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傅斯年后来也与好友顾颉刚反目，筹办中央研究院史语所时，二人各执己见。据顾颉刚女儿顾潮说：“傅斯年与父亲两人各有一番设想：傅氏在欧洲7年，甚欲步法国汉学之后尘，且与之争胜，故其旨在提高。父亲以为欲与人争胜，非一二人独特之钻研可成，必先培育一批人，积叠无数材料加以整理，然后此一二人者方有所凭借。两人意见不同，而傅氏脾气暴躁，不免有家长作风，父亲亦生性倔犟，不能受其压服，于是两人始破口相骂，幸赖杨振声等人劝解而止”。顾颉刚在给胡适的信中抱怨道：“孟真对于我的裂痕已无法弥缝，差不多看我似叛党似的。”胡适曾为二人调停，但未奏效。顾颉刚在给胡适的信中说：“我树的敌人可以分做两种，一种是妒忌我，一种是想征服我，这两种都是没法避免的。我不能求悦人而自暴自弃，迁就了别人的标准。我自己不愿压迫人家，也不愿人家来压迫我。如有人想要压迫我，当然反抗。……我决不愿把身子卖给任何人。我决不能为了同党的缘故而把自己的前程牺牲了。”
此后，二人开骂，甚至发展到几欲肉搏。最后顾颉刚决定退出史语所。中研院史语所的成立大会上，顾颉刚没有出席。这次事件，宣告了傅、顾之间同窗之谊与十几年密友关系的破裂。
后来，傅斯年在北大办文科研究所，曾想聘顾颉刚为北大研究所教授，但顾拒绝。傅斯年因失了面子甚觉恼火，找别人捎话转告顾颉刚：“燕京有何可恋，岂先为亡国之准备乎？”顾颉刚听后则反唇相讥曰：“我入燕京为功为罪，百年之后自有公评，不必辩也。”
1941年10月，陶孟和带领他的中央研究院社会科学研究所全体人员，也向李庄搬迁时，陶不得不向他学生辈的傅斯年乞求：“张家大院之房，务请拔几间给社所暂用，顷社所已去十余人。”但傅斯年根本不为所动，听任陶孟和跟李庄的士绅协商，化整为零为寄居在有空房的当地人家中，直到第二年春夏才在附近找到落脚点。
社会学家吴文藻及其弟子费孝通等人抗战时期流寓昆明，在云南大学社会学系创办了民族学会，这不仅是另立山头，而且违背了傅斯年“中华民族是一个”的爱国原则，傅斯年不仅写文章批驳，更给中央研究院代院长朱家骅等人写信说：“夫学问不应多受政治支配，固然矣。若以一种无聊之学问，其想影响及于政治，自当在取缔之列。吴某所办之民族学会，即是专门提倡这些把戏的。他自己虽尚未作文，而其高弟子费某则大放厥词。若说此辈有心作祸固然不然，然以其拾取‘帝国主义在殖民地发达之科学’之牙慧，以不了解政治及受西洋人恶习太深之故，忘其所以，加之要在此地出头，其结果必有恶果无疑也。”在这种情况下，吴文藻、费孝通只好关门大吉。
【逸事】
傅斯年自幼聪颖好学，熟读儒学经典，号称“黄河流域第一才子”、继孔圣人之后两千年来又一位“傅圣人”。
傅斯年到天津府立一中读书，刚入校时因为学生宿舍尚未建成，他在英敛之家中住了好几个月。在此期间，傅斯年竟然与比他大三十多岁的英敛之成了忘年交。英敛之的儿子英千里在回忆傅斯年时曾经写道：“住在我家的时候，我同他并不很亲密，因为在我一个九岁的顽皮孩子的眼里，看这位十四岁的傅大哥是个魁伟而庄严的‘大人’。他每天下了学除了温习功课外，就陪着先父谈论一些中外时局或经史文章，绝不肯同我这‘小豆子’玩耍或淘气，所以我对他只有‘敬而畏之’的心理，虽然经过了四十年，我还没有完全撇掉。”
民国五年（1916年）六月傅斯年的毕业考试成绩录于此：
西洋史93分、经济85分、心理94分，英文作文94分，论理96分，英文古文98分、法学通论80分，英文文学98分，德文文法读本97分、文章学99分、地理100分、历史99分、文字学85分、伦理95分、拉丁文70分、操行100、旷课扣分减3分，总计1482分，总平均92。6分，实得94。6分。
傅斯年进入北大文科就读是受当时国学大师章太炎的影响，而当时北大文科多为章太炎的门生弟子所把持。傅斯年在同学中出类拔萃，颇得黄侃、陈汉章、刘师培诸师的器重和栽培，他们期望这位学生日后继承章氏学派的衣钵。周围的同学对付斯年亦刮目相看，畏而远之，有的同学竟称他为“孔子以后的第一人”。据毛子水回忆：“在我看起来，他那时的志愿，实在是要通当时所谓‘国学’的全体；惟以语言文字为读一切书的门径，所以托身中国文学系。当时北京大学文史科学生读书的风气，受章太炎先生学说的影响很大。傅先生最初亦是崇信章氏的一人，终因资性卓荦，不久就冲出章氏的樊笼；到后来提到章氏，有时不免有轻蔑的语气。与其说是辜负启蒙的恩德，毋宁说这是因为对于那种学派用力较深，所以对那种学派的弊病也看得清楚些，遂至憎恶也较深。”
黄侃在北大任教时，慕其名，从其学者甚多，黄门弟子被人称为“黄门侍郎”。傅斯年在结识胡适之前，曾为“黄门侍郎”中的健将之一。
1919年秋季，山东省教育厅招考本省籍官费留学生，傅斯年以全省第二名的优异成绩入选。但为了让自己的亲信能出国留学，当权者以傅是五四运动中的“激烈分子，不是循规蹈矩的学生”、“凶恶多端的学生示威活动的头头”、“打砸抢烧的危险激进分子”等为由，拒绝录取。山东省教育厅一位叫陈雪南的科长，力排众议、挺身而出为傅斯年争取名额，并言道：“如果成绩这么优越的学生，都不让他留学，还办什么教育！”此后一批具有文化良知的官员也借机出面为傅斯年出头。最终当权者出于各种考虑，终于作出让步，把傅氏列入官费留学生名单。傅斯年得此喜讯，当场喊了一声“我的娘！”差点昏厥过去。
1924年，赵元任夫妇到柏林，认识了傅斯年。赵元任发现，当时的中国留学生虽来自全国各地，但差不多都说国音的阴、阳、上、去四声，只有傅斯年仍然是“闪董料秤”（山东聊城）口音。赵元任和他聊天，才知道他并不是不会说北京话，而是不屑说。原来，傅斯年到北京读大学，全家都搬到北京去居住。当时他们雇的佣人都是北京当地人。傅斯年入学不久就学了一口北京话，家里人听他改的满口京腔，就嘲笑他说：“你怎么说起老妈子的话来了？”他们的一笑把傅斯年的北京话笑回去了，把他的“闪董料秤”话又笑回来了。
傅斯年曾在《申报·自由谈》上撰文，讲述136张麻将牌中蕴涵的人生哲学。打麻将要能赢，关键是要手气好，运气好，“我们中国人的生活也是这样，只要运气好，机会巧，一路顺风，就可以由书记而主席，由马弁而督办，倘若奖券能够中了头彩，那末不但名流闻人，可以唾手而得，并且要做什么长或主任之类，也大是易事。所以我们中国人最注意的是天命……”又云：“这有如人们对于生活的执着，无论如何非到绝望，不愿放弃生活的意志而自杀”。
傅斯年说，中国向来臣妾并论，官僚的作风就是姨太太的作风。官僚的人生观：对其主人，揣摩逢迎，谄媚希宠；对于同侪，排挤倾轧，争风吃醋；对于属下，作威作福，无所不用其极。
傅斯年幼年清苦，故他能比较深刻地理解社会，理解世事人情。有一次闲谈中，学生何兹全曾问他怎么懂这么多人情世故。他说：“吾少也贱，故能多鄙事。”
张政烺教授曾告诉何兹全，抗战时期，他陪同傅斯年入川，在宜昌等候换船。他打扫卫生，在傅枕头底下发现一本书，竟是《资本论》！
1939年，金克木去昆明拜访傅斯年。二人在一所大庙式的旧房子里见面，一间大屋子用白布幔隔出一小间，里面只有桌子椅子。金克木回忆说，“傅胖子”叼着烟斗出来见我时没端架子，也不问来意。彼此在桌边对坐后，他开口第一句就是：“历史是个大杂货摊子。”不像讲课，也不像谈话，倒像是自言自语发牢骚。没说几句，傅斯年说研究“西洋史”的没有一个人。金克木打断他的话，提出一位教授。傅斯年叭嗒一口大烟斗，说：“那是教书，不是研究。”这时，金克木发现烟斗里装的是云南烟叶碎片，不是外国烟丝，而且火早已熄了，只吸烟，不冒烟。“不懂希腊文，不看原始资料，研究什么希腊史。”傅斯年鼓励金克木学习希腊文，并送给金克木一本英文注解的拉丁文的恺撒著的《高卢战纪》。“他说到拉丁文，还是劝我学希腊文。他上天下地，滔滔不绝，夹着不少英文和古文，也不在乎我插嘴。”
董作宾曾调侃当时的中央研究院和历史语言研究所：“朱家骅先生是代理院长，傅斯年先生是代理总干事，李方桂先生是代理所长，我们这一群人就是三代（随和注：指夏、商、周，儒家所谓最好的时代）以下的人民呵！”
那廉君的回忆文章，提到傅斯年在昆明生活的场景：傅先生在昆明乘坐人力车，大概是从拓东路到靛花巷的住所。昆明的人力车夫，拉起车来，总是飞快地跑，和长沙人力车夫的斯文慢步，正好相反，如遇到下坡路，总是把“车把”用胳膊一抱，两脚悬空，直冲而下。这一次由于傅先生又胖又重，走近逼死坡