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为了妥善解决这一问题，孙中山决定国共两党采取谈判的方式来寻找途径。
5月中旬中共领导人陈独秀与国民党领导人汪精卫、张继在广州就共产党在国民党内的党团问题举行谈判。
谈判开始，汪精卫和张继便将他们所获得的中共内部文件交给陈独秀，认为这是中共在国民党内开展党团活动的证据。汪、张二人表示，国民党内诸多人士不赞同国民党内“党中有党”。他们一致向陈独秀提出共产党应该取消在国民党内的党团组织。
陈独秀坦然承认中###员和社会主义青年团在国民党内确有党团的组织，但否认这违反了李大钊在国民党“一大”所作的声明，认为这既不是党中有党，也不会危害国民党。陈独秀诚恳地解释说：“中共在国民党内有党团组织，其用意是指导它的同志们遵守国民党的决议和纪律，积极工作，并不是要他们在国民党内争权夺势，闹派系和搅和其他不利于国民党的事。”
汪精卫和张继对陈独秀的这种解释并不满意，他们仍然坚持要中共取消在国民党内的党团组织。
陈独秀也毫不退让，他说：“中共如果遵照国民党的意见，取消在国民党内的党团组织，这无疑是将我们共产党的组织熔化在国民党内，没有独立性了。这是我们做不到的！”
双方都不肯让步，一时情绪激动，气氛紧张。为了不使刚刚建立的合作出现裂痕，陈独秀最后作了缓和的表示，他答应汪、张二人，中共中央将举行会议商讨，待讨论确定后再行答复。
据当时陈独秀的主要助手张国焘在《我的回忆》一书中所说：陈独秀在谈判后，思想上有所动摇。陈认为共产党不能取消党团组织，但要国民党默认党内有党团存在，也是做不到的，他十分感慨地说，如果他是国民党，也要反对中共这种党团组织的办法。他还分析道：胡汉民、谢持、汪精卫、张继这4个人几乎可以代表国民党全体，除谢持外，其余3人都不能说是右派，而且都是支持国民党改组的，现在他们共同提出这个问题，决不能等闲视之。 。。
国共合作几乎破裂（2）
为了征求意见，商讨应付办法，陈独秀主持召开中共高级干部会议。通过认真讨论，大家一致表示：中共在国民党内的党团组织不能取消，认为现在只有两途可循：或者国民党默认中共的党团能在国民党内存在；或党内合作破裂，中共退出国民党，另谋党外合作，但第一种途径是最好的，应尽力争取。
但没等中共方面的答复，国民党内一些右派人物便迫不及待地公开发难了。6月18日，国民党中央监察委员邓泽如、张继、谢持等联名向国民党中央执行委员会提出弹劾中共的呈文。随后，张继、谢持等人又发表了《护党宣言》，攻击中共，将破坏国共合作的罪责强加于中共，反对国共合作。
张继等人的弹劾案及《护党宣言》提出并发表后，上海、北京、汉口、广州、香港等地的国民党右派分子群起呼应，有的联名上书，有的致电孙中山，要求国民党中央亲自出面解决此案，“命令共产党员全数退出本党，并予倾向共产党者以严重制裁”。于是国共合作的大潮中涌出了一股###逆流，大有“黑云压城城欲摧”之势……
就是在这种形势下，身为黄埔军校政治部主任的戴季陶深怕遭到“严重制裁”，于是不辞而别，离开了广州，而中共在黄埔军校的第一位红色教官张申府也只好“开小差”了！
这股汹涌而来的###逆流震动了共产国际代表鲍罗廷。他为了维护国共合作，消弭对立，进一步解释共产党在此问题上的原则立场，代表中共在广州他的东山寓所会见谢持、张继，就共产党在国民党内的党团问题与他们进行谈判。谢持、张继二人的态度十分强硬，他们说国共合作“自今春以来，只见有害，不见有利”，并气势汹汹地质问，“共产党全体既加入国民党，实行国民党革命主义，又何必另挂中国共产党招牌，保留共产党组织呢？”声称共产党在国民党内的“党团作用，万不能容许”，扬言国共两党“两种性质不相容，不如分道扬镳”。张、谢二人的发言蛮不讲理，傲气逼人。
鲍罗廷没有被这逼人的气势所压服，他保持了异常冷静的头脑，发言虽然态度平和，语气却毫不妥协。他严正指出：“党中分派，是不能免的。”并耐心地解释，“共产党加入国民党3个月之后，见国民党不振作，中央执行委员会提不起来，并有许多右派分子加杂其中，乃不得不组织党团。”鲍罗廷还告诉他们，“中共组织党团，对于整个国民党来说，不会产生坏的影响，只会带来好的结果”。他说“组织党团，所引起旧党员之竞争心，则党可望复活”，他还说，“假令共产党分裂出去，徒分离革命实力，前途必不利”。
谢持、张继不听鲍罗廷的解释，坚持要共产党取消党团组织。
鲍罗廷始终不肯让步，最后他不得不强硬地警告他们：“共产国际和苏联的援助取决于共产党继续参加国民党。”
谈判不能进行下去，双方再度不欢而散。
鲍罗廷与谢持、张继谈判失败后，陈独秀对国民党已经不抱什么希望了，他于7月13日写信给共产国际远东局的维金斯基，提出：“我们认为必须停止至今为止的形式来支持国民党，我们要把主动权握在自己手中。”
至此，当初按共产国际驻华正式代表马林所提出的“马林方式”建立的国共合作体制刚刚开始，还没有来得及度完蜜月，就似乎已经走到了山穷水尽的境地了！
距离广州不远被英国霸占的香港，号称“英国女皇皇冠上的一颗明珠”。国民党改组后，随着中国革命情势的高涨，广州几乎成了一片“赤土”。英国政府绝不能容忍它的存在，在伦敦的授意下，港英当局也许觉察出国共两党的合作就要走到尽头了，便趁机利用香港这个根据地加紧了对中国革命的干涉和破坏，一面积极援助盘踞在惠州的陈炯明反攻广州，一面又运动广州商团，妄图从内部颠覆广州革命政府。
广州商团成立于1912年，原为商人的自卫组织，参加者只是一些经商者。1919年由受英国香港汇丰银行支持的陈廉伯担任商团团长后，开始大规模发展组织，到1924年5月间已扩充到6000余人。随着武装队伍的扩大，陈廉伯的野心也在膨胀，他把沙面租界作为黑据点，北联北洋军阀，南联陈炯明和广东省内各商团及乡团，在香港当局支持下，图谋取代广州革命政府，成立所谓商人政府。
国共合作几乎破裂（3）
1924年5月26日，即谢持、张继、邓泽如等人联合向国民党中央执行委员会提出“弹劾中国共产党人案”前后，陈廉伯指使商人暗中活动，逼使广州市政府取消已经公布的《统一马路两旁铺业权办法》。次日，陈联合108埠商团代表共30余人召开会议，商定于8月13日成立“全国商团联防总部”和广东“全省商团总部”，由陈廉伯任总长，随后开始四处购置武器，积极策划叛乱活动。
令所有敌视国民党广州政府的人所想不到的是，广州国共两党的紧张气氛并没有维持多久，由于孙中山坚决反对国民党右派的分裂行径，加之共产国际的干预、中共的坚决斗争和以廖仲恺为首的国民党左派的努力，事情出现了转机。
7月3日，国民党中央执行委员会举行了工作会议，审议邓泽如等人提出的弹劾案，决议请孙中山召开中央执行委员会全体会议讨论这一问题并作出决定。随后，根据这次工作会议精神，国民党中央执行委员会发表了《中国国民党关于党务宣言》，认为数日来党内某些成员对已加入国民党的共产党员产生怀疑及误会，是由于“反对派肆其挑拨”，因此，郑重声明“对于规范党员，不问其平日属于何派别，惟以平日行动能否一依本党之主义、政纲及党章为断”。
从这个宣言中可看出，国民党左派在中央执行委员会中占了上峰。
由于国共双方态度都有了变化，紧张气氛趋于平缓，按孙中山的指示，8月5日，国民党一届二中全会在广州开幕。会议讨论了弹劾案问题。既是讨论，国共两党代表便各执其辞，在会场上展开了争论。
会议一开始，国民党代表张继首先发言，他重申弹劾案的意见，结论为：“最后办法”“以分立为要”。他顽固坚持国共两党应“分道扬镳”。张继发言后，共产党代表王法勤即起身反对。随后，国民党代表覃振发言支持张继，于是会场上形成对立局面。这时共产党代表瞿秋白发言，他心平气和地说明了两党合作的可能性和必要性，认为不要在枝节问题上纠缠不清。针对国民党右派提出的党团作用问题，他尖锐地指出：“既准跨党，便不能无党团之嫌疑。国民党外，既有一个共产党存在，则国民党不能使共产派无一致之行动。况既谓之派，思想言论必有相类之处；既有党外之党，则其一致行动，更无可疑。”瞿秋白还指出，对于加入国民党的共产党员，“若其行动有违反宣言及章程处，则彼辈既以个人资格加入本党，尽可视为本党党员，不论其属于共产党派与否，应该以纪律绳之。”“监察委员职权只问案由，不宜问共产派与否，应该以纪律为准。”最后瞿秋白表示，共产党坚决反对“分立”主张，他坦然地说：“若此会议决分立，大可谓共产派之发展是足以侵蚀国民党，若不分，则共产党之发展，即系国民党中一部分之发展，何用疑忌呢？”瞿秋白代表共产党所作的答辩，有力地驳斥、回击了国民党�