴人无疑是绳文人的后裔。这使他们和其他主要岛屿的现代日本人不同，后者继承弥生人的成分较高。目前仍不清楚爱奴人何时抵达日本，也不清楚他们究竟来自何处，但他们无疑和日本居民一样古老。有趣的是，尽管爱奴人与北部有关系，爱奴人与其代表的绳文人种却可追溯至原先来自中国南部和东南亚的古代蒙古人种。
爱奴人实际上是日本原住民。许多世纪以来，弥生人后裔的现代日本人（在本背景下称为大和日本人）总是加以否认，把爱奴人边缘化，甚至予以忽视。直至1997年，官方才承认爱奴人作为日本原住民的真实地位。
我们在爱奴人身上看见绳文人是日本的起源，但绳文时代的日本距离形成一个民族仍很远。接下来的弥生时代将对日本国的形成有较多的贡献。
第四节 新的开端：弥生时代（1）
（大约公元前400年至公元250年）
公元前400年左右——根据一些学者的看法，或者可能甚至早至公元前1000年——外来移民强力入侵日本。
2003年年中，日本国立历史博物馆的一支考古队伍宣称，碳测定显示弥生陶器的历史比原来人们认为的年份还要早大约500年，根据这个观点，该时代的起始年份则应该在公元前1000年左右。这个观点并未被广泛接受。
移民一拨接一拨从大陆抵达，他们在外形与文化上和绳文人相当不同。他们皮肤较白皙，身材较高，脸庞较窄。他们的文化包括诸如青铜与铁等技术，也更加依赖稻作。
对于这批移民潮的性质、规模甚至动机、起源，学者们的意见极为分歧。
有关移民，学者们有不同意见。有人认为大陆移民人数少，而有人认为可能来了大量移民。学者们一度认为有可能毫无移民来到，而逐步进化能解释绳文与弥生的不同。然而，最近的遗传研究证实确有移民到来。有关移民在日本内部的确切移动路线，学者们意见稍有不同，但有关移民抵达日本的路线，即经由朝鲜的路线，学者们对于这一点的意见较一致。然而，起点是朝鲜还是中国，则并不清楚。
尽管意见分歧，但清楚的是，新来者抵达了日本且彻底改变了日本的面貌。
1884年，东京弥生町首次发现一种无装饰、带红色的新型陶器，并被认定不同于绳文陶器，学者们就以“弥生”命名这个新时代。这个名称未能表达这个时代的活力，因为当时，学者们还不了解该时代的活力。
弥生时代总是被强烈地和稻作联想在一起。起初，学者以为稻作是由新移民带来的，但现在我们已知道那是过度简单化的说法。更早的时候，稻作已被引进。然而，在弥生时代稻作才被大规模地推广，特别是水田的种植，而且是在南部与西部，这清楚地反映出新来者的文化偏好。这将成为后来的日本人直至现今日本人的文化基础。
如青铜与铁的传播一样，稻作的传播反映出移民可能的移动。至公元1世纪左右，稻作从西南部相当迅速地传播至本州中部，但进一步向北传播较缓慢。虽然稻作、青铜及铁从早期阶段就已存在于北部，但并未被大规模采用，而北部直至8世纪或甚至更晚仍停留在绳文阶段。易言之，北部与南部之间存在着相当的文化鸿沟——今日北海道爱奴人的存在仍象征着该鸿沟。
日本出产有限的金属矿，因此金属用具倾向于和高地位有关。然而，持有金属的“象征地位的物品”并不是当时社会愈来愈阶层化的惟一因素。如同大多数的农业发展一样，稻作引起社会内部资源基础的缩小，使社会精英较容易控制社会资源。稻作也导致较永久的定居、较广泛的土地确认以及保卫且扩大边界的需要，特别是当人口增至200万人左右之时。战斗随之增加，持有金属武器加上有能力号召战士的人，他们的社会地位就进一步提升。当然，部落之间战斗愈来愈多，使得各部落依据战斗胜负而排列等级。
在这愈来愈阶层化的世界，奴役很常见。低阶者在路上遇见高阶者时退至路旁并鞠躬让后者通过——这种习俗继续延至19世纪。阶级由头衔来区分，高阶男子有四五个妻子，较低阶的男子也有两三个妻子。
加速阶层化的另一个因素是财富，特别是经商带来的财富。有些部落够幸运，在他们的领地内有金属资源。有些部落因新的技术发展获利，例如从公元1世纪左右起在九州生产的丝绸。玻璃技术与冶金也有所发展。产品多样化导致交易增加，包括与大陆之间的交易以及列岛内的交易，而每一个区域都有一个市场。爱知县朝日，就是这样的一个交易中心，它是迄今为止发现的弥生定居地遗址中最大的，占地约平方公里，而典型的定居地介于~平方公里之间。
部落之间的战斗、精英的出现以及控制资源的竞争，导致政治化程度的增加。许多部落首长与邻近的部落缔结同盟，组成了无数的小王国。
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第四节 新的开端：弥生时代（2）
我们对于这些小王国的知识，如同我们对于弥生时代的了解，大都来自中国文献。有关日本的最早的文字记载，从公元82年成书的《汉书》可以找到。《汉书·地理志》提到由100个王国组成的倭地（早期中国史书称日本为“倭”），倭人定期携贡物来汉朝在朝鲜的领地乐浪郡（建立于公元前108年）朝贡。较详细的描述可以在公元297年成书的《魏书》里找到，《魏书·倭人传》也记载了当时的朝鲜、满洲。
《倭人传》描写魏使臣在公元240年访倭地，对100个倭国中最强大的邪马台国描写得最详细。邪马台国由一个没结婚的巫术女王卑弥呼统治。她是一个在多年战争后获得权力、“事鬼道能惑众”的谜样人物。她定居在城堡里，由一百名男子守卫，一千名婢女、一名男子服侍。她通过这名男侍和外界沟通。她关切灵界的事，把统治的行政事务交给其弟。
依照从至少公元57年以来有些倭国统治者遵守的习惯，卑弥呼在238年派遣朝贡团来魏。
《后汉书》提及来自九州西北部的倭奴国使臣来汉朝朝贡之事。公元57年，光武帝颁给倭奴国使臣的“汉倭奴国王”金印，1784年在福冈县被发现，学者普遍认为该印是真的。
结果，像那些倭国统治者一样，她的统治地位获得魏的承认。然而，和其他倭国统治者不一样的是，她似乎被承认为整个倭地的统治者，不光是被承认为倭地之中一个王国的统治者而已。她也获得魏帝赠送的礼物，包括衣料、珠宝及镜子。她送给魏帝的礼物包括奴隶、衣料及朱砂。
依据《倭人传》，卑弥呼死于248年，享年65岁，埋葬时有一百名奴婢陪葬。她死后欲立男主，邪马台国复陷于大乱，统治者们重新协议，立卑弥呼宗女，13岁的壹与为王，国渐安定。
邪马台国是当时日本的权力中心，其他大多数倭国都效忠它。邪马台国究竟位于何处，一直是学者争论的焦点。对《倭人传》的描述有极为不同的解释。大多数专家认为，邪马台（Yamatai）就是几百年后在奈良盆地出现的日本第一个国家大和（Yamato）朝廷，但有些学者则认为邪马台国位于北九州。一个弥生时期权力据点遗址最近在九州西北部佐贺县被发现，给九州论增添若干分量，但还不足以推翻一般学者对奈良论的支持。卑弥呼坟墓显然尚未被发现。
《魏书·倭人传》与其他中国文献有关倭地的描述，乃是弥生时代与较早时代之间的一大差别——从史前史转变成有文字记载的历史。
这个时代本身是短时期内发生剧变的时代。在这一时期，人们从狩猎者、采集者变成耕种者，使用的工具从石器变成金属工具。居所变为固定，社会变成明显阶层化。这些变革是社会、政治统一成为国家的经济、技术基础。
第五节 古代国家出现（1）
古坟／大和时代
（大约250年至710年）
卑弥呼埋葬时有一百名奴婢陪葬，显然需要一个大坟——依据《魏书·倭人传》，大坟直径一百步。这将为此后几世纪开创新风气。当社会更加阶层化之际，统治者想在其在世的几十年的生命结束后夸示其地位。如古代埃及的金字塔那样，巨坟被建立起来。以日本来说，它们通常是自平地隆起的大坟，周围围绕着被称之为“埴轮”的中空的黏土小雕像。
埴轮有点神秘，但似乎是墓碑与象征地位的物品的组合。坟墓内也有物品，可能是来世用的。这些物品之中有许多也是象征地位的物品，但它们并非都是用来是夸示的。坟墓里也有大量武器，统治精英们无疑拥有在必要时用武力维持其地位的能力。
古坟是本时期适宜的物质象征。然而，本时期最重要的特色是大和国家的出现，大和国家命名是因为其权力据点设在奈良盆地大和之故。
大和的卓越成就构成《古事记》与《日本书纪》叙述的要点。我们先前得知，除了似乎以谈判方式胜过以出云作为权力据点的对手之外，这两本史书并未透露太多的实际过程。日期也�