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当傅恒提出了一个厚集兵力、直攻中坚的破敌方案时，乾隆帝却要打退堂鼓了，认为“万无可望成功之理”。又屡奉太后“息武宁边”之谕，便决定撤兵。乾隆帝于十四年（1749年）正月一日，宣布： “今朕已洞悉形势，决定收局。”降谕要求傅恒四月底五月初班师回朝。
傅恒却不愿撤兵，他认为现在正是自己建功立业的机会，要求展期回朝。乾隆帝看出傅恒的心思，劝谕说： “经略大学士此行，原为国家出力，非为一己成名。如为成名起见，岂有费如许帑项，如许生命，去供一己成名之理。”其实，乾隆帝命傅恒挂帅本来就是为了让他成名，如汉武帝之用卫青、霍去病征匈奴，让傅恒撤兵，是怕他失败，坏了内弟的名声。在封建帝王看来，国事即家事，家事即国事，没有分别，如果傅恒得胜回朝，就可以给天下人做一个表率。历史上有些皇帝喜欢指派皇亲统兵，康熙帝与乾隆帝尤其是如此，此时，国家往往很强盛，有英雄气概。
岳钟琪向大金川进兵连连告捷，兵临勒乌围寨下，莎罗奔弹尽粮绝 ，向清朝大军乞降。此时，正是趁势围歼叛军的大好时机，然而，乾隆帝却不想打了。傅恒为了制造继续打下去的借口，故意命令莎罗奔、郎卡必须亲缚至营，方可贷其不死。他一心要把二人逮捕入京。乾隆帝闻奏，坚决反对，要求傅恒“昭布殊恩，网开三面”，允其投降。乾隆帝此举实在是前后矛盾。
莎罗奔请降遭到傅恒拒绝后，转向岳钟琪乞降。岳钟琪初到金川督师，金川士兵都不相信，说，“岳公已经死了很久了”。等到岳钟琪大兵连连获胜，才开始有些相信了。岳钟琪请示傅恒之后，带13人亲自前往勒乌围。金川兵见岳钟琪一行人来到，严阵以待。岳钟琪跨马而来，两眼望着莎罗奔，笑着问道： “你们还认识我吗？”莎罗奔惊愕地喊道： “果然是岳公啊！”率领叛军伏地行礼。然后将岳钟琪引进帐篷。
岳钟琪向他们宣布皇帝威德，允其投降，藏兵群起欢呼。莎罗奔头顶佛经宣誓，愿听从朝廷约束。又杀牛宰羊款待岳钟琪。第二天，莎罗奔、郎卡跟从岳钟琪坐皮船出洞，来到清军大营投降。傅恒十分不情愿地接受了大金川的降表。
此番兴师，历时两年，调兵八万，耗银1000万两，却收效甚微，十年之后又不得不再次兴兵。如果直接起用岳钟琪挂帅，战争时日可以大为缩短，人力和物资可以大为节省，何乐而不为？只因为乾隆帝把用兵当做建功立业之举，不愿让罢官闲赋在家的岳钟琪得此殊荣，却误了国家大事。乾隆帝批准岳钟琪奏请，把剩余军粮8000万石恩赈小金川军民，搞一点恩威有别的小把戏，其实是白搭，大金川仍然可以从小金川那里把粮食抢过去，他们的思维能力还不能理解朝廷恩威有别的意义何在。
四川总督策椤上奏金川善后事宜十二条，重点是平衡川西各部土司的势力，使之相互牵制达到“以番制番”的目的。乾隆帝一一批准。
然而，后来的历史证明“以番制番”的方法并不成功。傅恒一心要把土酋逮缚献阙，虽有好大喜功之嫌，却也不失为“恢宏见识，为国家远大计”，这是乾隆帝劝谕傅恒回朝的话。乾隆帝深恐傅恒守“将在外，君命有所不受”之说，不肯回师，定要扫穴犁庭而后已，为之“辗转思之，竟至彻夜不寐”。这位好大喜功的皇帝一向不怕劳民伤财，这一次却是因为怕劳民伤财而失策了。
乾隆帝最担心大权旁落。傅恒向来惟命是从，不可能有“将在外，君命有所不受”之事。性格决定一个人的命运。傅恒与讷亲同是椒房贵戚，却不敢居功自傲。在平金川后，乾隆帝赏赐他四团补服，傅恒疏辞再三。傅恒不仅对皇帝恭谦，对同僚、下属也从无骄横之气。这一点比讷亲好。傅恒如此谨慎小心也偶会引起乾隆帝的不满。据《啸亭杂录》所记： 一日上朝，傅恒后至，踉跄而入。侍卫某笑道： “相公身肥，故而喘吁。”皇上说： “岂只是身肥，心也肥了。”傅恒免冠叩首，神气不宁者数日。乾隆三十三年，高斌之子高恒在两淮盐政任内侵吞盐引案发，判死刑。傅恒特为高恒求情说： “请皇上念慧贤皇贵妃之情，姑免高恒一死。”乾隆帝说： “若皇后弟兄犯法，当如之何？”吓得傅恒“战栗失色”不敢再言。
在重大决策上，傅恒从来未曾与乾隆帝意见相左。乾隆三十三年的征缅之役，不少人反对。当时负责征缅的是孝贤皇后的侄子明瑞，因孤军深入遭遇挫折后，傅恒被任命为经略大臣，并于乾隆三十四年（1769年）二月前往云南指挥对缅甸的战争。云南缅甸气候湿热，乾隆亲赐傅恒扇子以示关怀。一年后，傅恒在缅甸染病，不得已撤兵，乾隆帝欲问他出师不利之罪，然而傅恒没有回京就死掉了。
阿桂再次平定大小金川
乾隆三十六年（1771年），大小金川再叛。乾隆帝闻报大怒，下令再征大小金川。他指示，须先取小金川，后取大金川。因四川总督阿尔泰不谙军旅，特调云贵总督德福为四川总督，主持军务。又以理藩院尚书温福为定边副将军，统领由云南征缅前线撤回的满洲劲旅及黔兵驰赴川西，副将军阿桂随行。又命军机处行走、户部侍郎桂林，副部统保柱、莽哈察等前往，协同办理军务。乾隆三十七年（1772年），官军两路进军川西。
官军初战告捷，先攻占小金川。乾隆帝大喜，传谕温福应派阿桂与参赞大臣丰升额速往布朗郭宗，擒获泽旺，并俘僧格桑妻妾，毋任逋逃。桂林昏庸，指挥失误，丧师三千，被乾隆帝革职，从西路调取阿桂，授为参赞大臣统率南路军。
南路军进展顺利，乾隆帝授阿桂和丰升额为右副将军，温福为定边将军。温福攻破底木达寨，俘获泽旺。乾隆帝指示将泽旺解赴京师。温福分兵三路进攻大金川。
温福一路进展不顺，移营木果木，又以筑碉为计，将2万士兵分散各卡，统领任岱、海兰察等人屡谏不听，军心瓦解，金川士兵半夜偷袭木果木大营，温福惊慌失措，中枪毙命。2万大军丧没四千，粮台给养损失无数。小金川之地得而复失。海兰察、明亮收拾残兵退守兵营。
攻入大金川的阿桂一路未受损失，但也因受温福战败的影响被迫撤退。
木果木之败，使正在热河的乾隆帝大为震惊，他急召留京大学士刘统勋前来商议。刘统勋事先是反对用兵金川的，现在则主张不可罢兵。乾隆帝认为，绿营兵极不可靠，从各地调来近万名满洲兵，加上绿营兵共7万多人。命阿桂为定西将军，明亮、丰升额为副将军，再征金川。其实并非绿营兵不可靠，而是满将无能。现在换了一位名将，军心大定。
阿桂阿桂（1717~1797），字广远，满洲正白旗人，姓章佳氏，他的父亲阿克敦是以文入仕的满洲大臣，康熙年进士，协办大学士。他为人正直。这种品质传给了阿桂。他出身举人，以父荫授大理寺丞，累迁吏部员外郎，充军机章京。阿桂清廉正直，智勇兼备，长于治军与治河，功勋卓著，知人善任，又为人平和，深得将士爱戴。猛将海兰察才高自负，不甘屈居人下，却只服阿桂，可见阿桂威望之高。
阿桂分兵三路进攻，只十几天时间就平定小金川。乾隆帝大喜，立即命令阿桂率三军进讨大金川，誓必扫穴犁庭。现在，乾隆帝也吸取上次的教训，知道对大金川土司决不能手软了。既然以番治番无效，就把它彻底解决。
乾隆四十年（1775年）七月，阿桂、明亮两路大军包围勒乌围巢穴。勒乌围山崖陡峭。山崖上有八层碉堡，经过多年经营，碉堡很是坚固。阿桂指挥官兵经过殊死奋战，终于打进匪巢。索诺木急忙逃往另一据点刮耳崖。官军继续进兵，横扫大小碉堡千余处，金川士兵望风而逃。到年底官军将刮耳崖团团围住，大炮日夜猛轰，寨内一片惊慌。索诺木的家属及大小头人纷纷出降。
乾隆四十一年（1776年）二月初四日，索诺木终于出降。阿桂遵旨将这些人分两批押解进京。乾隆帝对大小金川叛酋恨之入骨，下令将索诺木凌迟处死。
第二次平定大小金川，历时五年，调兵近10万，耗银7000万两。虽然劳民伤财，但并非得不偿失。只可惜第一次征金川没能彻底，才有第二次更大的代价。平定金川之后，实施改土归流，将土司权力，收归中央，消除了分裂的隐患。
征讨大小金川之役，前后延续竟可达30年之久。根本原因在于乾隆帝的失策。
失策之一，是不愿意了解实情，半途而废。朝廷一向以为“以番治番”是良策。须知，以番治番只有利用大土司治小土司才有效，遏制大土司对小土司的兼并，就非朝廷出兵不可。出兵而半途而废，是最大的失误。自以为是，不愿意看到事情不利的一面，这是乾隆帝的一贯表现。
乾隆帝失策之二，是喜欢换将，在以后的边疆战争中也常常如此，这是一个坏毛病。造成军心涣散，从而使战争的时间大大地延长。张广泗初征金川，遭遇了藏军的碉楼，攻之不下，情有可原。后来清军将一批批经过刻苦训练的特种部队送往大小金川破敌，才取得了战争的胜利。阿桂用兵如神，也须士兵堪用。如果当初张广泗麾下也有这样一支特殊部队，何愁不破碉楼？乾隆帝调不知兵又高傲的讷亲去指挥张广泗，讷亲又急于立功，失败是必然的，根源在乾隆帝。