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瞿秋白光明磊落的陈词，使大部分国民党代表加深了对中共的了解，都表示不能因党团问题而导致两党合作的破裂。国民党人李石曾明确表示：“两党既合作于前，不宜分裂于后。”当时还是紧跟孙中山的胡汉民也在会上发言，认为共产党在国民党内的“党团组织”不能即认为是一个有阴谋的党团。通过讨论与商讨，国共两党的意见趋于一致，决定召开国民党中央政治委员会予以最后解决。
8月20日，孙中山亲自主持了国民党中央政治委员会第6次会议。
会议讨论通过了《国民党内共产党问题》《中国国民党与世界革命运动联络问题》两个草案，共产党的党团组织得以在国民党内保留，国民党坚持了联共政策。“国共合作”经历一番风雨后又继续向前发展。
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打响革命高潮第一枪（1）
在“国共合作”几乎要破裂的风波中，身为黄埔军校校长的蒋介石似乎没有涉及，因为以他的辈分当时还轮不到他在国民党中央说话，但他的高明之处在于任凭国民党内的右派怎么闹腾，他在黄埔军校的任何一次公开政治讲演中，总不离“拥护第三国际领导”、“###就是反革命”、“反对工农就是为封建军阀和帝国主义服务”、“谁反对国共合作就打倒谁”的革命口号，因此，共产国际代表鲍罗廷、国民党左派人士、中共许多高级干部对蒋介石都非常赏识。蒋介石还身兼粤军总参谋长，作为军事负责人，他在广州城内的地位越来越重要了。本来对他就很信任的孙中山于1924年7月7日又任命他担任“长洲要塞司令”；7月11日孙中山改组国民党军事委员会，11个委员中蒋介石连任；15日，蒋介石又增加了新职：国民党各军编练筹备委员会委员长。此后，他与孙中山的军事总顾问、苏联的加伦将军交往越来越热乎了。
蒋介石接受的第一个军事任务是处理广州商团私运枪械事件。
时值8月，广州炎热，形势也比较紧张。受帝国主义指使的各种反动势力蠢蠢欲动，广州城内的商团更是虎视眈眈。
8月9日，蒋介石与大本营副官邓彦华乘江固轮在珠江上巡逻时，缉获私运枪械的哈佛号轮船。此船悬挂挪威国旗，船上计有长短枪9841支，子弹3374200发。经细查所有枪械为广州商团所有，是广州商团向香港南利洋行订购的。孙中山闻报，即令当时新任命的广东省省长廖仲恺扣留所有军械并禁止商团联防总部成立。商团也不示弱，出动了2000多名团兵包围了孙中山的大元帅府，蛮横地索要军械，并按计划于8月13日举行庆祝“商团联总”成立的活动，大肆造谣说孙中山主持的政府要“赤化”、“要实行公夫公妻主义”，煽动并胁迫广州商民罢市。8月14日，广州政府采取断然措施通缉商团头子陈廉伯，陈即逃往香港。20日商团总部由广州迁往佛山，号召各县的商团赶走国民党任命的县长，控制当地政府。截止到8月25日，广东全省包括广州在内已有100多个城镇陆续罢市。8月27日，英国总领事馆向广州政府发出最后通牒，支持商团，并声称将派遣英国军舰对付广州政府。果然，8月28日，英国派9艘军舰集中在白鹅潭，将炮口指向中国军舰。
也许是因为共产国际为使广州革命政府先站稳脚跟曾向孙中山建议过不宜与美、英各国为敌，也许是因为孙中山急于推翻北洋政府，9月3日，国民党中央政治会议第7次会议决定，将大本营北移至韶关准备挥师北伐，分兵进入江西、湖南两省。孙中山去韶关前任命胡汉民为代理大元帅兼广东省省长，谭延辏狈ゾ芩玖睿沃兮枳芗嗉娌普砍ぁ２渭颖狈サ母鞑慷际蔷删樱挪簧伲盗τ邢蓿蕉妨Ω睿虼怂镏猩矫罱槭柿旎破揖Ｑ鄙仙毓夭渭颖狈サ木滦卸�
但在韶关的孙中山万万没想到蒋介石竟抗命不从。
蒋介石电复孙中山时称：“埔校危在旦夕，中正决死守孤岛，以待先生早日回师来援。必不愿放弃根据重地，致吾党无立足之地也。中正料不久逆敌必反攻韶关，各军非准备南下，击灭逆敌，断难北伐。中正当死守长洲，尽我职务。尚请先生，当机立断，勿再以北伐可能，而致犹豫延误。”
孙中山对蒋介石抗命不从当然很生气。但公正地说，在未平定商团之前，蒋介石抗命不愿放弃广州北上的意见是正确的，显露出他在军事上的智慧。一是此时北伐本身没有成功的把握，在军事力量和群众基础没有达到相应的水平以前，北伐只能是再一次的军事冒险，只能是一次无谓的牺牲。事实上正如蒋介石所料，此次北伐最后并未取得什么像样的战绩，于1925年4月由总司令谭延辏铝畛坊毓愣６堑笔惫阒莩悄诘纳掏耪诰淖急福媸倍加锌赡芊⒍渥芭崖遥悄诿挥芯颖Ｎ啦恍小５比唤槭钥姑淮樱馄渲幸灿薪槭乃叫脑谧魉睿绻破揖３龆О芙岢晌酥赋庾约旱陌驯皇だ蚧岢晌镏猩健⒑好瘛⑻费雨＇的功劳，与其如此，不如按兵不动，蓄势待发。txt电子书分享平台
打响革命高潮第一枪（2）
对于商团的行为，一心要打倒北洋政府的孙中山以北伐利益为重，曾经出现动摇，代大元帅的胡汉民遵照他的意见准备妥协，主张将被广州政府扣押的商团枪械在交付每支枪60元枪捐后发还给商团了事。双方开始谈判，经滇军将领范石生等人调解，最后商定每支枪交50元枪捐。9月20日代理大元帅胡汉民下令撤销了对商团头子陈廉伯的通缉令，并发还其被查封的财产。10月9日孙中山命令蒋介石发还商团部分被扣枪支。在这种情况下，陈廉伯更加嚣张，以为孙中山忙于北伐无暇顾及广州，城内除黄埔军校一批学生外已无像样的军队，无力与商团对阵，于是在10月10日，商团根据10月4日在佛山召开的全省188县商团代表大会的决定，举行第二次罢市，同时在广州城内构筑街垒备战。在同一天，商团竟向庆祝双十节的游行队伍开枪，打死10余人，打伤和逮捕群众100余人，公开进行武装叛乱。
中###人身先事卒，坚决主张镇压商团叛乱。中共广东区委召开万人大会。中共广东区委军事负责人，即将就任黄埔军校政治部主任的周恩来在会上发表演讲，号召工农群众和广大市民组织起来反击反革命的挑战。中共方面还建议胡汉民把扣压的商团的1万支枪和300多万发子弹用来武装工人，这些装备再加上附近组织起来的农民自卫军的3000支枪和黄埔军校的2000余名学生，足以镇压叛乱，但胡汉民优柔寡断，迟迟不采取行动，反助涨了商团气焰。
孙中山在中共大力支持下，最终在10月13日命令韶关警卫军及部分粤军昼夜兼程赶回广州。14日任命胡汉民代理革命委员会委员长，廖仲恺为秘书长，对商团采取行动。15日命令蒋介石为总指挥，协助胡、廖二人剿灭叛乱。当天，广州革命政府调动黄埔军校学员800名，工人和农民纠察队3200人，湘、滇军校学员700余人，吴铁城指挥的警察2000余人，交由蒋介石指挥平叛，仅经过半日激战，不可一世的商团即被彻底剿灭。
国共合作平定商团叛乱，打响了大革命高潮的第一枪，清除了广州革命政府的心腹之患，稳定了政局，为推动革命形势的进一步发展创造了条件。
这也是蒋介石在国共合作的背景下，在广大工农群众和市民的支持下，第一次独立指挥并打赢的战斗。当然他没有把账记在工农大众的头上，在他看来，孙中山指挥失当，胡汉民错误妥协，中共冒险，只有他是反击商团的英雄。无论怎样，平定商团的胜利，提高了蒋介石的威信，奠定了他后来作为国民党军事领袖，篡夺国民党最高领导权的基础。
平定商团叛乱后，坐镇韶关的孙中山先后两次来电，要蒋介石把当初扣压的商团军械的余下部分迅速运往韶关。但蒋介石又一次抗命不从。对于蒋介石的这一次抗命，孙中山非常气愤，在电报中责问：“此械兄竟以何用为最适宜？”并在最后一封电报中下令说：“所余300支枪，必即日运韶，以利北伐。”但蒋介石最终没执行。
在平定商团后，蒋介石抗命不从的性质与前一次不同。此时的蒋介石已非往昔，他已经拥有自己的军队——黄埔学生；拥有自己的势力范围——部分国民党的军事领域；已经准备自行其是——介入国民党的军事决策过程、扩充兵力。
蒋介石在晚年也没有对这次抗命行为作出过交代，谈及此事时，总是只讲平定商团的功劳，不讲拒运武器参加北伐的事实。1924年10月31日，孙中山在北伐没有取得战绩的情况下回到广州，13天后启程北上去北京，蒋介石头上的“紧箍圈”消失。
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黄埔建军
孙中山之所以北上去北京，其缘由是：1924年10月23日，出身贫穷自诩为孙中山先生信徒的直系将领冯玉祥、胡景翼等人发动“北京政变”，推翻了直系军阀曹锟、吴佩孚控制的北洋政府。10月28日，冯玉祥等将领又发出召集和平会议的通电，提出按照孙中山先生的建国大纲建立新政府，欢迎孙中山北上任新政府的领袖。11月1日，冯玉祥又致电孙中山：“一切建国方略，尚赖指挥，望速命驾北来。”被冯玉祥将军等推出来主持北洋政府工作的皖系军阀段祺瑞也派出代表许世英专程南下广州，迎接孙中山北上。
当时在“中华民国”的大旗下，在革命原则上，能不通过战争实现中国北方和南方统一，将中国建设成资产阶级民主共和国，是益于国家和人民大众的好事。孙中山于是同意北上。11月4日，孙中山命胡汉民留守广州，